در قرن دوازدهم هجری فلسفه از پیشرفت بازماند و بعد از صدرالدین شیرازی و شاگردان او دیگر حکیمی بنام از کشور ایران برنخاست، تا آنکه در قرن سیزدهم هجری بار دیگر حاجی ملاهادی سبزواری حوزه بحث و تدریس حکمت را در سبزوار دایر کرد.
وی بزرگ‌ترین حکیم قرن سیزدهم هجری و شاید بعد از ملاصدرا، معتبرترین مدرسین فلسفۀ اشراق است. مرحوم حاجی ملاهادی سبزواری ً متعلق به نسل پنجم بعد از آخوند ملاصدرا است و در این فاصله سرآمد همۀ مشتغلین به فلسفه بوده است و در حالی که چهار طبقه مدرسین و حکمایی که بین او و ملاصدرا فاصله بوده‌اند فقط به تدریس و شرح و توضیح اسفار ملاصدرا اشتغال داشته‌اند، حاج ملاهادی یک نوع تبرز و تبحری داشته و تقریبا در عرض ملاصدرا محسوب می‌شده است. ناصرالدین شاه در سفری که به سبزوار داشته با ملاهادی سبزواری دیدار کرده است. داستان این دیدار به قلم ناصرالدین شاه نوشته شده است. متن این یادداشت را در ادامه می‌خوانید.
صبح از خواب برخاستم، امروز و فردا در اینجا اتراق است، زبیده گفت، گربه کوفته را گربه‌های سبزواری زخمی کرده‌اند، برخاستم دیدم بیچاره کوفته را شکمش را دریده‌اند. خلاصه دو ساعت به غروب مانده، سپهسالار، حاجی ملا هادی حکیم سبزواری را به حضور آورد. مردی است بلند بالا، کمر راست، خوش سیما، ریش سیاه، نه بلند نه کوتاه، چشم‌های قدری مایل به احولی خنده‌رو، خوش‌صحبت، مرتاض، از همه جهت ممتاز، عمامه سفیدی داشت شبیه به حاجی ملا میرزا محمد اندرمانی مرحوم بود.
خلاصه نشست قدری صحبت شد. حاجی ملا هادی هفتاد ساله است. بعد ایشان رفتند. حاجی میرزا ابراهیم مجتهد سبزواری آمد، حاجی مجتهد و ملاک و اهل دنیا و همه کاره است. پسر محمد رضا میرزای مرحوم هم با او آمد حضور، عمامه سفیدی داشت، پانزده سال است در سبزوار توطن کرده است. پیش حاجی ملا هادی درس می‌خواند. ایشان هم رفتند، بعد برخاسته غروب شد. رفتم اندرون، عزت الدوله هم آنجا بود قدری گشتم، سر سیا می‌لنگد، شب شام خورده خوابیدیم.»
صبح دو ساعت به دسته مانده از خواب برخاستم، هوا خوب بود. چای خورده رخت پوشیده، سرداری مرصعی پوشیدم. اسب حاضر شد. سوار شدیم، امین الدوله، امین الملک و ... بودند. گربه کوچکه دیشب پیش من خوابیده بود.
خلاصه سوار شده راندیم رو به شهر، از دم ارگ گذشته، ارگ محکمی خوبی داشت، خراب شده است، سپهسالار آنجا بود. حکم به تعمیر ارگ شد. از دروازه ارگ به شهر داخل شده از شهر و بازار گذشتیم. به خانه حاجی میرزا ابراهیم مجتهد رفته بازدید کردیم. خانه باغچه خوبی داشت. از آنجا برخاسته باز از بازار رفته بعد به خانه حاجی ملاهادی رفتیم. خانه غریبی داشت، بالمره درویش بود. فرش اطاق حصیر بود، خانه خشت و گل بسیار بسیار محقر، قدری آنجا نشسته. حاجی سه پسر داشت، یکی ریش دار، یکی جوان، یکی پسر، همه معمم و طالب علم و ادب و حکمت. قدری با حاجی صحبت کرده برخاستم.