طبق روایات قدیمی، این گنبد سبز سال‌ها پیش در مرکز باغی مصفا بود.
به گزارش شهرآرانیوز، از گسترش مشهد، باغ تکه‌تکه شد و به تملک افراد مختلف درآمد و زمانی که استانداری خراسان در دوران پهلوی اول قصد داشت گنبد سبز را تخریب کند، با مخالفت شیخ حسنعلی نخودکی اصفهانی روبه‌رو شد. اکنون گنبد سبز ثبت میراث ملی ایران شده است.