یکی از صفحات تاریخ این آب وخاک که پیام‌های زیادی برای مخاطب دارد و به اذعان اهل شناخت، هنوز ابعاد آن کاملا بیان نشده و ارائه جامعی از آن به دست مردم داده نشده است، ماجرای فتوای تاریخی میرزای شیرازی است؛ همان فتوای یک خطی معروف که: «الیوم استعمال تنباکو و توتون بأی نحو کان در حکم محاربه با امام زمان است».
جذاب‌ترین اتفاق بعد از این فتوا در حرمسرای معروف ناصرالدین شاه به وقوع می‌پیوندد. وقتی ناصرالدین شاه متوجه می‌شود که انیس الدوله، یکی از زن‌های محبوب او، قلیان‌های حرمسرا را شکسته است، از او می‌پرسد: «خانم! چرا قلیان‌ها را از هم جدا و جمع می‌کنند؟»
انیس الدوله جواب می‌دهد: «برای آنکه قلیان حرام شده.» ناصرالدین شاه متحیر می‌شود و می‌گوید: «که حرام کرده؟» انیس الدوله با همان حال می‌گوید: «همان کس که مرا به تو حلال کرده است.» امام خمینی (ره) یکی از دلایل ترس از روحانیان را همین قدرت می‌دانند و بیان می‌کنند: «ما اگر در تاریخ صدساله اخیر مطالعه کنیم، خواهیم دید که برای چیست که گروه‌ها از خارج و داخل، ضدروحانیت قلم دست می‌گیرند و به ضدروحانیت صحبت می‌کنند و در روزنامه هایشان می‌نویسند این منشأش چیست؟ در قریب ۱۰۰ سال سابق، دیدند که یک پیرمردی در یکی از دهات‌های عراق وقتی که دید ایران در معرض فشار خارجی‌ها هست و آن قرارداد ننگین را در آن زمان بسته بودند، این پیرمرد که در کنج یک ده بود، یک سطر نوشت و همه قوای خارج و داخل نتوانستند در مقابل این یک سطر استقامت کنند.
آن پیرمرد، مرحوم میرزای بزرگ بود -رحمه ا... - که در سامره تحریم کرد تنباکو را؛ برای اینکه تقریبا ایران را در اسارت گرفته بودند به واسطه قرارداد تنباکو و ایشان یک سطر نوشت که تنباکو حرام است و حتی بستگان خود آن جائر (ناصرالدین شاه) و در حرمسرای خود آن جائر هم ترتیب اثر دادند به آن فتوا و قلیان‌ها را شکستند، در بعضی جا‌ها تنباکو‌هایی که قیمت زیاد داشت، در میدان آوردند و آتش زدند و آن قرارداد لغو شد و یک همچنین چیزی را این‌ها دیدند که یک روحانی پیرمرد در کنج یک دهی از دهات عراق، یک کلمه می‌نویسد و یک ملت قیام می‌کند و قراردادی که ما بین شاه جائر و انگلیس‌ها بوده است، به هم می‌زند و یک قدرت این طوری دارد روحانیت.»
(صحیفه امام، ج۱۳، ص ۳۵۷)
رهبر معظم انقلاب نیز در یکی از سخنرانی‌های خودشان در تاریخ ۱۴اسفند۱۳۷۰، به صورت مبسوط به ماجرای فتوای تنباکو می‌پردازند و تحلیل زیبایی از این حرکت به دست می‌دهند که می‌شود گزارشی کوتاه از آن در این نوشتار ارائه داد. ایشان می‌فرمایند که این فتوا و این حرکت، یک حرکت پرمغز و پرمعنا و ذوابعاد مبارزاتی بود که درواقع در مقابل سه جریان قرار داشت: اول، استبداد ناصرالدین شاه که در آن روزگار در اوج خود بود؛ استبدادی که نمی‌توانست ببیند منشأ قدرتی غیر خودش وجود داشته باشد و برای همین درپی از بین بردن نفوذ روحانیت بود، چنانچه رضاخان پس از این در همین فکر بود و پس از این فتوا در این سیاست شکست خورد و از قدرتش کاسته شد.
دوم در مقابل چپاول و نفوذ و استعمار خارجی‌ها در این کشور بود؛ چیزی که آن روز‌ها به اوج خود رسیده بود و ناصرالدین شاه قاجار به کشور‌های خارجی و کمپانی‌های مختلف، امتیاز‌های متعدد می‌داد و پول می‌گرفت و درواقع کشور را می‌فروخت که این حرکت میرزا جلوی این موضوع را هم موقتا گرفت و جهت سوم این حرکت، مبارزه با غرب زدگانی بود که در آن روزگار، خودشان را روشن فکر و مدافع منافع ملت می‌نامیدند که البته در مقابل این استعمار نه تنها قیام نمی‌کردند که خودشان مثل میرزاملکم خان دلالی همین انحصارات خارجی را می‌کردند.
فتوای تنباکو درواقع آغاز یک راه بزرگ بود. اتفاق بزرگی بود که از خیلی چیز‌ها خبر می‌داد؛ از رشته محکم دین و اعتقادات دینی در جان پیر و جوان این آب وخاک، از میزان قدرت و نفوذ روحانیت اصیل و مردمی که با نوشتن یک جمله، آن اتفاق بزرگ را رقم زد و اینکه اسلام یک دینی است که احکام و تفکرات حاکم بر آن می‌تواند چنین بروز و ظهوری در عالم سیاست و اجتماع و حکومت داری داشته باشد.
درواقع پس از مطالعه در تاریخ این فتوای بزرگ و حرکتی که پس از آن رخ داد که هیچ گاه خاموش نشد و جملات بزرگان دینی در کشور ما در تحسین میرزای شیرازی و کار او، به این می‌رسیم که نظریه ولایت فقیه که توسط امام خمینی مدون شد و با بیرون کردن شاه در ایران اجرا شد، از نظر فکری و اجتماعی در تداوم همین فتوای بزرگ و درواقع تکمیل و تدوین و شکل یافته از همان بوده است.»