زلزله خاموش اصفهان، چند سالی است که این شهر تاریخی را تهدید می‌کند. فرونشست زمین در نقاط زیادی از این شهر باعث شده تا بناهای تاریخی نیز این تهدید را به طور کامل حس کنند. ریزش گاه و بیگاه زمین در خیابان‌ها، میادین، مناطق مسکونی و بناهای تاریخی در اصفهان امروز شرایط نگران کننده‌ای را ایجاد کرده که «مسجد سید» اصفهان نیز از این شرایط مبرا نیست. همان‌طور که کارشناسان هشدار داده بودند ترک خوردن طاق، گنبد، ایوان‌ها، سقف و دیگر بخش‌های این بنای تاریخی آن را در وضعیت هشدار قرار داده است.