گروه ورزش|شهرآرانیوز، میودراگ بوژوویچ با وجود اندک زمانی که به عنوان سرمربی در باشگاه استقلال به فعالیت پرداخت، اما بعد از جدایی شکایتی را علیه باشگاه استقلال مطرح کرد. این مربی در زمان حضور خود در باشگاه استقلال بر سر دریافت مبلغی توافق کرده بود؛ اما باشگاه استقلال نتوانست با وی تسویه‌حساب کند تا کار به شکایت کشید.
قرارداد بوژوویچ با باشگاه استقلال در ازای نزدیک به دو ماه فعالیت، ۱۸۰ هزار یورو بود؛ اما درنهایت این مربی کروات با بخشیدن ۱۰ درصد از کل قراردادش به باشگاه استقلال درنهایت توانست باقی‌مانده قراردادش را دریافت کند و این پرونده بسته شود.
بوژوویچ در حالی قبل از حضور مجتبی جباری به عنوان سرمربی استقلال از این باشگاه جدا شد که در طول زمان حضورش در استقلال در قامت سرمربی حتی یک برد هم به دست نیاورد که این وضعیت در نوع خود یک رکورد محسوب می‌شود و باشگاه استقلال در طول تاریخ حیاتش هیچ‌گاه چنین‌وضعیتی را با یک مربی تجربه نکرده بود و در بدترین حالت نیز برد‌هایی را صاحب می‌شد، اما بوژوویچ هرگز نتوانست ارتباط مطلوبی با دیگربازیکنان برقرار کند و درنهایت بدون هیچ دستاوردی، باشگاه استقلال را ترک کرد. البته بوژوویچ به لحاظ شخصیتی بسیار قابل احترام بود، اما به‌هرحال در استقلال به موفقیتی نرسید.