امام محمدباقر (ع) شخصیتی علمی، فکری، فرهنگی و اعتقادی هستند که، چون از سمت مادر نسبش به امام حسن (ع) و از سوی پدر به امام حسین (ع) می‌رسد، ایشان را «علوی من علویین»، «فاطمی من فاطمیین» و «هاشمی من هاشمیین» لقب داده‌اند.
دوران امامتش که به حدود بیست سال رسید، دوران پرباری برای جامعه اسلامی بود، زیرا به‌دلیل رو به‌زوال‌بودن حکومت بنی‌امیه و تازه‌کاربودن حکومت بنی‌عباس، دستگاه حکومت بیشتر درگیر خود و تغییر خلفا بود، به‌نحوی‌که در مدت امامت امام باقر (ع)، پنج خلیفه منصوب شدند. این شرایط خاص و مشغولیت درونی دستگاه حکومت، فرصتی را برای امام باقر (ع) ایجاد کرده بود برای یک انقلاب فکری وفرهنگی و زدودن ابهامات و شبهات از حقیقت اسلام و معارف اهل‌بیت (ع)، زیرا پس از واقعه کربلا، در جامعه بین قرآن و اهل‌بیت (ع) تاحدود زیادی فاصله افتاده بود.
در زمان ایشان بسیاری از ابهامات زدوده و علوم مختلف همچون تفسیر، کلام، منطق و علوم متنوع روز گسترش یافت. در آموزه‌های دینی نیز موضوعی نداریم که ایشان درباره آن سخن نگفته باشد. امام باقر (ع) که از مادری عالم و فهیم متولد شده بود که خود مدرس علوم مختلف بود، اکثر سؤالات را با قرآن کریم پاسخ می‌داد، بنابراین اگر ایشان را بنیان‌گذار مبانی علمی و فکری در آموزه‌های مکتب تشیع بدانیم، گزاف نگفته‌ایم؛ چه بسا یکی از دلایل اینکه ایشان «باقرالعلوم» لقب گرفته است، همین شکافتن و پرده برداشتن از حقایق باشد. در میان بزرگان علما اعم از شیعه و اهل‌سنت کسی نمی‌تواند ادعا کند بدون نیاز به امام باقر (ع) مدارج علمی را طی کرده است.
این امام همام در عین بنیه قوی علمی و فضل و تقوای بی‌بدیل همچون اجداد طاهرینش، از طریق کار تشکیلاتی و شبکه‌سازی شاگردانش، علمای بزرگی را در اقصی نقاط جهان اسلام پرورش داد که خود جزو بزرگان وقت بودند و علوم و معارف را به مردم منتقل می‌کردند مانند زرارة‌بن‌اعین، ابوبصیر اسدی، فضیل بن یسار، محمدبن مسلم، هشام بن حکم و ابوحمزه ثمالی و امروز ما در همه علوم و قوانین اخلاقی، اجتماعی و سیاسی مرهون تلاش‌های امام‌باقر (ع) هستیم.
امام پنجم همچنین نه‌تن‌ها با علما و اهل درس بلکه با افراد عادی جامعه یا ضعفا و فقرا نیز متواضعانه نشست و برخاست داشت و هم‌کلام و هم‌سفره می‌شد، شب‌ها به خرابه‌ها سر می‌زد و برای بینوایان آب‌وغذا می‌برد، نمازجماعت را با مردم می‌خواند و پس از آن برای رسیدگی به امور مردم درمسجد می‌نشست.
با وجود همه مشغله‌ها، ایشان از کار اصلی تقویت و پیشبرد تشکیلات شیعی که از زمان امام‌سجاد (ع) به‌عنوان یک جریان سیاسی‌مذهبی منظم برای مرتبط نگه‌داشتن وابستگان به طرز فکر اسلامی ایجاد شده بود تا ضمن تجهیز روحی و فکری، آن‌ها را برای قیام علیه حکومت ظالمانه وقت و بازپس‌گیری حق الهی رهبری جامعه اسلامی آماده کند، غفلت نکرد و ضمن مجاهدت مستمر در این مسیر، متحمل زندان و محدودیت‌ها و آزار‌های مختلف حکومت شد.