جواد نکونام طی یک تصمیم سریع زیلیکیچ را از ترکیب استقلال کنار گذاشت. این بازیکن را مدیران باشگاه به خدمت گرفته بودند.
گروه ورزش|شهرآرانیوز، در شرایطی که احتمال جدایی نکونام از استقلال قوت گرفته بود و باشگاه استقلال با انتشار بیانیه‌ای خبر از تداوم همکاری با این مربی را داد، اما جواد نکونام با یک تصمیم انتحاری زیلیکیچ، بازیکن بوسنیایی را از ترکیب استقلال کنار گذاشت.
این بازیکن را مدیران باشگاه استقلال به خدمت گرفته بودند و بعد از اینکه نکونام به عنوان سرمربی این تیم انتخاب شد صراحتا اعلام کرد خرید‌های باشگاه مورد تایید او نیست. با این حال سرمربی استقلال چند وقتی را صبر کرد تا شاید زیلیکیچ نظر مساعدش را جلب کند، اما با وجود حضور این بازیکن در تمرینات استقلال، اما نظر مساعد سرمربی استقلال جلب نشده و نکونام نیز با اتخاذ یک تصمیم انتحاری رای به حذف این بازیکن داده است.
برخی معتقدند تصمیم به کنار گذاشتن این بازیکن در روز‌هایی که مدیران آبی به دنبال برکناری نکونام بودند نوعی مقابله به مثل از سوی سرمربی آبی‌ها به حساب می‌آید، اما برخی هم معتقدند که این تصمیم در این ایام هیچ ارتباطی به موضوع اختلافات اخیر ندارد و نکونام به دنبال تقویت تیمش است و قصد دارد یک بازیکن دیگر را به جای زیلیکیچ بوسنیایی به استقلال بیاورد تا شرایط فنی تیمش بهبود یابد.
پیش از زیلیکیچ کیوسفسکی نیز از ترکیب استقلال کنار گذاشته شده بود، اما باشگاه استقلال به دلیل تعهدات الزام آور قراردادی که با این بازیکنان امضاء کرده ناچار به پرداخت غرامت خواهد بود.
بدون شک اگر مدیران باشگاه استقلال در جذب بازیکنان جدید قدری صبر و حوصله به خرج می‌دادند چنین اتفاقاتی رخ نمی‌داد.