نشسته زیر سایه درخت حیاط امامزاده، سرش را تکیه داده به بازو‌های پدر، گوشه عبای قهوه‌ای اش را گرفته و جوری به گنبد فیروزه آستان نگاه می‌کند که انگار بار اول است می‌بیند. بار‌ها شب‌های قدر و روز‌های محرم دست در دست مادر آمده اینجا و حالا دلش می‌خواهد برای چندمین بار، قصه مردی را که زیر قبه این آرامگاه خوابیده بداند.
پدر تکانی می‌خورد، گوشه عبایش را می‌کشد روی شانه اش، قرآن را می‌بندد و همین طور که با تسبیح شاه مقصود توی دستش بازی می‌کند می‌گوید: «اینجا آستان سلطان قریش است باباجان. امام سجاد (ع) پسری داشته به نام زید. زید که علیه بنی امیه قیام می‌کند و شهید می‌شود، فرزندش یحیی یعنی نوه امام سجاد (ع) راه می‌افتد سمت امویان که شرشان را بخواباند، اما در گرگان، شهید می‌شود.
توی لشکر جناب یحیی همین سلطان قریش خدمت می‌کرده. آمده بوده گازار خودمان، توی همین روستا مدتی استراحت کند، کم کم نمک گیر می‌شود، ازدواج می‌کند و همین جا هم از دنیا می‌رود. سلطان قریش، سردار سپاه، نوه امام سجاد (ع) بود؛ و محمدابراهیم جوری با لذت تا پایان روایت کنار پدر می‌نشیند که انگار شنیدن تاریخ، برای کودکی هفت هشت ساله، لذت بخش‌ترین تفریح دنیاست.
محمدابراهیم از همان روزها، شیفته تاریخ اسلام بود. از چنان پدر فرزانه و وارسته‌ای که تمام اهل روستا با طیب خاطر پشت سرش نماز می‌خواندند و امورات شرعی شان را به او می‌سپردند، پرورش چنین پسری دور از انتظار نبود. آن روز آخرین باری بود که محمدابراهیم سر به زانو‌های پدر، روایت آستان سلطان قریش روستا را از زبان پدر شنید و هرگز گمان نمی‌کرد پیش از ۱۰ سالگی، آغوش امن شیخ محمد را از دست بدهد. تا آن روز هرچه از خواندن قرآن و کتاب‌های فارسی آموخته بود به همت پدر بود و هم سلکان پدر. جای خالی شیخ محمد در قلب محمدابراهیم، مثل همان تک درخت حیاط آستان سلطان قریش بود که از ریشه بریده باشند. خالی و دردناک و بی جبران.
این بار اولی بود که به تنهایی گازار را ترک می‌کرد. هجرت از روستای زادگاهش به بیرجند، برای او که سیزده سال بیشتر نداشت، چالش دشواری بود، اما مادر محمدابراهیم از قوت قلب پسری که به دستان همسر خدابیامرزش تربیت شده بود، اطمینان داشت. محمدابراهیمش را عین موسی به رودخانه سرنوشت سپرد و کاسه آبی از عشق و دعای خیر پشت سرش پاشید.
بوی نم، هوای رفتن محمدابراهیم را پر کرده بود. اما تحصیل در مدرسه معصومیه را به بازی روی زمین‌های خاک آلود و دشت‌های سرسبز روستا ترجیح می‌داد. محمدابراهیم دیگر هرگز برای اقامت به گازار برنگشت. پنج سالی میهمان اهالی بیرجند شد. بار و بنه اش را توی مدرسه معصومیه زمین گذاشت و توی عالم سیزده سالگی با خودش تخیل می‌کرد که اگر سلطان قریش روزی با سپر و نیزه و اسب جنگی برای دفاع از اسلام به میدان آمد، حالا من با سلاح علم و قلم، به اسلام خدمت می‌کنم.
دلش می‌خواست سرباز خردمندی باشد در حفاظت از حقیقت تاریخ اسلام. هرچه بیشتر جلو می‌رفت و کتاب‌های بیشتری می‌خواند، اهمیت حراست از تاریخ اسلام برایش حیاتی‌تر می‌شد. مدرسه معصومیه بیرجند در ایام نوجوانی، نخستین سنگر محمدابراهیم بود و داشت بی وقفه با کتاب هایی، چون حاشیه ملاعبدا... یزدی و شرح شمسیه منطق و شرح لمعه شهید ثانی، خود را به سلاح‌های گوناگون مجهز می‌کرد تا در آینده‌ای که دور نبود، به دل تاریخ سفر کند. به این ترتیب، هجده ساله که شد، بیرجند را به مقصد مشهد ترک کرد و سوار بر اسبی که جنگی نبود، به کارزار بعدی خود سفر کرد. این بار مدرسه باقریه مشهد.
از وقتی جزوه نویس جلسات حاج ملاهادی سبزواری و حاج ملامحمد دهکی و ادیب نیشابوری شده بود، دل از عالم خیالات برداشته بود و هر آنچه او را به ادامه دادن مشتاق‌تر می‌کرد، شوق آموختن بود. محمدابراهیم داشت در حاشیه اقیانوسی شنا می‌کرد که پایانی نداشت. از هر طرف می‌رفت می‌رسید به فلسفه و کلام و اخلاق. در این بین، برخلاف شرایط مرسوم زمانه، تصمیم گرفت زبان انگلیسی اش را تقویت کند. آن قدر که بتواند متون فارسی را به انگلیسی و انگلیسی را به فارسی برگرداند.
کاری که کمتر کسی آن سال‌ها در حلقه علوم دینی به آن اهتمام داشت. اما نه فقط تمایل به زبان خارجه که در گام بعدی، ورود به دانشگاه، محمدابراهیم آیتی را از دیگر هم رده هایش متمایز می‌کرد. او طلبه‌ای آگاه، روشن فکر و ثابت قدم بود. تحصیل، ابتدای راه سربازِ گازاریِ اسلام بود.
از همان اواسط دهه ۴۰ که محمدابراهیم آیتی به دعوت بدیع الزمان فروزانفر به دانشگاه تهران آمد، دیگر پابند محافل علمی پایتخت شد. هم زمان که تدریس می‌کرد، فلسفه را هم در مقطع دکتری دنبال می‌کرد و همین که تحصیلات دانشگاهی اش تمام شد، با بهترین انتشارات آن سال‌ها از جمله انتشارات دانشگاه تهران، قرارداد بست. محافل ماهیانه او با چهره‌های برجسته ای، چون مرتضی مطهری، شهید بهشتی و سید محمود طالقانی در قالب انجمن ماهانه دینی، او را به نامی آشنا و معتبر در میان اهالی علم و معرفت تبدیل کرده بود.
کم کم پژوهش هایش در حوزه تاریخ اسلام آن قدر اعتبار یافته بود که کمتر کسی در حوزه پژوهش‌های مرتبط با تاریخ صدراسلام با او رقابت می‌کرد. ترجمه هایش به سبب وفاداری به محتوا و شیوایی کلام آن چنان مورد استقبال قرار می‌گرفت که همچنان که برای تمام سطوح مخاطبان قابل استفاده بود، بار‌ها از سوی چهره‌های علمی تحسین می‌شد.
تاریخ نگاری‌های او با نگاهی بی طرفانه، دقیق و متعهدانه به تدریج در آثار انتشار یافته اش منتشر می‌شد و هرکس در جست وجوی منبعی موثق و قابل اطمینان در حوزه تاریخ صدر اسلام بالاخص زندگی نامه و شرح روزگار سیاسی اجتماعی پیامبر (ص) بود، به آثار مرحوم آیتی مراجعه می‌کرد.
آن چنان که شهید مرتضی مطهری در وصف توان علمی و اطلاعات تاریخی دکتر آیتی گفته بود: «من به جرئت می‌توانم بگویم آقای آیتی مورخی است که نسبت به تاریخ صدر اسلام، در همه تهران و شاید همه کشور کسی را نداریم که به تاریخ صد ساله اول اسلام مثل آقای آیتی احاطه داشته باشد.
کسی مثل او نیست که به جزئیات این قسمت از تاریخ احاطه و اطلاع داشته باشد. این مرد بر تمام متون تاریخی این قسمت مسلط است و جزئیاتش را می‌داند. همه سخنش را حجت و سند می‌شمردند.»، اما افسوس که در ابتدای دهه ششم زندگی اش، در حالی که ۵۱ سال بیشتر نداشت در اثر یک سانحه رانندگی جان به جان آفرین تسلیم و جامعه دین داران و اندیشمندان را مبهوت و متأثر کرد.
پیکرش به فرموده آیت ا... مرعشی نجفی به قبرستان ابوحسین قم جایی که علمای بسیاری در آن آرمیده اند، دفن شد و بر سنگ مزارش نگاشتند: «معظم له دارای ملکات نفسانیه و جامع علوم نقلیه و عقلیه و مروج طریقه جعفریه بود.» به سان سلطان قریش که در رکاب فرزندان امیرمومنان (ع) بود.
«تاریخ پیامبر اسلام (ص)» مبتنی بر تحقیقات گسترده و دقیق و بر اساس متون کهن در ارتباط با زندگی پیامبر اکرم (ص) با قلمی سلیس و روان نگاشته شده و در آن به شرح زندگانی پیامبر، حوادث دوران رسالت به ترتیب تاریخ و رویداد‌های هریک از سال‌های هجری اشاره شده.
نیاکان رسول خدا، ولادت، کودکی، فوت مادر، درگذشت حضرت عبدالمطلب و ابوطالب، سفر به شام، ازدواج با حضرت خدیجه (س) و...، از جمله سرفصل‌های این اثر ارزشمند است که تا سال نهم هجری نگاشته شد و به دلیل فوت نابهنگام مؤلف، در همین تاریخ متوقف می‌شود. از جمله ویژگی‌های این اثر، قالب گزارشی وقایع است بی آنکه نویسنده اثر بنایی به تحلیل تاریخ داشته باشد. این اثر در نخستین دوره انتخاب کتاب سال جمهوری اسلامی ایران در سال ۱۳۶۲ به عنوان کتاب برگزیده سال در حوزه علوم و معارف اسلامی و تاریخ و سیره انتخاب شد.