طبق قرائن و شواهد تاریخی و آن چیزی که اکنون بعد از انقلاب اسلامی در فضای فعلی تجربه می‌کنیم، به نظر می‌رسد حوزه علمیه به عنوان مهم‌ترین نهاد متولی دین در بخش‌های آموزش، پژوهش، تبلیغ و همه اموری که به وجوه مختلف دین می‌پردازد، محسوب می‌شود. از سوی دیگر مهم‌ترین مسئله حوزه‌های علمیه در وضعیت فعلی انقلاب اسلامی نیز به تعبیر امام خمینی (ره)، مسئله اداره جامعه در سطح جهانی است.
همان طور که می‌دانیم، در نظر حضرت امام (ره)، «یک مجتهد باید زیرکی و هوش و فراست هدایت یک جامعه بزرگ اسلامی و حتی غیراسلامی را داشته باشد (صحیفه نور، ج ۲۱)». اگر این مبنا را بپذیریم، از این نظر حوزه‌های علمیه ازجمله حوزه علمیه خراسان باید بتوانند مجتهدانی تربیت کنند که چنین توانایی را در اداره جوامع اسلامی و غیراسلامی داشته باشند.
بااین حال، مسئله اداره جهان در دوره معاصر پیچیدگی‌های بسیاری دارد و تحقق چنین آرمان و هدفی دست کم در مسائل مربوط به علم، ازجمله پژوهش و... اقتضائات خاص خودش را دارد و مستلزم به کارگیری ابزار‌های مختلف و متنوعی است که در رویارویی با این پیچیدگی بتواند از پس تحقق چنین آرمانی برآید. ازجمله این اقتضائات، شناخت مبانی، رویداد‌ها و اقتضائات خاص جوامع فعلی در جهان است که عمدتا تحت تأثیر جهان مدرن قرار دارند.
بااین حال، چنین افق و آرمانی دقیقا در مقطعی از سوی حضرت امام (ره) طرح می‌شود که از لحاظ تاریخی حوزه علمیه یا به صورت کلی‌تر نهاد علم در سنت اسلامی ایرانی، در یکی از ضعیف‌ترین وضعیت‌های تاریخی خودش قرار دارد. علت این وضعیت در قبل از وقوع انقلاب اسلامی هم عمدتا سیاست‌های رژیم پهلوی است که باعث شده است حوزه‌های علمیه به شدت ضعیف شوند.
فارغ از سیاست‌های اقتصادی و فرهنگی یا نهادی و اداری، رژیم پهلوی با تأسیس نهاد موازی حوزه علمیه یعنی دانشگاه و مشخصا دانشگاه تهران، به عنوان اولین دانشگاه ایرانی و بعد بقیه دانشگاه‌ها در سراسر کشور، عملا نرم افزار‌هایی را که در اختیار حوزه علمیه بود، ازجمله قضاوت، سیاست، قلمرو‌های مربوط به اعتقادات، حتی علوم طبیعی و نظایر آن‌ها را یکی پس از دیگری از حوزه گرفت و به نهاد موازی آن یعنی دانشگاه سپرد. حتی علوم اسلامی خاص مثل حدیث، فقه و امثال این‌ها هم در نهاد موازی حوزه علمیه یعنی دانشگاه رونق پیدا می‌کند. براساس این شواهد، در دوره پهلوی شاهد یکی از ضعیف‌ترین دوره‌های حوزه علمیه هستیم.
این موضوع را رهبر معظم انقلاب در تحلیلی از حوزه علمیه خراسان در دوره پهلوی در قالب پژوهشی که بعد از انقلاب اسلامی منتشر شد، ارائه داده اند؛ بنابراین ما در صد سال گذشته از یک سو شاهد ضعیف شدن حوزه هستیم و از سوی دیگر، با وقوع انقلاب اسلامی و تحقق این پیچ اجتماعی تاریخی، در معرض بزرگ‌ترین آرزو و وضعیت آرمانی و بزرگ‌ترین و کلان‌ترین ادعای تاریخی این نهاد در عصر غیبت کبری یعنی نشستن در منصب اداره جامعه و طرح حکومت براساس ولایت فقیه هستیم.
ما در طول غیبت کبری تقریبا هیچ دوره‌ای نداریم که مانند دوره جمهوری اسلامی، روحانیت و حوزه‌های علمیه در معرض چنین وظیفه سنگینی قرار گرفته باشند. در دوره غیبت کبری تقریبا هیچ گاه تشکیل حکومت اسلامی به شکل فعلی را نداشتیم و همیشه درواقع، حتی فقه سیاسی یا کنشگری سیاسی علما در حاشیه شاه و سلطنت صورت می‌گرفته است، درحالی که اکنون فردی که در رأس حکومت قرار گرفته، ولی فقیه است که از دامن حوزه علمیه و روحانیت ظهور کرده و به این مقام نائل آمده است؛ بنابراین به عنوان مثال اگر در دوران صفویه به دلیل همراهی شاهان صفوی با تشیع و علمای شیعه، شاهد رونق فعالیت دینی حوزه علمیه هستیم، اکنون باید این وضعیت گسترده‌تر باشد.
این فعالیت گسترده اکنون با نظارت و همراهی، ولی فقیه صورت می‌گیرد، نه پادشاه و سلطان و از این نظر نهاد حوزه علمیه باید بتواند با هماهنگی محتوایی، ساختاری و با بهره گیری از ذخایر و سنت دینی ما در هنر، سیاست، طبیعیات و در قلمرو‌های دیگر، هدف و آرمان سترگ فعلی اش را محقق کند.
بااین حال، مسئله بسیار مهم دیگری که در وضعیت پساانقلابی پیش روی حوزه علمیه است، نحوه تعامل آن با نهاد موازی اش یعنی دانشگاه است. برخلاف نظر بعضی افراد در اوایل انقلاب اسلامی، امامین انقلاب هیچ کدام با حذف نهاد دانشگاه موافق نبودند و در مقابل، ایده وحدت حوزه و دانشگاه را مطرح ساخته اند؛ دلیل آن هم می‌تواند توجه ظریف آن‌ها به پیچیدگی‌های اداره جهان یعنی اداره جامعه اسلامی و غیراسلامی در وضعیت تاریخی فعلی باشد.
با این مقدمات، اکنون می‌توان به شاخص‌ها و ملاک‌هایی برای نقد و بررسی عملکرد حوزه‌های علمیه دست یافت. باید توجه کرد که ملاک نقد و بررسی حوزه‌های علمیه در وضعیت پساانقلابی،