استقلالی‌ها تحت تأثیر شرایط سختی که در کشور حاکم است، سال بسیار سختی را پشت‌سر گذاشتند و انواع و اقسام مشکلات را به خود دیدند؛ از تغییر مدیرعامل تا جدایی سرمربی این تیم. اما حالا شرایط آبی‌ها طوری است که به‌نظر مشکلات این باشگاه حداقل تا دو ماه اول سال٩٩ ادامه خواهد داشت، جایی که مدیران باشگاه ناچار هستند بدهی‌های سنگین خارجی خود را پرداخت کنند. اولین و سنگین‌ترین پرونده به وینفرد شفر برمی‌گردد. او بابت یک‌سال‌ونیم حضور در استقلال، آبی‌ها را محکوم به پرداخت ۵۵٠هزار دلار کرده است. البته در این بین، ٣٠٠هزار دلار مربوط به دستمزد معوقه‌اش است و٢۵٠هزار دلار هم بابت قرارداد سال آخرش از آبی‌ها طلب کرده است. استقلال باید تا اواسط فروردین، پول شفر را پرداخت کند تا کار به بسته‌شدن پنجره نقل‌وانتقالاتی آبی‌ها نکشد. اما این تمام ماجرا نیست؛ چراکه با رسیدن به اردیبهشت‌ماه موعد شکایت منشا، جپاروف و بویان از راه می‌رسد، سه بازیکنی که به‌ترتیب ۶٧، ٩٣ و ٢٩٣هزار دلار استقلال را محکوم کرده‌اند و این، کار باشگاه را برای پرداخت مطالبات آن‌ها بسیار سخت می‌کند. با این شرایط، استقلال با شروع سال جدید باید حدود یک میلیون دلار بدهی خارجی پرداخت کند، مبلغی که در شرایط کنونی پرداخت آن برای آبی‌ها بسیار سخت خواهد بود. همه این‌ها را بگذارید کنار پرداخت قرارداد بازیکنان فعلی و البته سه بازیکن خارجی استقلال تا متوجه شوید مدیران استقلال با شروع سال در چه وضعیت دشواری قرار خواهند گرفت و آبی‌ها احتمالا برای فرار از این شرایط جهنمی نیاز به کمک‌هایی از خارج باشگاه خواهند داشت.
سریال مدیریتی بی‌پایان آبی‌ها.
اما این کل داستان مشکلات آبی‌پوشان پایتخت نبود. استقلال از ابتدای فصل با مدیریت امیرحسین فتحی کارش را شروع کرد که فصل قبلی و به‌جای افتخاری روی کار آمده بود و پس‌از رفتن شفر و جدایی مجیدی، استراماچونی را به استقلال آورد. اتفاقات استقلال در زمان فتحی باعث شد او مقبولیتی میان هواداران این تیم نداشته باشد و ماجرای جدایی بازیکنان کلیدی این تیم ازجمله تیام و بعداز آن، پاتوسی درحالی‌که قول ماندنشان را داده بود، باعث شد سکو‌های آبی حتی در روز‌های درخشش با استراماچونی و صدرنشینی، یک‌صدا رفتن او را فریاد بزنند. اگرچه وزارت ورزش مقابل این خواسته هواداران استقلال مقاومت می‌کرد، خروج استراماچونی از ایران و عدم بازگشتش فضا را به‌قدری تنگ کرد که دیگر جایی برای ماندن فتحی نبود و درنهایت استعفا کرد و بعداز مدتی، از هیئت‌مدیره هم رفت. استقلال در زمان پسافتحی، مدتی با سرپرستی ریاست هیئت‌مدیره باشگاه یعنی خلیل‌زاده کار را پیش برد که شکست در پروژه بازگرداندن استراماچونی و استخدام فرهاد مجیدی ثمرات دوران سرپرستی خلیل‌زاده بود و بعداز آن، به خواست هواداران، این فتح‌ا... زاده بود که به هیئت‌مدیره باشگاه وارد شد و پس‌از مدتی سرپرست مدیرعاملی شد. حالا عمر فتح‌ا... زاده هم در این سمت کوتاه بوده و وی به‌گفته خودش، به‌خاطر شرایط جسمی و بیماری نمی‌تواند ادامه دهد و از سمتش استعفا کرده است. درحال‌حاضر باشگاه به‌دنبال معرفی مدیرعامل جدید است.