به گزارش شهرآرانیوز هنگامی که امام (ره) آشکارا با لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی در ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ مخالفت کرد و به عراق تبعید شد، سیداحمدآقا تنها هجده سال داشت. مدرک دیپلمش را در رشته علوم طبیعی از دبیرستان حکیم نظامی گرفته بود و پس از آنکه برای ملاقات پدر به عراق سفر کرد، به توصیه ایشان تصمیم گرفت تا ادامه تحصیلات خود را در علوم حوزوی دنبال کند.
از عراق که به ایران برگشت، تمام قد در تلاش بود تا فرامین پدر را به احسن وجه اجرا کند؛ بنابراین علاوه بر تحصیل در حوزه علمیه، به دیدار خانواده زندانیان و تبعیدیان می‌رفت. از سفارش‌های دل گرم کننده امام (ره) برایشان می‌گفت و از سوی دیگر به تنظیم امور بیت پدر در قم می‌پرداخت. سه سال پس از آنکه امام (ره) از او خواست تا به سلک روحانیت درآید، به عراق برگشت تا به دستان پرمهر پدر معمم شود و به این ترتیب به فصل تازه‌ای از زندگی خود ورود کند.
در این بین ملاقات‌هایی با امام موسی صدر در لبنان ترتیب می‌داد تا علاوه بر انتقال دیدگاه‌های امام (ره) و گفتگو درباره بحران‌های منطقه، نظرات امام موسی صدر را نیز به گوش پدر برساند. فعالیت‌های محرمانه و سیاسی او که به مثابه مهره امن اطلاعاتی و اجرایی امام (ره) بود، موجب شد تا بار‌ها از سوی ساواک بازداشت و برای خروج از کشور با محدودیت روبه رو شود، اما استمرار فعالیت‌های او به عنوان یکی از نزدیک‌ترین و معتمدترین یاران امام (ره) سرانجام به ثمر نشست و آن هنگام که در ۱۲ بهمن سال ۱۳۵۷، دست در دست پدر از پله‌های هواپیما پایین آمد، برای نخستین بار به چهره‌ای آشنا در میان عامه جامعه تبدیل شد.
حالا تمامی اقشار در ایران می‌دانستند روحانی جوانی که امام (ره) را همراهی می‌کند، یار ایشان در فراز و نشیب‌های سیاسی اجتماعی است که پس از شهادت برادرش سیدمصطفی خمینی، مسئولیت برقراری ارتباطات گسترده امام (ره) با اقشار مختلف مردم را برعهده دارد. او که با انتقال امانت دارانه وصایای امام (ره) در دوران تبعید، در تلاش بود تا کانون مبارزات را گرم نگه دارد، پس از پیروزی انقلاب اسلامی نیز با عضویت در شورای پنج نفره مسئولان نظام، به عنوان رابط رهبر انقلاب حاضر می‌شد و خود نیز نظر مشورتی داشت.
با آغاز جنگ تحمیلی نیز، سیداحمد آقا بود که اخبار جنگ را بی واسطه به امام (ره) منتقل می‌کرد و پیام‌های سری و علنی ایشان را با شرکت در جلسات شورا و برنامه ریزی، به فرماندهان نظامی انتقال می‌داد. حضور سیداحمد خمینی در سال‌های پس از انقلاب اسلامی در مقام مشاور کاردان و خستگی ناپذیر امام (ره)، مؤثر و فعالیت‌های او پس از رحلت پدرش، جریان ساز بود.
احمد خمینی، علاوه بر ابلاغ امانت دارانه و سریع پیام‌های سری و علنی امام (ره) در ارتباط با امور نظامی و شرکت مستمر در جلسه‌های شورای عالی دفاع و فرماندهان نظامی، ارائه رأی و نظر مشورتی خویش به حضرت امام (ره) و شورا و برنامه ریزی دیدار رزمندگان ارتشی، سپاهی و بسیجی با فرمانده کل قوا را نیز برعهده داشت. در زمان حضور دوساله یادگار امام (ره) در شورای عالی انقلاب فرهنگی، اقدامات موثری، چون توسعه کمی و کیفی دانشگاه‌ها و ... انجام شد.
سیداحمد خمینی همواره با شرکت در جلسات بازسازی مناطق جنگ زده، به عنوان نماینده امام (ره) حاضر می‌شد و در ۱۷ شهریور ۱۳۶۷ نیز با تأسیس مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام (ره)، سیاست گذاری‌های این مجموعه را برعهده گرفت. پس از رحلت بنیان گذار انقلاب اسلامی نیز، تولیت مرقد ایشان به سیداحمدآقا واگذار شد. با انتخاب حضرت آیت ا... خامنه‌ای به عنوان رهبر جمهوری اسلامی ایران، حاج سیداحمدآقا ضمن حمایت از ایشان تا حد توان با عضویت در مجمع تشخیص مصلحت نظام، شورای عالی امنیت و شورای عالی انقلاب فرهنگی، برای ایجاد هماهنگی میان جناح‌ها تلاش کرد.
اما بروز ناگهانی عارضه قلبی موجب شد تا پس از یک هفته تلاش مستمر پزشکان در ۲۵ اسفند سال ۱۳۷۳، درست یک روز پس از زادروزش، در حالی که چهل ونه سال بیشتر نداشت، دار فانی را ترک کرد تا برای همیشه با عنوان «یادگار امام» در اذهان عموم ملت ایران جاودانه شود.
کتاب «دلیل آفتاب» خاطرات یادگار امام (ره) و تألیف سید احمد خمینی است که از سوی مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی (ره) منتشر و بار‌ها تجدید چاپ شده است. برشی از این کتاب مجموعه‌ای از سخنرانی ها، پیام‌ها و گفتگو‌های سید احمد خمینی در دیدار‌های مردمی و سمینارهاست: وقتی دیدند من به هیچ صراطی مستقیم نیستم توی کوچه‌ای از کوچه‌های قم به نام کوچه باغ چند نفر آمدند که ما از مقامات امنیتی هستیم باید به ساواک بیایی.
من حرفم همان بود که همیشه بود، گفتم باید از پدرم اجازه بگیرم که ریختند به جانم و کتک مفصلی به من زدند به صورتی که بیهوش شدم. وقتی به هوش آمدم مردم دورم جمع شده بودند و کتاب هایم را که هر ورقش یک طرف افتاده بود جمع کردند و دادند دستم. با این وضع درسم را ترک نکردم ولی در آن روز گیج گیج بودم....