دومین دوره انتخابات مجلس شورای اسلامی در فروردین‌ماه ۱۳۶۳در شرایطی متفاوت با دوره نخست و در حالی برگزار شد که کشور در حالت جنگ و در وضعیت تحریم شدید سیاسی، نظامی و اقتصادی به سر می‌برد. با کناره‌گیری تدریجی نیرو‌های ملی‌مذهبی و نیز چپ‌ها از ساختار سیاسی نظام، انتخابات این دوره از مجلس، صحنه رقابت نیرو‌های موسوم به خط امام یا مکتبی بود. بنابراین، برخی با خوش‌بینی تصور می‌کردند که یک‌دست بودن داوطلبان نمایندگی مجلس، فضای سیاسی کشور را از هرگونه چالش مصون می‌دارد، اما شرایط به گونه‌ای دیگر رقم خورد. در این دوره علاوه بر حزب جمهوری اسلامی و هم‌پیمانانش در جامعه روحانیت مبارز و حزب مؤتلفه اسلامی، سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی و دفتر تحکیم وحدت نیز حضور داشتند. مدتی پیش از آغاز انتخابات، بذر اختلاف نظر و چالش در میان نیرو‌های انقلابی پاشیده شده بود. بدیهی بود انتخابات نمی‌توانست بدون هیچ‌گونه چالشی برگزار شود.
رهبری متوجه جو حاکم بر انتخابات و شکل‌گیری منازعات جدید شدند، بنابراین به روش‌های مختلف تلاش نمودند دسته‌بندی‌ها و جناح‌بندی‌های سیاسی، حق انتخاب را از مردم سلب ننماید. از آنجا که ایشان اهمیت و ارزش ویژه‌ای برای جنبه مردم‌سالارانه نظام جمهوری اسلامی قائل بودند، در شرایط و موقعیت‌های مختلف، کاندیدا‌های مجلس را از درگیری‌های جناحی و گروهی برحذر می‌داشتند. در این انتخابات ۱۵۸۶نفر آمادگی خود را برای کاندیداتوری اعلام کردند که صلاحیت ۱۲۷۵نفر از داوطلبان از سوی هیئت‌های اجرایی و شورای نگهبان تأیید شد. انتخابات در فضایی آرام و غیرمتشنج در ۲ مرحله انجام شد. در مرحله نخست ۱۲۱ نماینده و در دور دوم ۱۳۰ نفر به مجلس راه یافتند. حدود ۶۵ درصد واجدین حق رأی در این انتخابات شرکت کردند که با توجه به فضای جنگی آن زمان درصد درخور توجهی است و نشان از میزان بالای مشروعیت نظام در آن زمان دارد. در برخی از حوزه‌های انتخابیه به دلیل شرایط جنگی انتخابات برگزار نشد. در این میان، چندین مورد تخلف در انتخابات گزارش شد که به ابطال نتایج ۲۷ حوزه انتخاباتی از جانب شورای نگهبان منجر گردید. ابطال برخی از حوزه‌های انتخاباتی تنش‌هایی ایجاد نمود و هر یک از ۲ جناح چپ و راست یکدیگر را به تقلب در انتخابات متهم نمودند و اعلامیه‌ها و خطابه‌هایی در مطبوعات و محافل علیه شورای نگهبان منتشر کردند. حتی عد‌ه‌ای از نمایندگان علیه شورای نگهبان نامه‌ای به رهبری نوشتند و این شورا را به عدم بی‌طرفی در امر نظارت بر انتخابات متهم کردند، اما ایشان در پیامی جایگاه رفیع شورای نگهبان و خطر تضعیف آن را گوشزد نمودند و احترام به این نهاد را بر همگان لازم دانستند. نتیجه انتخابات حاکی از موفقیت نسبی هر ۲ جناح به یک اندازه بود؛ اما با توجه به نتایج کلی آرای کشور، به نظر می‌رسید که جناح چپ به موفقیت بیشتری دست یافته است. اهمیت این دوره از انتخابات از این جهت بود که اولا شورای نگهبان به‌طور جدی به امر نظارت بر انتخابات ورود پیدا کرد و دوم اینکه شاهد آغاز رویارویی ۲ جناح موسوم به چپ و راست در درون نیرو‌های انقلاب هستیم.
از این زمان به بعد است که اختلافات جناحی در عرصه سیاست ایران خودنمایی کرد؛ هرچند نتیجه انتخابات نشان داد که مردم بدون توجه به جناح‌بندی‌های سیاسی به چهره‌های مشهور رأی داده بودند و این گویای آن است که در این زمان جریان‌های موجود در کشور هنوز برای عموم شناخته‌شده نبود. ازجمله مسائل این دوره می‌توان به رأی اعتماد به نخست‌وزیری مهندس موسوی اشاره کرد که به قضیه «۹۹نفر» منجر شد. مسئله دیگر، تعطیلی فعالیت حزب جمهوری اسلامی بود و نیز اختلاف در «جامعه روحانیت مبارز» که باعث انشعاب «مجمع روحانیون مبارز» از درون آن گردید. از دیگر رویداد‌های این دوره، تشکیل «مجمع تشخیص مصلحت نظام» است که در نتیجه اختلاف بین مجلس و شورای نگهبان به‌وجود آمد. در عین حال، مسئله اصلی کشور در مجلس دوم جنگ و اداره آن بود.
حمایت‌های گفتاری و عملی نمایندگان در لزوم دفاع از کشور، حضور در مناطق جنگ‌زده و تشویق مردم به مقاومت بیشتر و وضع قوانین جنگی و نظامی، وقت زیادی از مجلس دوم را به خود اختصاص داد.