گاهی چنین تصور می‌شود که ادبیات فرقه نگاری و کتاب‌های ملل و نحل نویسی فقط آینه‌ای هستند که آرا و عقاید فرق و ملل و نحل دینی و مذهبی را بازتاب می‌دهند. در تمدن اسلامی از همان سده دوم نوشته‌هایی پدید آمدند که به معرفی اختلافات مذهبی امت اسلامی می‌پرداختند و به مرور زمان تا چندین قرن کتاب‌های مهم ملل و نحل نگاری فراهم آمدند.
در چند سده گذشته نیز همچنان تولید این ادبیات تداوم داشته؛ گرچه درباره فرقه‌ها و مذاهب قدیمی‌تر بیشتر روایتگر منابع کهن‌تر است و تحلیلی دقیق و جدید در این دست کتاب‌ها دیده نمی‌شود.
شماری از کتاب‌های ملل و نحل با دسته بندی دقیق‌تر اختلافات مذهبی دست به تحلیلی از ساختار‌های اختلافات مذهبی می‌زده اند و گاه در میان نویسندگان این نوع کتاب‌ها دقت در مبانی اختلافات فرقه‌های مذهبی مورد توجه قرار گرفته است؛ به نحوی که نوع اختلافات بر اساس و مبنای روشنی قابل تفسیر و انتظار است.
یکی از ابزار‌های لازم برای چنین کاری تعیین سرچشمه‌های غیراسلامی برای مذاهب و فرقه‌های مخالف و رقیبان عرصه اجتماعی و سیاسی بوده است تا بدین وسیله «غیرخودی» بودن آنان را آفتابی کنند.
بدین ترتیب برای بسیاری فرقه‌ها یا گرایش‌های مذهبی و مکاتب کلامی در این دست کتاب‌ها ریشه‌های افکار یهودی، مسیحی، زردشتی یا مانوی و مزدکی قائل می‌شده و آن فرقه‌ها را گاه حاصل توطئه‌های دشمنان اسلام برای نفوذ قلمداد می‌کرده اند. در این چارچوب البته لازم بوده است که با ذکر پاره‌ای از عقاید این فرقه ها، مشابهت‌ها را برجسته کنند.
با این وصف، بهره گیری از ابزار دروغ پردازی و شایعه پراکنی و جعل اسناد و زمین زدن خصم به هر طریق و جعل پاره‌ای از سخنان موافق یا مخالف بر زبان پیشوایان خصم یا مراجعی که اتوریته مذهبی آنان مورد «اجماع» بوده، از شیوه‌های معمول بوده است. به طبع قدرت‌های سیاسی با امکاناتی که در اختیار داشتند و نهاد‌های دینی رسمی که به خدمت می‌گرفتند، به سادگی می‌توانستند از این ابزار‌ها بهره بگیرند.
تشیع قرن‌ها به عنوان اقلیتی در سرزمین‌های اسلامی، هدف چنین سازوکاری بوده است. با این وصف، در کتاب‌های ملل و نحل نگاری تفکیکی قائل می‌شده اند میان گروه‌هایی که دچار «بدعت» هستند و آنان را «اهل الأهواء و البدع» می‌خوانده اند و کسانی که معتقد بودند آرا و عقایدشان فراتر از «بدعت» است و آشکارا رنگ خروج از اسلام و هم مرزی با کفر پیدا کرده و تا بدان حد که آنان را «اهل کفر و الحاد» می‌خوانده اند.
عموما در منابع ملل و نحل نگاری سنیان، میان شیعیان «رافضی» با باطنیان و غلاة شیعی تفکیکی قائل می‌شده، گروه دوم را اهل الحاد می‌خوانده اند. به طبع بخشی از آنچه در این میان گفته می‌شد، فقط نوعی برداشت تأویلی از گفتار گرایش‌های دیگر آمیخته با اتهاماتی بود که یا مستقیم جعل می‌شد یا حاصل شایعاتی بود که به تدریج از گفتار‌های شفاهی و دهان به دهان بدین ترتیب وارد ادبیات مکتوب می‌شد و بعد البته نقل و ذکر این نوع شایعات در کتاب‌های بعدی صورت ساده تری می‌یافت و به «حقیقت» تبدیل می‌شد.
در این نوع مجادلات مذهبی عنصر «شایعات» سهمی همواره سرنوشت ساز داشته و گاه حرف اول را می‌زده است. انتقال این شایعات گاه به دلیل فرهنگ غالب زمانه در قالب نقل احادیث تسهیل می‌شد و به کتاب‌های «رسمی» راه می‌یافت. بسیاری از آنچه درباره فرقه‌ها و مکاتب مخالف در کتاب‌های ملل و نحل نگاری سنیان نقل شده، از این دست است.
آنچه درباره قدریان و جهمیان و شیعه و رافضه پرداخته شده، در اصل بخشی است از جنگ رسانه‌ای و تبلیغاتی که مهم‌ترین ابزارش «حدیث» بوده است و نیز نقل اتهامات و به تدریج در کتاب‌های ملل و نحل. به طبع با نقل پی درپی این نوع شایعات و تبلیغات حاصل از جدال‌های فرقه‌ای این اتهامات به تدریج بخشی از «حقیقت» را بازسازی می‌کرده و درعمل نفی آن حتی از ناحیه گرایش و فرقه متهم شده بسیار سخت و حتی گاه غیرممکن بوده است.
بدین ترتیب در برابر این نوع اتهامات دو واکنش متفاوت را این گونه فرقه‌های متهم دنبال می‌کرده اند و درواقع ناچار از آن بوده اند: برای دفاع از خود، شیوه متبع آن بوده است که اصل اتهام را می‌پذیرفته و آن را ناشی از انحراف گروهی اندک از پیشینیان و نه شیوه غالب قلمداد می‌کرده اند. به دلیل گذشت زمان و تجدد نسل‌ها و نقل پی درپی اتهامات یا سوءبرداشت‌ها و تفسیر‌ها در ادبیات مکتوب، نفی اصل آن اتهامات کاری ساده نبوده و بهترین شیوه، پذیرش اصل آن و واکنشی متناسب با آن بوده است، به نحوی که بتواند وجود چنین اتهامی را تبریر کند. در اینجا بود که شیوه دوم مقابله شکل می‌گرفت؛ اینکه اصل اتهام به گونه‌ای پذیرفته می‌شد و آن گاه در راستای تبریر آن توجیهات تازه‌ای ارائه می‌شد که خود درواقع ابراز عقایدی تازه بر مبنای اتهامات دروغین گذشته بود.
بسیاری از آنچه در کتاب‌های ملل و نحل اهل سنت و نیز در کتاب‌هایی موسوم به «السنة» به وسیله اصحاب حدیث در ابراز اتهامات مختلف به شیعیان ارائه شده، از این قبیل است؛ بهره گیری از اتهامات ساختگی و تبدیل شایعات به گزاره‌هایی که تردید در آن به تدریج بسیار سخت می‌شده است. آنچه درباره عبدا... بن سبا در این کتاب‌ها و ریشه‌های عقاید او دیده می‌شود، از همین شمار است. اتهاماتی که معتزله به امامیه درباره اعتقاد به تشبیه می‌زده اند، درست در همین چارچوب قابل ارزیابی است.
آنان با ارائه تفسیری نادرست از گفتار متکلم برجسته شیعی هشام بن الحکم و با نقل مکرر این تفسیر بی پایه، آن را به صورت شایعه‌ای چندان گسترش دادند که نه فقط معتزله، بلکه حتی مخالفان آنان که در ساختن این اتهام سهمی نداشتند نیز آن را مکرر در کتاب هایشان نقل کردند و جالب اینکه برخی شیعیان در واکنش به این اتهام عین آن را پذیرفتند، اما یا درصدد توجیه آن برآمدند یا آن را انحرافی منحصر به هشام بن الحکم دانسته و حتی با جعل احادیثی و بر زبان امامان در رد باور‌های هشام بن الحکم درعمل آب به آسیاب خصم ریختند.
در مقابل احادیث فضایل اهل بیت (ع) که انکار اصل آن برای مخالفان امکان پذیر نبود نیز همین اتفاق افتاد و عینا احادیثی ساخته شد تا همان مناقب را برای صحابه یا خلفای راشدین ادعا کنند و این احادیث البته واکنش‌های حدیثی و اعتقادی خود را در طرف مقابل به دنبال داشت.