امام، ولی و امام بر زمان، زمین و زمینه هاست. راهبرد خود را هم متناسب با این سه گانه تنظیم می‌کند. وقتی کلمات، افکار را میدان تاخت وتاز قرار می‌دهند، امام هم باید با شیوه‌ای چنین میدان را از اصحاب باطل بستاند. تیغ کشیدن و تیرانداختن، جنگ با سایه هاست، حتی اگر توان تیرانداختن چنان زیاد باشد که در مجلس هشام، چنان تیر بیندازی که تیر اولت درست به قلب هدف بخورد و تیر دوم در چوبه تیر قبلى بنشیند، تیر سوم نیز به تیر دوم اصابت کند و.... هر سه تیر هرکدام به چوبه تیر قبلى خورد!
امام باید در روشنا، حقیقت‌ها را چنان عیان کند که بعد حتی در ازدحام ابر‌های فریب هم نتوانند باطل را لباس حق بپوشانند و حق را به حاشیه، زندان نشین کنند. «باقر» باید بشوی و علوم را بشکافی که روزگار بحث و علم و مجادله است، باید به شیوه‌ای دیگر مجاهده کرد. همان که حضرت باقر (ع)، پرچم آن را چنان برافراشت که هنوز در اهتزاز است به هر «قال الباقر (ع)» که از زبان برمی خیزد یا بر کاغذ می‌نشیند.
به گواه گزارش‌های تاریخی، در دوران امامت حضرت محمد باقر (ع)، نقاط مختلف حکومت اسلامی شاهد شکل گیری بحث‌های جدی درباره موضوعات دینی از قبیل ایمان، اسلام، امامت، قضا و قدر بود که البته برخی از آن‌ها جنبه سیاسی داشت.
خوارج، حرف خود را می‌زدند. مرجئه، همه چیز را به خدا ربط می‌دادند و بر ظلم آشکار حاکمان چشم می‌بستند. قدریه، به آزادی و اختیار انسان سخن می‌کردند.
جبریه، در پندار بی اختیاری، نشسته و از جا تکان نمی‌خوردند. احبار یهود، به کار جعل اسرائیلیات، به نام حقایق دینی بودند و از هر گوشه، صدایی برمی خواست که گوش‌هایی برای شنیدن می‌یافت. چیزی که انگار نقشه اش را حاکمیت باطل درانداخته بود تا حقیقت را براندازد. اینجاست که امام باقر (ع) قامت برافراشت و کلاس‌های درس را گشود، به توضیح و تشریح مواضع شیعه می‌پرداخت و به پرسش‌های گوناگون پاسخ می‌داد.
امام باقر (ع) به اندیشه ولایت و امامت نظام بخشید. آن هم بر پایه قرآن و سنت که کسی را توان تردید در آن نباشد. ایشان علم و عصمت را به عنوان صفاتی معرفی کرد که «امام» را از بقیه مردم متمایز می‌کند. دوگانه‌ای که به اصلاح پندار مردم هم می‌پردازد، چه برخی را باور بر این بود که امام حتما باید «قیام به شمشیر» کند. همین نگاه بود که زیدیه را به وجود آورد، حال آنکه امامت حضرت باقر (ع) منصوص است.
چیزی که حضرت ایشان در برابر هشام، خلیفه غاصب اموی، با خواندن آیه اکمال دین تبیین و سپس با یادآوری روایات متعددی از پیامبر اسلام (ص)، انتقال دانش امامت از علی (ع) به سایر امامان را توضیح دادند. باری، همین روشنگری بود که اصحاب تاریکی را به هراس انداخت. آنان دیدند که قوت و مانایی کلام حضرت باقر (ع) هزاربار بیشتر از شمشیر‌های آخته است، بنابراین با به شهادت رساندن ایشان، رسم یزید را تازه کردند.