دکتر مهدی محقق به‌شایستگی میراث دو سنت آموزشی حوزه و دانشگاه را در خود جمع کرده‌اند. علاوه بر تخصص در ادبیات فارسی به‌ویژه در حوزه ناصرخسرو، در حیطه علوم و تمدن اسلامی، به‌حق زحمات بسیار زیادی کشیده و در این رشته‌ها از هر دو سنت حوزه و دانشگاه بهره برده است به این معنا که محققی هستند که آشنایی عمیقی با سنت دارند و آثار کلاسیک را به‌خوبی می‌شناسند و این آشنایی عمیق براساس منابع دست‌دوم نیست.
ایشان در مواجهه با متون، از شیوه‌های تحقیقی و آکادمیک دانشگاهی ایران و غرب بهره‌مند بوده‌اند، به‌ویژه در آثاری که درباره محمد بن زکریای رازی نوشته‌اند. به‌حق این کتاب تا امروز بهترین پژوهش دراین‌باره است و بی‌تردید، هر کسی بخواهد در زبان فارسی در این زمینه پژوهشی جدید انجام دهد، بی‌نیاز از این کتاب نیست.
بخشی از فعالیت‌ها و خدمات آقای دکتر مهدی محقق در حوزه فلسفه و کلام اسلامی در عرصه تصحیح و ترجمه متون به زبان انگلیسی گاهی به همکاری برخی اسلام‌شناسان غربی و گاهی به همت شخصی خودشان برمی‌گردد. ارائه تصحیحات انتقادی و معرفی آن‌ها در مجامع بین‌المللی در رشته‌های اسلام‌شناسی در غرب در اروپا و آمریکا و مالزی بخشی از فعالیت‌های بسیار مفید ایشان است که بر همگان شناخته شده است.
از زمانی، علاقه ایشان به سمت تاریخ علوم سوق پیدا کرد و متون مختلفی در حوزه طب، داروسازی و جراحی در سنت اسلامی را منتشر کردند و تلاش‌های فراوانی در معرفی این متون به اندیشمندان دنیا انجام دادند.
دکتر محقق علاوه بر انتشار و تصحیح متون، در تألیف مقالات علمی مشارکت فعالی داشتند و تعداد مقالاتی که از ایشان در مجلات مختلف ایران و خارج از کشور منتشر شده بسیار درخور توجه است. تا امروز مجموعه این مقالات و گفتارهایشان در قالب کتاب منتشر شده است. به‌خصوص مقالاتی که درباره اسماعیلیه و منازعات کلامی و مذهبی در سه قرن اول اسلام منتشر شده است مرجع بسیار مهمی برای دانشجویان و اندیمشندان این حوزه است.
ایشان علاوه بر فعالیت‌های مکتوب، چندین دهه استاد دانشگاه و حوزه بودند و به تربیت شاگردان زیادی پرداختند. عمده کسانی که در چند دهه اخیر در دانشکده ادبیات و الهیات دانشگاه تهران فارغ‌التحصیل شده‌اند در زمره شاگردان ایشان بوده‌اند. من توفیق حضور در کلاس‌های ایشان را نداشته‌ام، اما از هجده‌سالگی خود را شاگرد ایشان می‌دانم. زمانی به ایشان گفتم که از مجموعه یادداشت‌های ایشان نیز بهره برده‌ام و ایشان متعجب شدند. از ایشان خواستم بقیه یادداشت‌هایشان را نیز منتشر کنند.
من در دو رشته مرهون کار‌های ایشان هستم: یکی رشته مطالعات اسماعیلیه‌شناسی که از حدود سال ۱۳۶۹ که در دانشنامه بزرگ اسلامی نوشتن برخی مقالات در این حوزه به من محول شد متوجه شدم یکی از شاهراه‌های آشنایی با میراث اسماعیلیه نوشته‌های آقای دکتر مهدی محقق است. به همین دلیل، همه آثار ایشان را خواندم و از طریق این متون بود که با میراث اسماعیلیه و اندیشمندان غربی که در این حوزه قلم زده‌اند آشنا شدم.
حوزه دیگر مطالعات مربوط به فرقه معتزله است. بسیاری از متون و نسخه‌های خطی که در آن سال‌ها نمی‌شناختم نامشان را در یادداشت‌ها و مقالات ایشان می‌دیدم.
من توفیق داشتم در کنفرانسی که در سال ۲۰۰۳ میلادی در پاریس با عنوان «تاریخ علوم و تمدن اسلامی در قرن چهارم» برگزار کردیم و آقای دکتر حسین معصومی همدانی نیز حضور داشتند در خدمت آقای دکتر مهدی محقق نیز باشم. ایشان سخنرانی بسیار مفیدی در آن کنفرانس به زبان انگلیسی داشتند و در نشست‌های مختلف به زبان‌های انگلیسی و عربی سخن می‌گفتند. ما و همه دوستان از حافظه قوی و خاطره‌گویی و نکته‌گویی‌های بدیع ایشان بسیار بهره می‌بردیم.
حقیقتا ایشان جزو افتخارات خراسان و ایران هستند و یک عمر تلاش در خدمت ایران و فرهنگ اسلام و تشیع از ایشان شخصیتی کم‌نظیر ساخته است. نام ایشان به‌عنوان یکی از ستاره‌های تاریخ فرهنگ و ادب ایران همیشه درخشان خواهد بود. قدر ایشان را در خارج از ایران می‌دانند.
ایشان از محضر علمایی، چون محمدتقی آملی، مرحوم شعرانی، مرحوم عصار و برخی دیگر از بزرگان بهره برده و همیشه مورد احترام اهل علم و علمای حوزه بوده‌اند. همواره ذکر خیر ایشان با پدرم مرحوم آیت‌ا... شیخ محمود انصاری قمی می‌رفت و همیشه از خدمات علمی ایشان به نیکی یاده می‌شد.
از خداوند بزرگ طول عمر ایشان را خواستارم.