اما مهم‌ترین مسئله استقلال و پرسپولیس که مورد ایراد کنفدراسیون فوتبال آسیا قرار گرفته، مالکیت مشترک استقلال و پرسپولیس از سوی وزارت ورزش است که البته این ماجرا منتقدان داخلی هم دارد. کنفدراسیون فوتبال آسیا بار‌ها به فوتبال ایران هشدار داده بود که مالکیت این دو باشگاه به دیگر ارگان‌ها سپرده شود تا وزارت ورزش سکان دار هدایت هر دو تیم نباشد، اما هیچ توجهی به این هشدار‌ها نشده است.
به همین دلیل ممکن است به زودی کنفدراسیون فوتبال آسیا دو باشگاه استقلال و پرسپولیس را به دلیل تخلف‌هایی در راستای تعیین مالکیت آن‌ها شده، از لیگ قهرمانان آسیا حذف کند.
وزارت ورزش در دوره مسعود سلطانی‌فر و به‌ویژه بخش معاونت قهرمانی آن که بر عهده علی‌نژاد بوده، یک‌سری تعهدات برای حل مشکلات استقلال و پرسپولیس داشتند تا بتوانند مجوز حرفه‌ای بگیرند، اما آن‌ها نیز کاری را از پیش نبردند تا چنین شرایطی به وجود بیاید.
کنفدراسیون فوتبال آسیا تا صبح روز دوشنبه، دهم آبان‌ماه ۱۴۰۰ به چهار باشگاه ایرانی حاضر در فصل ۲۰۲۲ لیگ قهرمانان آسیا فرصت داده تا مجوز حرفه‌ای خود را دریافت و در سامانه مربوطه بارگذاری کنند، ولی به جز سپاهان و فولاد که ظاهراً این مجوز را گرفته‌اند، استقلال و پرسپولیس نتوانسته‌اند کار خاصی انجام بدهند.
باید دید درنهایت چه تصمیمی برای این دو باشگاه اتخاذ خواهد شد وآیا متولیان این دو باشگاه می‌توانند دراندک زمانی این مشکل را برطرف کنند یا خیر؟!