شاه صاحبقِران خود را مهیای سفر فرنگ کرده بود. این سومین سفر او در طول سال‌های سلطنتش بود،  اما این سفر ناصرالدین شاه با دیگر سفرهایش فرق داشت. قرار بود در این سفر اتفاقاتی بیفتد که نتایج آن غوغایی بزرگ در ایران ایجاد می‌کرد. انگلیس‌ها که همیشه علاقه داشتند تا قدرت خود را بیشتر بر ایران حاکم کنند پیشنهادی اغوا کننده به شاه قاجار دادند.

اندیشه انحصار تجارت توتون و تنباکو را نخستین بار محمدحسن خان اعتمادالسلطنه وزیر انطباعات ناصرالدین شاه مطرح کرد. سه سال پس از وقایع فوق و در پی سفر سوم ناصرالدین شاه به اروپا در فروردین ۱۲۶۸ که به تشویق وزیر مختار انگلیس در ایران، سر هنری درومند ولف، انجام گرفته بود دولت انگلیس فرصت مناسب را برای کسب امتیاز انحصار توتون و تنباکو به دست آورد و زمینه سازی آن را به سرگرد جرالد تالبوت از نزدیکان و مشاوران لرد سالیسبوری، نخست وزیر و وزیر خارجه انگلیس محول کرد.

ناصرالدین شاه که برای تأمین هزینه سفر‌های خود به اروپا با مشکلات مالی رو به رو بود، با اعطای امتیاز موافقت کرد و پس از مراجعت به ایران قراردادی را با تالبوت - که با کمک دولت و عده‌ای از سرمایه داران انگلیسی، کمپانی رژی را با سرمایه ۶۵۰ هزار لیره تأسیس کرده بود- امضا کرد. این خبر به گوش مردم رسید. از همان روز‌های نخست، مخالفت‌های مردم و برخی از بزرگان به گوش حکومت قاجار رسید. در تبریز، مردم به رهبری آیت ا... حاج میرزا جواد آقامجتهد تبریزی به مقابله با قرارداد برخاستند و ضمن کندن و پاره نمودن اعلامیه‌های کمپانی از روی دیوار‌ها و معابر عمومی، از پذیرفتن خارجیان نیز خودداری کردند.

دامنه این اعتراض‌ها فقط محدود به ایران نشد. برخی از علمای ایران نامه‌ای برای میرزای شیرازی نوشتند و او را از این اقدام استعمارگرانه مطلع کردند. میرزای شیرازی، هم زمان با شروع ناآرامی در تبریز در اول ذی الحجه سال ۱۳۰۸‍قمری با ارسال تلگراف مفصلی به شاه، ضمن اشاره به مضار و مفاسد اجازه مداخله خارجی‌ها در ایران به اعطای امتیازات نیز توجه نمود و همه آن‌ها را منافی صریح قرآن، نوامیس الهیه و استقلال ایران خواند.

شاه به تلگراف میرزا پاسخ نداد و برای توجیه اقدامات دولت و ذکر دلایل اعطای امتیاز و مشکلات ناشی از لغو آن، میرزا محمود خان مشیرالوزاره، کارپرداز ایران در بغداد را نزد میرزای شیرازی در سامرا فرستاد. با این حال میرزا در پاسخ تمام این سخنان بیهوده، تنها بر این نکته تأکید کرد که فقط باید به ملت مسلمان تکیه کرد و «دولت اگر از عهده جواب بیرون نتوان آید ملت از جواب حسابی عاجز نیست.» میرزای شیرازی منتظر اقدامی از طرف حکومت قاجار ماند، اما پس از مدتی که دید تغییراتی ایجاد نشده به فکر چاره افتاد. میرزا قصد داشت تا فتوایی در این زمینه صادر کند. این فتوا تأثیر بزرگی در آن برهه تاریخ ایران زمین داشت.

در اواخر ربیع الثانی ۱۳۰۹ در تهران شایع شد که حکمی از میرزای شیرازی در باب تحریم استعمال دخانیات صادر و به اصفهان مخابره شده است. در اوایل جمادی الاول با رسیدن محموله پستی به تهران صورتی از حکم درمیان مردم منتشر شد با این توضیح که نسخه اصلی آن را فقط میرزا حسن آشتیانی مشاهده کرده است.

متن حکم چنین بود:
«بسم ا... الرحمن الرحیم، الیوم استعمال تنباکو و توتون بِأَیِ نحوٍ کان در حکم محاربه با امام زمان علیه السلام است. حرره الاقل محمدحسن الحسینی.»
ولوله‌ای در شهر‌های ایران افتاد. همه از حکم میرزای شیرازی می‌گفتند. نقل است که حتی زنان حرمسرای ناصری نیز قلیان‌ها را شکستند و به حمایت از فتوای میرزا پرداختند. ناصرالدین شاه نتوانست در مقابل این قیام مقاومت کند.

سرانجام شاه در پنجم جمادی الثانی ۱۳۰۹ قمری برای اطمینان بیشتر در دستخطی به امین السلطان لغو کامل امتیاز را اعلام کرد تا وی به آگاهی علما و مردم برساند،  ولی مخالفان آرام نگرفتند و عزل امین السلطان ـ که از نظر آن‌ها حامی امتیاز بود ـ و لغو تمام قرارداد‌هایی که با خارجیان منعقد شده بود را خواستار شدند. بدین ترتیب با لغو امتیاز تنباکو، حکم تحریم تنباکو نیز پس از ۵۵ روز از سوی علما لغو شد.

سید محمدحسن شیرازی، مرجع تقلید شیعیان، سال‌ها در سامرا مکتب درس داشت و در آن شهر که مخالفان تندرو شیعیان جولان می‌دادند با کوشش فراوان حوزه علمی شیعیان را تقویت می‌کرد به گونه‌ای که مکتب سامرا تنه به تنه حوزه نجف می‌زد.

میرزای شیرازی پس از درگذشت شیخ مرتضی انصاری در سال ۱۲۴۳خورشیدی، به مرجعیت رسید و تا پایان عمر به مدت سی سال مرجع واحد شیعیان بود. او شاگرد خاص و مورد علاقه شیخ انصاری بود. شیخ عبدالکریم حائری، مؤسس حوزه علمیه قم، آخوند خراسانی، شیخ فضل ا... نوری، میرزای نائینی و محمدتقی شیرازی مشهور به میرزای دوم از شاگردان وی بوده اند.