گروه ورزش|شهرآرانیوز، گفته می‌شود میان سرمربی و سرپرست مدیرعاملی باشگاه استقلال برسرجذب برخی بازیکنان اختلافات بسیاری وجود دارد. این موضوع در ماجرای جذب منتظر محمد عراقی کاملا مشهود بود و روشن شد که نکونام علاقه‌ای به جذب بازیکن عراقی نداشته و به سرعت تصمیم علی خطیر را وتو کرد تا این بازیکن به‌صورت‌قرضی راهی تیم دیگری شود. اما ماجرای اختلاف نکونام و خطیر صدای پیش‌کسوتان استقلال را هم درآورده است.
{$sepehr_key_7415}
منصور رشیدی، مربی سابق استقلال و یکی از پیش‌کسوتان نامی این باشگاه درباره ماجرای اختلاف خطیر و نکونام این واکنش را نشان داده است: «نمی‌دانم چرا واضح بیان نمی‌کنند مشکل چیست؟ بازیکن را که کادر فنی نظر می‌دهد و انتخاب می‌کند. مدیر که نمی‌تواند انتخاب کند. کادرفنی می‌داند ضعف کجاست و جایگزین می‌کند و مدیرعامل و هیئت‌مدیره آن بازیکن را جذب می‌کنند. می‌گویند مشکلات بسیاری بین مربی و مدیر وجود دارد، اما علتش را نمی‌دانیم!»
برخی خبر‌ها نیز حکایت از لجبازی‌های پشت پرده‌ای میان نکونام و خطیر دارد. گفته می‌شود یکی از دلایلی که سبب شد تورس به استقلال نیاید (بازیکنی که موردتوجه سرمربی استقلال است) مخالفت علی خطیر است.
اینکه موضوع اختلافات، استقلال را در چه نقطه‌ای با مشکل بزرگی مواجه کند روشن نیست. شاید حالا که تیم پیروزشده کسی به این موضوع نپردازد، اما با یک شکست همه چیز رو می‌شود.