یکی از پرسش‌های اساسی که در میان برخی از متفکران وجود داشته است و آن را مبنا برای عقیده خود گرفته اند؛ اعتقاد به تحریف است. باید گفت تحریف، در چند معنى به کار برده شده است که برخی از آن را قرآن اشاره فرموده است.
یکی از آن معانی که قرآن از تحریف ارائه کرده است، تحریف در معناست، به طوری که اگر معنایی یا کلمه اى از مورد خود تغییر داده شود و در غیر مورد و معناى واقعى استفاده شود، این عمل را نوعى تحریف می‌نامند، چنان که در آیه شریفه الهی آمده است: «گروهی از یهودیان کلمات الهی را در موضع و جایگاه حقیقی و معانی واقعی خودش تغییر و تحریف می‌کنند (نساء/۴۶).»
این نوع تحریف که تغییر معنا و تغییر کلمه از جایگاه حقیقی خودش باشد در تفسیر قرآن مجید واقع شده است و موارد آن در برخی از تفاسیر دیده می‌شود. به طوری که برخی از آیات قرآن به معانی که هدف و مقصود قرآن نیست، تغییر داده شده است و بدعت گذاران و صاحبان عقاید فاسد و مذاهب باطل، در قرآن مجید به چنین تفسیر و تحریفى مرتکب شده اند و آیات آن را بر طبق نظریات و تمایلات نفسانى خود تأویل کرده و با افکار و عقایدشان تطبیق داده اند.
رهبران مذهبى و حضرات ائمه معصومین (ع) چنین تفسیر و تحریفى را به شدت منع کرده، مرتکب آن را سخت ملامت و نکوهش کرده اند، چنان که امام باقر (ع) طى نامه اى به فردی چنین نگاشته است: «آنان قرآن را پشت سر انداخته اند و حروف و الفاظ آن را حفظ کرده، معانى و قوانینش را تحریف می‌کنند. قرآن را می‌خوانند، ولى حقوق و حدود آن را رعایت نمی‌کنند. کوته نظران از قرآن به خواندن ظاهر آن مسرور و خوش حال هستند، ولى دانشمندان از اینکه حقوق و احکام قرآن رعایت نمى شود، بسیار غمگین و محزونند» (وافی/ج ۵ ص ۲۸۴)
یکی از مواردی که تحریف امکان دارد به قرآن راه یافته باشد؛ تحریف در کلمات قرآن است، یعنی بر قرآن کلمه یا کلماتى افزوده یا برداشته شده باشد، به طورى که حقیقت قرآن تغییر نیابد و همان گونه که فرود آمده است، محفوظ بماند، این عمل را نیز تحریف نامیده اند. مرحوم آیت ا... خویی درباره تحریف در قرآن این نظر را ارائه داده اند:
اول اینکه؛ به گواه تاریخ، عثمان در دوران خلافتش یک قسمت از قرآن هاى موجود را سوزاند و به استاندارانش نیز در شهرهاى اسلامى دستور داد، تمام قرآنها را به جز آنچه که خودش جمع آورى کرده بود، بسوزانند. این مطلب مى رساند که قرآن هاى سوزانده شده، با قرآنى که خود عثمان جمع آورى کرده بود، اختلاف و مغایرت داشته است و گرنه علتى براى سوزاندن و از بین بردن آنها نبود.
دوم اینکه؛ عده اى از علما و دانشمندان، موارد اختلاف آن قرآنها را معین کرده اند، از جمله ابو داود سجستانى که یکی از علمای اهل سنت است، در این موضوع کتابى نوشته و آن را کتاب «المصاحف» یعنی تحریفات، نامیده است.
از این گفتار دو مطلب استفاده می‌شود.
یکى اینکه؛ قرآن هاى دوران عثمان با یکدیگر متفاوت بوده اند و تحریف به معناى زیادت یا نقصان کلمه و کلمات به آنها راه یافته است و تنها یکى از آنها مطابق با واقع و از هرگونه زیادت و نقصان محفوظ بوده است و به عقیده ما قرآنى که عثمان جمع آورى کرده، همان قرآن متداول و معمول در میان مسلمانان صدر اسلام است که از هر جهت مطابق با واقع بوده، از خود رسول اکرم (ص) گرفته شده است.
دوم اینکه: به عقیده ما و به عقیده تمام کسانى که تنها قرآن موجود را قطعى و متواتر می‌دانند، تحریف به معناى زیادت یا نقصان کلمه در بعضى از قرآن هاى صدر اسلام راه داشته است، ولى در عصر عثمان که قرآن هاى تحریف یافته سوزانده شد، قهرا تحریف به آن معنا نیز از میان رفت و تنها قرآنى که از زیادت و نقصان خالى و محفوظ بود، در دست مسلمانان باقى ماند. (بیان در مسائل قرآن آیت ا... خویی/ص ۲۵۱)