شهادت سید مصطفی خمینی، فرزند امام خمینی، در آبان ماه سال ۵۶ بلاشک تأثیرات بزرگی در شکل گیری انقلاب اسلامی داشته و روند آن را تسریع کرده است.
شاید بسیاری از تحلیلگران سیاسی و تاریخی، شروع انقلاب اسلامی را به سال‌های دهه ۴۰ و قیام ۱۵خرداد و چه بسا در زمان‌های بسیار دورتر و به دوران مشروطه و حوادث پس از آن به صورت زنجیره وار مرتبط بدانند، موضوعاتی که یکی پس از دیگری به صورت علت و معلولی، زمینه انقلاب بزرگ اسلامی را رقم زدند. گرچه حوادث تاریخی همواره به صورت پیوسته می‌تواند یک جریان و حادثه تاریخی را ایجاد کند، هیچ گاه برخی حوادث آن هم به صورت آنی را نمی‌توان در ایجاد آن نادیده گرفت.
شهادت آقا سید مصطفی خمینی نیز از نمونه‌های این حرکت بزرگ، یعنی انقلاب اسلامی، بوده است، حادثه‌ای که پس از انعکاس عمومی و به خصوص در محافل مذهبی تأثیر خود را گذاشت.
پس از ۴۰ روز از درگذشت حاج آقا مصطفی حرکت دیگری در روند نهضت انقلاب به وجود آمد و این روند به صورت تسلسل وار با برگزاری مراسم چهلم برای ایشان در حوزه علمیه قم به دلیل واکنش ساواک و کشته و زخمی شدن برخی از شرکت کنندگان در این مراسم و برگزاری دوباره چهلم برای این طلاب و روحانیون به تدریج ابعاد گسترده‌ای یافت به نحوی که آتش شعله ور آن در تبریز در ۲۹ بهمن ۵۶ به یک حرکت عمومی قوی منجر شد که دیگر سرپوش گذاشتن بر آن کار سختی برای رژیم پهلوی بود، و باز چهلمین روز حادثه قیام مردم تبریز، جامعه را به سوی بیداری و حرکت انقلابی سوق داد.
در هر حال، آنچه مقصود ماست درگذشت مظلومانه فرزند برومند امام خمینی بوده است، زیرا آقا مصطفی یکی از وزنه‌های مهم در آینده درخشان تشیع به حساب می‌آمد که رژیم با برداشتن وی از مسیر نهضت، این گونه تصور می‌کرد که می‌تواند خللی در حرکت امام خمینی ایجاد کند، حال آنکه همان طوری که خود حضرت امام فرموده بودند، «شهادت مصطفی از الطاف خفیه الهی بوده است» که در نتیجه آن، کوهی از افراد و انبوهی از نهضت به راه افتاد به شکلی که بیش از ۱۶ ماه نگذشته بود که انقلاب اسلامی ایران به ثمر رسید و نهضت امام خمینی توانست تحت رهبری ایشان رژیم پهلوی را سرنگون کند. شهادت آقا مصطفی و صد البته شهادت مرحوم دکتر شریعتی شکل مشابهی داشت. اگرچه در اوج مظلومیت و اختفا، و کم صدا صورت گرفت، صدای نهضت و انقلاب در سراسر عالم پیچید و دیگر کسی نتوانست آن را کنترل کند. تحلیلگران سیاسی آن زمان درک درستی از این عمل خود نداشتند و نتوانستند آن را پیش بینی کنند.
در پایان، می‌توان این نکته را یادآوری کرد که اربعین یکی از سنت‌های مهم تاریخ تشیع محسوب می‌شود و همواره برپادارنده نهضت و آغاز حرکت انقلابی و برباددهنده بساط ظلم و ستم و برپاکننده قسط و عدل و داد خواهد بود.