بدهی باشگاه استقلال به وینفرد شفر از آن دسته بدهی‌ها است که مشکلات بزرگی برای این باشگاه به وجود آورده است.
گروه ورزش/شهرآرانیوز، شاید اگر مدیران سابق باشگاه استقلال آن برخورد سخیف را با مربی آلمانی انجام نمی‌دادند و جلوی حضورش در تمرین استقلال را نمی‌گرفتند شفر هم به مانند برانکو با مماشات بیشتری در مقابل استقلال ظاهر می‌شد، اما رفتار به شدت زننده و دور از ادب باشگاه استقلال با شفر در ممانعت با ورود این مربی به محل تمرین استقلال در زمین شرکت نفت تهرانسر باعث شده تا این مربی با جدیت و بدون در نظر گرفتن ملایمات پیگیر مطالبات خود از باشگاه استقلال باشد.
شفر که دوست داشت با استقلال روز‌های بهتری را تجربه کند علاوه بر آن برخورد غیرحرفه‌ای با خلف وعده‌های مکرر باشگاه استقلال در پرداخت دستمزد خود نیز مواجه شده که این دعوی را به فیفا کشانده و توانسته از فیفا حکمی علیه باشگاه استقلال بگیرد. حکمی که گره خورده به سرنوشت باشگاه استقلال در نقل و انتقالات و چنانچه سران باشگاه نتوانند دیون باقی مانده به این مربی را پرداخت کنند از نقل وانتقالات جدید محروم بوده و نمی‌توانند بازیکنان جدید خود را استفاده کنند. به همین دلیل است که بدهی به شفر باید هرچه زودتر پرداخت شود چراکه علاوه بر این مشکل، سود حاصل از دیر کرد پراخت بدهی نیز هرماه به حساب باشگاه استقلال نوشته خواهد شد و هیچ بعید نیست اگر آبی‌ها در پرداخت بدهی شفر تاخیر کنند، بدهی به ۶۰۰ هزار دلار هم برسد.
در همین راستا باشگاه استقلال تلاش‌هایی انجام داده و براساس شنیده‌ها قرار است ظرف هفته‌های آتی دیون باقی مانده به این مربی آلمانی پرداخت شده تا باشگاه استقلال نیز بتواند از بازیکنان جدید خود بهره ببرد. گفته می‌شود بدهی به شفر نهایت تا یک ماه دیگر از حساب باشگاه استقلال به حساب این مربی خواهد رفت تا پرونده به کلی بسته شود. بدون شک اگر چنین اتفاقی رخ دهد، باشگاه استقلال از فرو رفتن بیشتر در باتلاقی بزرگ درامان خواهد بود. هرچند که بدهی به استراماچونی و پادووانی نیز باقی مانده و قرار است فیفا درباره این دو نیز به زودی برای باشگاه استقلال تعیین تکلیف کند.