فضل‌ا... بن روزبهان خنجی که در سال ۹۱۵هجری قمری در التزام محمدخان شیبانی به قصد زیارت حرم مطهر رضوی به مشهد آمده، در کتاب «مهمان‌نامه بخارا» ضمن بیان ویرانی طوس و اراده شیبک‌خان بر عمارت آن شهر، درباره چگونگی در‌امان‌ماندن مشهد از یورش مغول‌ها چنین سروده است:
شهر طوس از ظهور چنگیزخان
گشت، چون مرو با زمین یکسان
در خراسان چو لشکرش زد کوس
قتل عامی نمود اندر طوس
لشکرش کرد همدمی آنجا
زنده نگذاشت آدمی آنجا...
رایِ عالیِ خانِ چنگیزی.
چون درآمد به عزم خون‌ریزی
آنکه را بهر قتل تعیین کرد
وقت رفتن چنینش تلقین کرد
که ز نسل محمد‌آقاخان
هست آسوده سیدی آنجا
حرمت قبر او نکو دارید
اهل آن مقبره میازارید
تو نگه کن بزرگ چنگیزخان
مشهد شاه ساخت دارِ امان...
و به این ترتیب مشهد نجات یافت و آن‌گاه‌که شهر‌های هرات، نیشابور و طوس ویران و مردمشان قتل‌عام یا آواره شده بودند، تنها شهر قابل سکونت در خراسان، مشهد بود و حرم رضوی که موجب نجات شهر شده بود، بعد از غائله مغول، ملجأ و پناه بینوایان و آوارگان گشت. البته که مشهد از قِبل این وقایع توسعه و رونق هم یافت و در حرم مطهر نیز شاهد تغییرات عمرانی مثبت هستیم.
برای مثال نخستین حاکم مسلمان‌شده مغول، محمود یا غازان‌خان (۷۰۲-۶۸۴هجری‌قمری)، دستور ترمیم و سامان‌دهی حرم را صادر کرد و سلطان محمد الجایتو ملقب به «خدابنده» (۷۱۶-۷۰۳هجری قمری) که شیعه شده بود، نیز اقدامات عمرانی غازان‌خان را در حرم مطهر دنبال کرد. در آن زمان، مجموعه حرم مشتمل بر چند بنای کوچک در شمال بقعه و مسجد بالاسر بود که به مقتضای زمان به شیوه رازی ساخته شده بودند.
بنا به گزارش ابن‌بطوطه در سال ۷۳۴هجری‌قمری، حرم رضوی مشتمل بر گنبدی بزرگ، مسجد و مدرسه‌ای در‌کنار آن بوده است و دیوار‌های آن با کاشی زینت یافته بودند. روی قبر امام (ع) یک ضریح چوبی قرار داشت که سطح آن با صفحه‌های نقره پوشیده شده بود و از سقف مقبره، قندیل‌های نقره آویخته بود. بر ورودی بقعه، دری نقره‌کوب استقرار داشت و روی در، پرده ابریشم زردوزی آویخته بود و کف حرم با فرش‌های گوناگون مفروش بود.
اما تغییر و تحولات و دگرگونی‌های بزرگ از دوران تیموریان و مشخصا از عصر شاهرخ تیموری در مجموعه حرم رضوی رخ داد و آن دگرگونی به حدی بود که شیوه معماری حرم رضوی را که «رازی» بود، به «آذری» تغییر داد. در توضیح این سطر باید بگوییم گوهرشاد، همسر شاهرخ تیموری، بانی مسجدی عظیم در جنوب حرم مطهر و به فاصله ۳۱متری آن شد.
او این مهم را به معمار بزرگ و مشهور شیرازی معروف به «مولانا قوام‌الدین شیرازی» سپرد و او در عرصه‌ای به وسعت بیش از ۹ هزارمترمربع، آن را به شیوه مسجد-مدرسه‌های عصر تیموری مشتمل بر یک میان‌سرای وسیع، چهار ایوان، گنبد، مناره‌ها، غرفه‌ها، حجره‌ها و شبستان‌ها در سال۸۲۱هجری‌قمری بر‌آورد و معماران، هنرمندان، نگارگران و خوش‌نویسان چیره‌دستی، چون بایسنقر‌میرزا، پسر گوهرشاد‌خاتون، آن را آراستند. علاوه‌بر مسجد گوهرشاد، دو رواق دارالحفاظ و دارالسیاده نیز ساخته شدند تا حرم مطهر را به مسجد گوهرشاد ارتباط دهند.
آن ابنیه را قوام‌الدین شیرازی به شیوه آذری ساخت؛ زیرا به تبعیت از اصول حاکم بر آن شیوه در نظر داشت فضا‌های لازم را در آن بگنجاند، بر فراز ایوان قبله گنبد و گلدسته‌های بلند بر‌افرازد و رویه دیوار‌ها را با کاشی معرق رنگارنگ و کتیبه‌های کاشی ثلث و معقلی بیاراید، اما در ارتفاع‌دادن به گنبد و مناره‌ها ناکام ماند؛ زیرا اگر به شیوه آذری، گنبد را با ساقه بلند می‌ساخت و گلدسته‌ها را نیز بلند برمی‌آورد، ارتفاع آن‌ها از ۵۰متر بیشتر می‌شد و بر گنبد اولیه حرم مطهر که حدود ۱۷متر بلندا داشت، پیشی می‌گرفت؛ بنابراین از ایجاد ساقه‌ای بلند برای گنبد و گلدسته‌های ایوان قبله صرف نظر و به احداث گلدسته‌های کوتاه و گنبدی به ارتفاع ۳۷متر اکتفا کرد، اما به آن هم قانع نشد؛ زیرا ایوان و گنبد مسجد گوهرشاد که به یمن حرم مطهر در جوار آن ساخته شده بود، همچنان بیش از گنبد حرم مطهر خود را به رخ می‌کشید.
تنها راهی که به نظر استاد قوام‌الدین رسید تا میان گنبد حرم و گنبد ایوان مقصوره مسجد گوهرشاد تعادل بر قرار کند، آن بود که شیوه معماری رازی حرم مطهر را به شیوه آذری تغییر دهد تا بتواند بر ارتفاع و شکوه آن بیفزاید. جهت نیل به آن هدف، نخست بدنه‌های حرم تقویت شدند و آن‌گاه بدون اینکه گنبد اولیه برداشته شود، بر فراز بازو‌های تقویت‌شده و پیرامون گنبد اولیه، شالوده ساقه استوانه‌ای ریخته شد و متکی به دیوارک‌های عمود بر گنبد اولیه معروف به «خاشخاشی» ساقه استوانه‌ای به بلندای ۱۲متر ساخته شد و بر فراز ساقه گنبد پیازی موزونی استقرار یافت و مثل هر بنای دیگر «سبک آذری»، زمینه نصب هر نوع تزیین اعم از کاشی، سنگ و طلا فراهم گردید.