به گزارش شهرآرا نیوز، علامه شهید مطهری، جلسات درس و بحث آیت‌الله خامنه‌ای در مشهد را موثر و سودمند می‌دانست .
او ،آیت الله خامنه ای را به دانشوری می‌شناخت و به مراتب فضیلت و اثرگذاری «استاد خامنه‌ای» واقف بود و برای همین، وقتی که آگاه شد نیروهای امنیتی طاغوت جلسات مسجد کرامت را به تعطیلی کشانده‌اند به‌شدت متاسف شد و عنوان کرد :
«خبر تعطیلی فعالیت‌های آقای خامنه‌ای، خیلی‌زود در میان محافل مذهبی و آشنایان او پیچید. آقای مرتضی مطهری که از موضوع باخبر شد «به شدت ناراحت شده و اظهار داشته، همه مراکز حساس را که اثری دارد می‌بندند. انسان متحیر می‌ماند چه کند و چه بگوید.
وی گفت: سیدعلی خامنه‌ای از نمونه‌های ارزنده‌ای است که برای آینده موجب امیدواری است و در این مدت کوتاه در مشهد کارهای پرثمری انجام داده که یکی از آنها جمع کردن جوانان روشنفکر و بیدار بوده و به همین جهت وی مورد توجه [امام]خمینی هم واقع‌شده و [امام]خمینی دستور داده که هواخواهان وی [آیت‌الله] خامنه‌ای را حمایت کنند.»
این احساس تاسف زمانی عمیق‌تر شد که خبر دستگیری آیت‌الله خامنه‌ای به گوش علامه رسید. «آقای مطهری چهار روز بعد [از دستگیری] در دانشکده الهیات تهران در جمعی که احتمالاً کم‌شمار یا خصوصی بود با ابراز تاسف از این خبر، جملاتی در توصیف آقای خامنه‌ای گفت.
در گزارشی که ساواک از سخنرانی شهید مطهری پس از تعطیلی حلقه تفسیر قرآن آیت الله خامنه ای تهیه کرده بود ، این علامه ،چنین تعابیری را به زبان آورده بود: «ما کمتر نمونه ارزنده‌ای چون خامنه‌ای داریم. و این نیروها هم باید به این گونه هدر و در گوشه‌های زندان تلف گردند. مطهری پس از ستودن خامنه‌ای او را از عوامل موثر در روشن کردن افکار اجتماع دانست.»