حوزه و دانشگاه دو قطب حساس و سرنوشت‌ساز و دو مغز متفکر امت و سازندگان امروز و فردای کشور و تربیت‌کنندگان نسل جوان و آینده‌سازان کشورند.
جواهری| هماهنگی، همراهی، پیوند و دوستی حوزه و دانشگاه راهگشای رشد و تعالی جامعه و هدایت عموم مردم است. حوزه و دانشگاه دو سنگر مبارزه و دو پایگاه مقاومت و کانون الهام بخش انقلاب اسلامی مردم ایران بوده و باید باشند. حفظ این دو سنگر و پایگاه بزرگ ملت مسلمان ایران و مصونیت آنان در برابر توطئه‌های دشمنان در گرو هوشیاری، تفاهم و اتحاد این دو قشر فرهیخته است. در مهر ۱۳۵۷ امام خمینی (ره) در پیام به طلاب و دانشجویان کشور نوشتند: طلاب علوم دینی و دانشجویان با هم روابط دوستانه و فعالانه داشته باشند (صحیفه نور، ج ۲، ص ۱۱۴). ایشان در وصیت‌نامه سیاسی الهی خویش نیز درباره حوزه و دانشگاه چنین نوشتند: توصیه اینجانب آن است که نسل حاضر و آینده غفلت نکنند و دانشگاهیان و جوانان برومند عزیز هر چه بیشتر با روحانیون و طلاب علوم اسلامی پیوند و دوستی و تفاهم را محکم‌تر و استوارتر سازند و از نقشه‌ها و توطئه‌های دشمن غداّر غافل نباشند و به مجرد آن که فرد یا افرادی را دیدند که با گفتار و رفتار خود درصدد است بذر نفاق بین آنان افکند او را ارشاد و نصیحت نمایند و اگر تاثیر نکرد روگردان شوند و او را به انزوا کشانند و نگذارند توطئه ریشه دواند که سرچشمه را به آسانی می‌توان گرفت (صحیفه نور، ج ۲۱، ص ۱۸۲ و ص ۱۸۳). وحدت حوزه و دانشگاه از آرمان‌های بزرگ انقلاب اسلامی بوده و هست، ولی اقدامات لازم در این راستا از سوی آنان انجام نشده است و وصیت جاودانه و روشنگر امام خمینی (ره) درباره ضرورت وحدت حوزه و دانشگاه عملیاتی و اجرایی نشده است و نظریه‌پردازی در کرسی‌های آزاداندیشی پیرامون استراتژی و تاکتیک‌ها و تکنیک‌های وحدت حوزه و دانشگاه و پایداری آن تحقق نیافته است. مسئله وحدت حوزه و دانشگاه آثار و منافع بزرگ و بی‌نظیری دارد و تفرقه حوزه و دانشگاه خطرات و زیان‌های فراوان دارد از این رو ام‌المسائل کشور است، اما موضوع اساسی و حساس با این اهمیت در برنامه‌های رایج دانشگاه و حوزه مهجور و متروک است. ۲۷ آذر از سال ۱۳۵۸ روز شهادت آیت‌ا... دکترمحمد مفتح، به عنوان روز وحدت حوزه و دانشگاه نامیده شده است و از آن زمان بیش از سی سال می‌گذرد، ولی اقدامات انجام شده در شان این موضوع بلند و مهم نبوده است. وحدت حوزه دانشگاه وحدت دو نهادی است که صلاح و کارآمدی آن می‌تواند به کارآمدی و اقتدار حکومت دینی و اعتلای جامعه اسلامی و توسعه و همه جانبه بیانجامد. الگوی پیشرفت اسلامی ایرانی و تحقق تمدن نوین اسلامی شیعی در کشور در گرو وحدت حوزه و دانشگاه است. ضعف و وهن وحدت حوزه و دانشگاه عامل توقف و فساد و انهدام دستاورد‌های شهدای حوزه و دانشگاه است. آینده نظام اسلامی و فراهم شدن شرایط و عوامل پایداری و تداوم انقلاب اسلامی بسته به وحدت و همکاری حوزه و دانشگاه است. وحدت هدف، رفتار و گفتار اسلامی، وحدت روح عملی، وحدت فکری و آرمانی، وحدت در دفاع از دین و ارزش‌های دینی و آرمان‌های انقلاب اسلامی، همکاری در تولید علم، فرهنگ‌سازی در راه رشد و توسعه، وحدت سیاسی در پاسداری از انقلاب، وحدت در دشمن‌شناسی و خنثی نمودن توطئه‌های دشمن و تلاش همه‌جانبه درکارآمدی حکومت دینی، و فرهنگ‌سازی برای آراستگی فرد و جامعه به سبک زندکی اسلامی شیعی و مهندسی فرهنگی در اسلامی‌سازی دانشگاه، تحول در علوم انسانی غربی و تبدیل به علوم انسانی اسلامی، افزایش قدرت سخت‌افزاری و نرم‌افزاری در نبرد با دشمنان دین و کشور دینی و توانایی رویارویی با دشمنان در تهاجم فرهنگی در جنگ نرم همه و همه با وحدت حوزه و دانشگاه پیوند دارد و با آن به درستی تحقق می‌یابد. بومی‌سازی علوم در کشور و تحول بنیادی در ساختار غربی علوم انسانی دانشگاه‌ها جز در پیوند دانشگاه با حوزه روی نخواهد داد. حکم عقل به رجوع به متخصصان، دلیل نیازمندی حرکت اسلامی شدن علوم انسانی دانشگاه‌ها به حوزه‌هاست. تامین نیاز‌های فوری کشور و انقلاب درهمه ابعاد سیاسی، اجتماعی، علمی، اقتصادی، هنری و همه نیاز‌های اجتماعی و تحقق انتظارات امام خمینی (ره) و رهبر فرزانه انقلاب حضرت آیت‌ا... خامنه‌ای (مدظله‌العلی) با وحدت حوزه و دانشگاه صورت می‌پذیرد. باید به گستره کارکرد‌های حوزه و دانشگاه و توانایی و نیاز‌ها و پیش‌فرض‌ها و مقدمات و اهداف وحدت حوزه و دانشگاه توجه جدی و بایسته شود و در این زمینه تحقیقات اساسی هم صورت پذیرد عوامل وحدت و موانع آن شناسایی و ساز و کار‌ها و تشکیلات فراهم گردد و تدبیر و برنامه‌ریزی دائمی انجام شود.
امام خمینی درباره اتحاد و یگانگی حوزه و دانشگاه با بسیج دانشجو و طلبه فرموده‌اند: امروز یکی از ضروری‌ترین تشکل‌ها بسیج دانشجو و طلبه است. طلاب علوم دینی و دانشجویان دانشگاه‌ها باید با تمام توان خود در مراکزشان از انقلاب و اسلام دفاع کنند. فرزندان بسیجی‌ام در این مراکز، پاسدار اصول تغییر‌ناپذیر نه شرقی و نه غربی باشند. امروز دانشگاه و حوزه از هر محلی بیشتر به اتحاد و یگانگی احتیاج دارند. فرزندان انقلاب به هیچ وجه نگذارند ایادی آمریکا و شوروی در آن دو محل حساس نفوذ کنند. تنها با بسیج است که این مهم انجام می‌پذیرد. مسائل اعتقادی بسیجیان به عهده این دو پاسگاه علمی است. حوزه علمیه و دانشگاه باید چارچوب‌های اصیل اسلام ناب محمدی (ص) را در اختیار همه اعضای بسیج قرار دهند. (صحیفه نور، ج ۲۱، ص ۵۳).