مرحوم استاد محمد واعظ‌زاده خراسانی در زمان حیاتش درباره شخصیت علمی و معنوی آیت‌ا... میرزا مهدی اصفهانی و تأثیر ایشان بر حوزه علمیه مشهد مطالبی گفته‌اند. در ادامه، به بخشی از این نکات اشاره می‌کنیم:

فلاسفه بزرگی در چند قرن اخیر در مشهد بوده‌اند و بالأخص در اواخر قرن گذشته، فلاسفه بزرگی مانند حاجی فاضل که در فلسفه ید طولایی داشته و مانند آقابزرگ حکیم که مشهورترین فیلسوف بوده است و شیخ اسدا... یزدی که ظاهرا بیشتر جنبه عرفان داشته است. در مشهد فضلا زیاد بودند و مکتب فلسفی مشهد خیلی قوی بوده است.

برای اینکه نوع فضلایی که ما آن‌ها را درک کردیم شاگردان فلسفه حاجی فاضل، آقابزرگ حکیم و شیخ اسدا... یزدی بوده‌اند. بیشتر آن‌ها هم در فلسفه تبحر داشته‌اند. این وضع فلسفه بود تا حدود سال ۱۳۴۰ قمری که میرزا مهدی اصفهانی به مشهد آمد و درس خارج اصول خویش را آغاز کرد.

بیشتر فضلا که جمعیت زیادی بودند درس اصول آیت‌ا... میرزا محمد آقازاده شرکت می‌کردند که خارج کفایه الاصول آخوند خراسانی را تدریس می‌کرد. مرحوم میرزا مهدی اصفهانی درس خارج اصول خویش را بر مبنای اصول میرزای نایینی مطرح کرد که تا آن زمان از نجف خارج نشده بود؛ لذا اکثر شاگردان آقازاده به جز یکی ۲ نفر در درس میرزا شرکت کردند که همه آن‌ها هم فلسفه می‌دانستند.

مرحوم میرزا بعد از مدتی درس معارف را آغاز کرد که بر مبنای قرآن و عترت بود و ضمن آن مبانی فلسفی و عرفانی را نقد می‌کرد. فضلا در درس ایشان شرکت کردند و در اثر درس معارف میرزا، مبانی فلسفی و عرفانی از حوزه علمیه مشهد برچیده شد.

مرحوم میرزا استدلال عقلی و تفکر عام فلسفی را منکر نبود بلکه فلسفه یونان را رد می‌کرد که رنگ اسلامی گرفته است. مرحوم میرزا مکتب معارفی را بنا گذاشت و معتقد بود قرآن و عترت مبنای خاص خودشان را در معارف دارند و با فلسفه یونان مخالف‌اند. مکتب معارف میرزا عالی و خیلی دقیق بود.

در معارف، مبانی مفصلی داشت که آن‌ها را در مدت چند سال تدریس نموده بود و شاگردان زیادی را پرورش داده بود که پس از ایشان از بزرگ‌ترین علمای مشهد بودند مانند آیت‌ا... شیخ مجتبی قزوینی، آیت‌ا... میرزا جوادآقا تهرانی و آیت‌ا... میرزا حسنعلی مروارید و....

همان مبانی را تقریبا به صورت مختصر و خیلی سریع در اواخر عمرش در مدرسه علمیه نواب در روز‌های تعطیل پنجشنبه و جمعه برای طلبه‌های جدید که تازه از سطح خارج شده بودند، حدود ۸۰ نفر، تدریس می‌کرد که من نزدیک یک سال در این درس معارف شرکت کردم.

البته شاگردان قدیم ایشان مانند حاج شیخ هاشم قزوینی و ... نیز در درس و بحث ایشان شرکت می‌کردند. در این درس معارف که من شرکت کردم، از جمله چند بحث مطرح شد: بحث روح که مفصل بحث می‌کرد، بحث علم، بحث عقل و بحث عالم ذر.

مرحوم میرزا می‌گفت:علمی که قرآن و ائمه می‌گویند غیر از این علم متعارف است.

عقل نیز آنگونه که فلاسفه می‌گویند جزء نفس نیست و نفس هم مجرد نیست که تعقل کند. عقل نعمت و نوری است که خداوند به انسان می‌دهد و می‌گیرد و جزء ذات انسان هم نمی‌شود. ذات انسان تاریک است. این یکی از بحث‌هایی بود که ان مرحوم بسیار دنبال می‌کرد.

برای مرحوم میرزا مهدی اصفهانی در اواخر عمر در بحث اصول و فقه و معارف تحولی ایجاد شده بود و دارای نظرات خاصی بود. به این معنا که از اصول مفصل منصرف شده بود، اصولی که رنگ فلسفی داشت را کنار گذاشته بود و اصول ساده‌ای را برگزیده بود که چاپ شده است.

این اصول خام و نپخته بود. به این معنا که هنوز برای حوزه جا نیفتاده بود. اگر یکی دو نوبت در حوزه تدریس می‌شد، خیلی خوب در حوزه جا می‌افتاد و می‌توانست به عنوان متنی درسی مورد توجه قرار بگیرد. در فقه نیز برای ایشان تحولی ایجاد شده بود.