مرحله سوم و پایانی لیگ برتر شنا باشگاه های کشور سال ۱۴۰۰ به میزبانی استخر قهرمانی ورزشگاه آزادی برگزار شد. در پایان این دوره از مسابقات تیم شهید هاشمی نژاد مشهد با ۳۴۵۷ امتیاز عنوان قهرمانی را از آن خود کرد.