تاریخ فلسفه، جامعه‌شناسی و روان‌شناسی کلاسیک مملو از نظریات متنوع و گاه متضاد در باب دین است. بسیاری از این نظریات، بدون پشتوانه تجربی و صرفا برپایه اندیشه‌های انتزاعی بنا شده‌اند. این در حالی است که علوم شناختی دین در مقام یک دانش میان‌رشته‌ای، در تلاش است تا با عبور از رویکرد سنتی و با اتکا به یافته‌های جدید عینی و تجربی، دین را به پدیده‌ای صرفا ذهنی تقلیل ندهد.
خواننده ممکن است این پرسش را در ذهن داشته باشد که انسان‌شناسی دین، مردم‌نگاری دین، روان‌شناسی دین، فلسفه دین و... که هرکدام با رویکردی خاص به بررسی و مطالعه دین می‌پردازند، چه تفاوتی با علوم شناختی دین دارندو اینکه این دانش میان‌رشته‌ای چه وجه تمایزی با این رشته‌ها دارد و از چه امتیازی برخوردار است.
باید اذعان کرد که ریشه بسیاری از این رشته‌ها در اندیشه‌های بنیان‌گذارانشان نهفته است و دغدغه اصلی آنها آزمودن نظریاتشان در بوته نقد و بررسی علوم‌تجربی نبوده است. تاریخ پرفرازونشیب هرکدام از این رشته‌ها، گواه این مدعاست که همواره با نظریات گوناگون و گاه متضاد روبه‌رو بوده‌اند.
این دانش‌ها، از ترس گرفتارشدن در دام تقلیل‌گرایی، همواره کوشیده‌اند مرزهایشان را با علوم‌طبیعی و تجربی حفظ کنند. بسیاری از دانش‌های مبتنی بر تفکر انتزاعی، ورود به عرصه تجربه‌گرایی را به‌مثابه گرفتارشدن در دام «تقلیل‌گرایی» برمی‌شمردند. بیم آنان این است که با تقلیل پدیده‌های پیچیده به اجزای ساده‌تر، ظرافت‌ها و پیچیدگی‌های آنها از بین برود و درک ناقصی از پدیده حاصل شود.
تقلیل‌گرایی رویکردی در تبیین پدیده‌هاست که در آن، «کل پدیده» با فروکاستن به تبیین اجزای تشکیل‌دهنده‌اش، ساده‌تر و قابل‌فهم‌تر می‌شود. این رویکرد در علوم مختلف، مانند فیزیک، شیمی و زیست‌شناسی کاربرد فراوانی دارد. بااین‌حال، تقلیل‌گرایی منتقدانی نیز دارد که معتقدند این رویکرد، پیچیدگی ذاتی پدیده‌ها را نادیده می‌گیرد و به درک کامل آنها منجر نمی‌شود.
ایان باربور، فیلسوفی که درپی هم‌بستگی علم و دین بود، در نقد رویکرد تقلیل‌گرایی می‌گوید: «فحوای تقلیل‌گرایی این است که دین صرفا روان‌شناسی است و روان‌شناسی اساسا زیست‌شناسی است و زیست‌شناسی همان شیمی مولکول‌های بزرگ است که اتم‌هایش از قوانین فیزیک پیروی می‌کنند که درنهایت سعی می‌کند همه‌چیز را توضیح دهد.»
در روش علوم‌تجربی، تجزیه‌وتحلیل سیستم‌های پیچیده به اجزای تشکیل‌دهنده آنها، شناخت ساختار و عملکرد این اجزا نقشی اساسی ایفا می‌کنند. این رویکرد که به‌عنوان تجزیه‌وتحلیل سیستم شناخته می‌شود، به دانشمندان اجازه می‌دهد تا نحوه عملکرد سیستم‌های پیچیده ازجمله موجودات زنده، جوامع و اکوسیستم‌ها را درک کنند؛ اما در این روش خصوصیات جدیدی که به‌واسطه «کل پدیده» متولد می‌شود، موردغفلت قرار می‌گیرد و ممکن است اطلاعات مهمی در این میان از دست برود.
درواقع تجزیه‌وتحلیل پدیده به اجزای آن و مطالعه هرکدام از آن اجزا، بدون درنظرگرفتن تعاملات بین آن اجزا در کلیت پدیده، تصویری ناقص ارائه می‌دهد و بیم آن می‌رود که ماهیت حقیقی آن پدیده پنهان بماند. برای مثال، وقتی ادعا می‌شود انجام مناسک دینی براساس مجموعه‌ای از باورها، حالات و تجربیات روحی خاصی را در انسان ایجاد می‌کند، دین به پدیده‌ای روان‌شناختی تقلیل می‌یابد و این پدیده روان‌شناختی نیز به عملکرد سلول‌های عصبی فروکاسته می‌شود. با این رویکرد، سایر ابعاد دین ازجمله نقش آن در انسجام اجتماعی نادیده گرفته می‌شود و درنهایت نوعی تقلیل‌گرایی روش‌شناختی در تبیین پدیده دین صورت می‌گیرد.
هنگامی که مطالعه در سطح اجزا انجام می‌شود، خطر نادیده‌گرفتن ویژگی‌های نوظهوری که از سازمان‌دهی و ترکیب نقش‌های آن پدیده پدید می‌آیند، وجود دارد. این امر می‌تواند به ارائه گزارش‌های تقلیل‌گرایانه از پدیده مطالعه‌شده بینجامد.
با این وصف، علوم شناختی به‌دلیل ماهیت میان‌رشته‌ای خود که متشکل از شش رشته مجزاست، برابر تقلیل‌گرایی در مطالعه پدیده‌هایی مانند دین، مقاوم‌تر از سایر علوم است. این امر به‌دلیل تعهد این دانش به آزمودن نظریه‌ها و ادعاهایش با یافته‌های علمی هر شش رشته بنیادی آن و بهره‌مندی از این یافته‌هاست.
یکی از تفاوت‌های بنیادی علوم شناختی با سایر رشته‌ها در مطالعه دین، رویکرد روش‌شناختی آن است. درحالی‌که برخی رشته‌ها صرفا بر تفکر انتزاعی تکیه می‌کنند و خودشان را بی‌نیاز از یافته‌های عینی و تجربی می‌دانند، علوم شناختی با اتکا به روش تجربی و همچنین بهره‌مندی از فلسفه در کنار پنج علم تجربی دیگر در چارچوب تفکر انتقادی، به‌دنبال درک چگونگی شکل‌گیری و پردازش باورها و تجارب دینی در مغز و تبیین نقش ابعاد مختلف دین در زندگی انسان است. رویکرد تجربی علوم شناختی به دین، به‌منزله تقلیل‌گرایی آن نیست.
علوم شناختی در کنار تمرکز بر تجزیه‌وتحلیل اجزای دین، تلاش می‌کند تا کلیت آن را از ابعاد مختلف بررسی و تبیین کند. این امر از طریق تلفیق یافته‌های تجربی با آموزه‌های فلسفی و سایر رشته‌های علمی، در چارچوب تفکر انتقادی صورت می‌گیرد. به این ترتیب، علوم شناختی با ارائه تصویری جامع و چندوجهی از دین، به درک عمیق‌تر این پدیده پیچیده در جوامع بشری کمک می‌کند.
در واقع عنصر مشترک بین شاخه‌های مختلف علوم شناختی، مطالعه ذهن است؛ چراکه ذهن ابعاد مختلفی دارد و هر یک از این علوم از زاویه خودش به تبیین این پدیده بسیار پیچیده می‌پردازد. برای مثال، عصب‌شناس از زاویه عملکرد مغز و سلول‌های عصبی، نقش باور‌های دینی را بررسی می‌کند و ارتباط میان سلول‌های عصبی، کارکرد قسمت‌های مختلف مغز در بروز تجارب معنوی در فرد را کاوش می‌کند.
این دانش، دگرگونی مغز و ذهن انسان را بررسی می‌کند و از آنجا که دین به‌عنوان یکی از ابعاد بنیادی تجربه انسانی، نقشی محوری ایفا می‌کند، انسان‌شناس شناختی با مطالعه باورها، اعمال و تجربیات دینی در جوامع مختلف، به‌دنبال درک چگونگی شکل‌گیری و تطور سیستم‌های معنوی در ذهن انسان است. بی‌گمان، سهم انسان‌شناسی شناختی در میان شاخه‌های علوم شناختی از اهمیتی بسزا برخوردار است. این رشته نقشی محوری و بنیادین در این حوزه ایفا می‌کند، به‌گونه‌ای که بسیاری از دانشمندان شاخص علوم شناختی را می‌توان در زمره انسان‌شناسان شناختی قلمداد کرد.