به گزارش شهرآرانیوز ۱۳ فروردین ۱۳۱۴ خورشیدی «جشن شیراز» برگزار شد. جشنی که وزیر فرهنگ وقت پهلوی هم در آن حاضر بود، چهل زن و دختر بی حجاب، به رقص و پایکوبی پرداختند. آیت ا... «فال اسیری» یکی از علمای شیراز به این جشن اعتراض کرد و البته به زندان افتاد. هم زمان با قم و تبریز، علمای حوزه علمیه در مشهد نیز عَلَم اعتراض را بلند کردند.
«سید» از جمله علمایی بود که خیلی زود متوجه ماجرا شد و در منبرش اعلام کرد که آیین نامه‌های تغییر اجباری لباس کارمندان و کلاه پهلوی یا شاپو برای مردم، مقدمه‌ای است برای تغییر پوشش و حجاب زنان و دختران. البته برخی‌ها برای آرام کردن اوضاع، شایعه کردند شاه با کار‌های انجام شده در جشن شیراز مخالف بوده و این ماجرا بدون اطلاع او انجام شده است. علی اصغر حکمت، وزیر فرهنگ دربار، اما در یک سخنرانی به صراحت اعلام می‌کند همه امور مملکت با نظر شخص رضاخان و دستور اوست، از جمله جشن شیراز.
اخبار شهر‌های مختلف از جمله خبر سخنرانی حکمت که به مشهد می‌رسد، آیت ا... سیدحسین قمی به منبر می‌رود. سخنان او به گریه شدید ختم می‌شود، در حالی که اعلام می‌کند: «… خلاصه اینکه اسلام در خطر است. امروز اسلام فدایی می‌خواهد. من حاضرم فدا شوم.»
این مقابله سید با حکومت پهلوی سروصدایی در کشور ایجاد کرد. همه اهل علم و مردم سید حسین طباطبایی قمی را به خوبی می‌شناختند. همه می‌دانستند او سال‌ها در نجف و سامرا حضور داشته. در محضر میرزای شیرازی بزرگ حضور داشته و نفس میرزا در وجود او نیز تأثیر گذاشته است.
او بود که در سال‌های حضور در حوزه علمیه کربلا در جریان اشغال عراق، در جنگ جهانی دوم، به همراه دیگر علمای عراقی و ایرانی مقیم این کشور، فتوای جهاد علیه متفقین را صادر کرد و خواهان مقابله با اشغالگران شد.
این روحیه مجاهدانه سید سبب شده بود تا از هیچ حرکتی برای دفاع از اسلام فروگذار نباشد. اما بهانه حضور او در مشهد به زمانی باز می‌گشت که برخی از مردم این شهر از محمدتقی شیرازی خواستند نماینده‌ای به مشهد بفرستد. سید حسین قمی نیز راهی مشهد شد.
حاج آقا حسین قمی با ورود به مشهد، با برپایی نماز جماعت، ارتباط خود را با مردم برقرار کرد و با پاسخ گویی به سؤالات مردم به رسیدگی به وضعیت محرومان و مستضعفان پرداخت و زعامت و سرپرستی حوزه علمیه را بر عهده گرفت و علاوه بر رسیدگی به امور محصلان علوم دینی، فقه و اصول را برای طالبان علم، در منزل خود تدریس می‌کرد. قمی از دادن رساله و قبول مسئولیت مرجعیت امتناع می‌کرد، ولی با اصرار و مراجعه فراوان جمع زیادی از متدینان، رساله احکام فارسی او در سال ۱۳۵۱قمری به چاپ رسید و مرجعیت وی از آن تاریخ آغاز شد.
آیت ا... سید محمدهادی میلانی نقل می‌کند: «به حرم سیدالشهداء (ع) مشرف شدم، حاج آقا حسین قمی بالای سر مطهر نشسته بودند، به من اشاره نموده، نزد ایشان رفتم و آقا اظهار داشتند: ریاست و مرجعیت دینی بعد از آسید ابوالحسن به من روی آورده و من می‌ترسم به دینم لطمه بخورد! من دعا می‌کنم شما آمین بگویید: خدایا! اگر این ریاست به دین من مضر است، جان مرا بگیر! سپس آن قدر گریه کردند که زمین از آب دیده ایشان‌تر شد.»
واکنش شجاعانه آیت ا... قمی به اقدامات ضد مذهبی رضاخان و حرکت اعتراض آمیز ایشان به تهران و پس از آن قیام خونین مسجد گوهرشاد، باعث شد که رژیم ستمشاهی پهلوی، مدتی ایشان را در تهران توقیف و در نهایت، در سال ۱۳۵۴قمری به عراق تبعید کند. آیت ا... قمی پس از ورود به تهران، به ری رفت و در باغ سراج الملک ساکن شد. مردم تهران به طور گسترده به ملاقات او می‌رفتند.
رژیم پهلوی محل اقامت او را تحت محاصره قرار داد. خبر بازداشت این مرجع تقلید با اعتراضات مردم، به ویژه مردم مشهد روبه رو شد. مردم در حرم مطهر و مسجد گوهرشاد اجتماع می‌کردند و به سخنان وعاظ و خطبا گوش فرا می‌دادند و هر روز بر ابعاد اعتراضات مردم افزوده می‌شد تا اینکه در نهایت مأموران حکومتی در روز چهاردهم ربیع الثانی به جمع روحانیون و مردم که در مسجد گوهرشاد دست به تحصن زده بودند، حمله ور شدند و دست به کشتار زدند. پس از کشتار و سرکوب مردم در مسجد گوهرشاد، رژیم پهلوی او را از ایران به عراق تبعید کرد.
پس از تبعید رضاخان در شهریور ۱۳۲۰خورشیدی حاج آقا حسین قمی از این فرصت پیش آمده استفاده کرد و به قصد زیارت مرقد امام رضا (ع) و به منظور پیگیری اقدامات گذشته خود آماده سفر شد و به ایران بازگشت. ایشان در شهر مشهد تلگرافی به دولت مخابره و پیشنهاد‌های ذیل را مطرح کرد: لغو کشف حجاب، انحلال مدارس مختلط، برپایی نماز جماعت و تعلیم قرآن و درس دینی در مدارس، آزادی حوزه‌های علمیه، کاهش فشار اقتصادی از دوش طبقه ضعیف، تلاش برای تعمیر قبور ائمه بقیع.
بعد از گذشت چند روزی از ارسال تلگرام، حاج آقا حسین قمی به تهران آمده، متوجه می‌شود که دولت تصمیم ندارد به خواسته‌های ایشان ترتیب اثر دهد. بر این اساس، به طور علنی با دولت اعلام جنگ می‌کند. طبقات مختلف مردم و علما به حمایت از درخواست‌های مرجع بزرگوار خود برمی خیزند. دولت با ملاحظه این خیزش عمومی و از سویی ایستادگی آن مرد الهی، سرانجام مجبور به عقب نشینی می‌شود و در تاریخ دوازدهم شهریور ۱۳۲۲خورشیدی پیشنهاد‌های او را می‌پذیرد.
حاج آقا حسین قمی تا سال‌های آخر زندگی اش همیشه، چون پدری مهربان برای مجاهدان راه خدا بود.