به گزارش شهرآرانیوز، سید مجتبی حسینی متولد ۱۳۳۳ در مشهد است. سیّدمجتبی حسینی در خانواده‌ای سیستانی در شهر مشهد و در خانواده‌ای روحانی متولد شد.
پدرش سیّدجلیل حسینی از علمای به نام مشهد بود که در زمان رژیم شاه پس از نپذیرفتن دعوت دولت وقت در دیدار با شاه، اقامه نماز در مسجد گوهرشاد برای وی ممنوع و پس از آن در حسینیّه تهرانی‌های مقیم مشهد به اقامه جماعت پرداخت.
سید جلیل حسینی پدر سید مجتبی از سادات سیستانی است که در نوجوانی از روستای دادی از توابع شهرستان هامون برای تحصیل علوم حوزوی به مشهد مهاجرت کرده و در محضر میرزا مهدی اصفهانی به درجه اجتهاد نایل شد.
از سادات و فرزند آقا نجفی و نوه پسری میرزا مهدی شهیدی بود. از بستگان نزدیک پدری وی از جمله پسر عمو‌ها و پسر عمه‌های او در زاهدان و منطقه سیستان هم‌اکنون نیز زندگی می‌کنند و از سادات صاحب نفوذ به حساب می‌آیند که از جمله می‌توان به حاج آقا سیدمعین عمو، فرزندان سید محمد طباطبائی معروف به ده مدصفری و به ویژه سید عبدالله حسینی امام جماعت قبلی مسجد امام جعفر صادق (ع) زاهدان اشاره کرد.
گفته می‌شود صد‌ها جلد کتاب و منابع مهم مذهبی که از دوران مختلف گذشته در روستای دادی از توابع سیستان در حال نابودی بود توسط حاج آقا سید جلیل بازسازی و با هزینه شخصی در دههٔ ۲۰ و ۳۰ به مشهد مقدس منتقل و به کتابخانه رضوی برای حفظ و نگهداری و استفاده هدیه گردیده است.
ایشان در دوره سوم و پنجم عضو مجلس خبرگان رهبری بودند و نماینده سابق، ولی فقیه در سوریه و عراق بوده‌اند.
آیت ا... سیدمجتبی حسینی در گفت‌وگو با شهرآرا بیان کرد: به‌نظرم مجلس خبرگان رهبری مهمترین حلقه واسط میان ولایت‌فقیه و مردم است. این مردم هستند که نمایندگان مدیر و مدبر خود را به مجلس خبرگان می‌فرستند و به‌واسطه این منتخبان، رهبری انقلاب را تعیین می‌کنند. اثرگذاری مجلس خبرگان نیز به نان و آب افراد نیست؛ این مجلس به ثبات کل نظام کمک می‌کند؛ همان اصلی که به ولایت‌فقیه برمی‌گردد که نایب امام‌زمان(عج) است و مردم در انتخابات خبرگان رأی می‌دهند تا علاوه بر مشروعیت، مقبولیت نیز برای رهبری وجود داشته باشد.
سید مجتبی حسینی نزد عباس واعظ طبسی، اشکذری، ابوالقاسم خزعلی، مرتضی مطهری، سید محمدرضا گلپایگانی، میرزا جواد تبریزی، حسین وحید خراسانی درس خوانده است.
وی در تاریخ ۱۹ شهریور ۱۳۷۶ همزمان با تدریس در حوزه و دانشگاه، به مدّت هفت سال، نمایندهٔ رهبری در امور اهل سنت استان سیستان و بلوچستان بوده‌است. او سپس به عنوان نماینده رهبری در سوریه مشغول به خدمت شد که این دوران، همزمان با بحران‌های اخیر سوریه و لبنان بود. وی پس از فوت محمدمهدی آصفی به عنوان نماینده رهبری در کشور عراق منصوب شد.