در زمان امام باقر (ع) فرصتی پیش آمد که حضرت بتوانند به تربیت شاگردانی، چون «زراره» و «محمد بن مسلم» بپردازند و بخش گستردهای از تعلیمات اسلامی را به آنان تعلیم دهند. همان تعلیمات از طریق شاگردان امام، در منابع شیعه وارد شد. شاید علت اینکه لقب «باقر العلوم» به امام پنجم اختصاص یافته، آن است که آن بزرگوار آغازگر حرکت و نهضتی علمی بود که پس از ایشان با امام صادق (ع) ادامه یافت و به کمال خود رسید. درواقع آن حضرت شکافنده و باز کننده در دانش به سوی مسلمانان و امام صادق (ع) ادامه دهنده راه و مسیر امام باقر (ع) بودند.
آوازه وسعت علوم پیشوای پنجم، آن چنان کشور‌های اسلامی را پر کرده بود که لقب «باقرالعلوم» (که از جانب پیامبر (ص) به ایشان داده شده بود) تحقق عینی پیدا کرد؛ به گونه‌ای که دانشمندان بزرگ آن حضرت را با همین ویژگی یاد می‌کردند. مقام علمی امام باقر (ع) آن قدر عظیم و بلندمرتبه است که خیلی از مخالفانشان و نیز دانشمندان به این مسئله اعتراف و اقرار می‌کنند که در ادامه به دو نمونه از آن‌ها اشاره می‌شود:
۱. ابن حجر هیتمی می‌گوید: «محمدباقر به اندازه‌ای گنج‌های پنهان معارف و دانش‌ها را آشکار ساخته و حقایق احکام و حکمت‌ها و لطایف دانش‌ها را بیان کرده است که جز بر عناصر بی بصیرت یا بد سیرت پوشیده نیست و از همین جاست که وی را شکافنده و جامع علوم و برافرازنده پرچم دانش خوانده اند». (الصواعق المحرقه، ص ۲۰۱.)
۲. هشام بن عبدالملک که از دشمنان سرسخت اهل بیت (ع) است، خطاب به آن حضرت گفت: «از زمانی که مثل تو (در علم و مقام) وجود داشته باشد، قریش بر عرب و عجم آقایی می‌کند.» (اعلام الهدایة، ج ۷، ص ۲۲)
این‌ها فقط نمونه‌هایی از وجهه و چهره علمی امام باقر (ع) است و دوستداران حضرتش می‌توانند برای کسب اطلاعات بیشتر به این منبع مراجعه کنند: سیدجواد حسینی، مقام علمی امام باقر (ع)، فرهنگ کوثر ۱۳۸۸، شماره ۷۸.
از مهم‌ترین امتیازات امام باقر (ع) این است که حضرت بنیان گذار انقلاب فرهنگی و نهضت علمی شیعه، بلکه اسلام، شمرده می‌شوند. هر چند معارف اسلامی و تشیع به دست فرزندشان امام صادق (ع) انتشار و توسعه یافت و به اوج خود رسید، پایه گذاری و تأسیس آن به دست باکفایت امام باقر (ع) بود.
در دوران امام باقر (ع) دولت بنی امیه رو به زوال بود و مردم نیز به شدت از آن‌ها تنفر پیدا کرده بودند و اختلاف شدیدی در مملکت اسلامی به وجود آمده بود. امام باقر (ع) از این فرصت پیش آمده به بهترین شکل بهره بردند و شاگردان فراوانی تربیت کردند و علوم بی شماری را به آن‌ها تعلیم دادند.