دکتر رجبعلی لباف‌خانیکی- باستان‌شناس و استاد دانشگاه | شهرآرانیوز؛ مسجد جامع کنونی قاین واقع‌در جبهه جنوبی این شهر، به استناد کتیبه‌ای نصب‌شده بر بدنه ایوان مقصوره آن، در سال۷۹۶هجری‌قمری ساخته شده است. معمار این مسجد از عرف زمان تبعیت نکرده و آن را یک‌ایوانی ساخته است، در‌صورتی‌که متناسب با روند تکاملی نقشه مساجد ایران، ساخت مساجد یک‌ایوانی مانند مسجد جامع نیریز منحصر‌به اواسط قرن چهارم هجری‌قمری بوده است و در قرن هشتم (هم‌زمان با شکل‌گیری مسجد جامع قائن) مساجد معمولا دو‌ایوانی ساخته می‌شدند که مسجد جامع ورامین از‌جمله این مساجد است.
به این امر غیر‌معمول (یک ایوانی بودن مسجد جامع کهن قاین) درنوشته‌های ابن‌حوقل در «صورت‌الارض»، مقدسی در «احسن‌التقاسیم فی‌معرفه‌الاقالیم»، جیهانی در «اشکال‌العالم»، استخری در «مسالک و ممالک» و ناصرخسرو در «سفرنامه» نیز اشاره شده است.
به استناد کاوش‌های باستان‌شناسی نگارنده در سال۱۳۸۷، شالوده بنای عظیمی که در محوطه باستانی «شازده‌حسین» در حاشیه جنوبی شهر قاین کشف شد، بدون تردید بقایای همان مسجد مورد‌اشاره جغرافی‌نویسان و ناصرخسرو بوده که درباره آن نوشته است: «در خراسان ایوانی به بلندای ایوان آن ندیده بود.»
آن مسجد از نوع مساجد یک‌ایوانی و قابل مقایسه با مسجد جامع نیریز و متعلق به قرن چهارم قمری بود که احتمالا بر‌اثر زلزله‌ای مهیب در سال ۴۵۸قمری ویران شد و در اواخر قرن هشتم قمری و در‌پی جابه‌جایی شهر قاین به موقعیت کنونی، مسجد فعلی نیز در سال ۷۹۶قمری با استفاده از مصالح ساختمانی آن مسجد و روی نقشه آن، که با رعایت نسبت‌ها قدری کوچک‌تر شده، ساخته شده است. تقید معمار به امانت‌داری مانع از آن شده است که مسجد جدید را به شیوه معماری زمان خود، دو‌ایوانی بسازد؛ بنابراین آن را نیز یک ایوانی و به شیوه رازی ساخته است.
البته تعمیراتی که در سال‌های ۱۰۸۶ و ۱۲۶۳هجری‌قمری در آن اعمال شده، موجب تغییر در ساختار آن نشده و تنها در تعمیرات عصر قاجار (۱۲۶۳قمری)، «کربلایی اسحاق قاینی» زیر‌پوشش ایوان را با رنگ اخرایی نقاشی کرده است. تا سال۱۳۸۶ تقریبا همه بر این باور بودند که مسجد جامع فعلی قاین، همان مسجدی است که ناصرخسرو در سال۴۴۴قمری به آن اشاره کرده بود، اما گمانه زنی‌های ما در مجاورت دیوار ایوان و مشاهده سفال‌های قرن ششم قمری در زیر شالوده دیوار، موجب تردید درباره شکل‌گیری بنا شد و کاوش «تپه شازده‌حسین» تردید را به یقین تبدیل کرد که مسجد کنونی با مسجد کهن قاین متفاوت است.
باوجود صراحت کتیبه‌ای که ساخت مسجد قاین را به دستور جمشید بن‌قارن در سال ۷۹۶قمری، یادآور شده است، برخی اصرار می‌کنند که مسجد کنونی همان مسجد کهن است و در تقویت فرضیه خود به حاصل کاوش‌های باستان‌شناسی آقای بقراط نادری در سال۱۳۵۴خورشیدی و کشف ستون‌های عصر سلجوقی در شبستان مسجد اشاره می‌کنند؛ در‌صورتی‌که با‌توجه‌به نحوه پیوستگی آن‌ها به دیوار‌ها و پوشش شبستان، واضح است که در آن مکان، بنایی در‌خور و احتمالا با کاربری متفاوت، متعلق‌به دوران سلجوقی وجود داشته و مسجد به‌گونه‌ای در مجاورت آن ساخته شده که بخشی از آن فضا در شبستان ادغام شده است و حتی سعی شده با اندود گچ آن را مخفی کنند.
مسجد کنونی قاین هم بنایی با‌صلابت است که تداوم کاربری و رسیدگی به آن، موجب بقا و رونق آن شده است. نقطه عطف مسجد ایوان، قبله آن با دهانه ۱۰متر، ارتفاع ۱۷/۲۰متر و عمق ۲۲/۳۰متر است. پوشش ایوان چند‌قسمتی مسجد به طریق طاق و تویزه اجرا شده و طاق‌ها جناقی است. پوشش بنا بر فراز دو جرز نسبتا ضخیم استقرار یافته و در دو سوی ایوان دو رواق مستطیل با پوشش «چشمه‌طاق» در اصل به‌منظور پشتیبانی از ایوان و پیشگیری از رانش دیوار‌ها ساخته شده و اکنون به‌عنوان شبستان استفاده می‌شوند.
بر دیوار انتهایی ایوان، دو محراب تعبیه شده است که احتمالا نشانه‌های دو دیدگاه اعتقادی درباره جهت قبله هستند.
مصالح ساختمانی بنا سنگ و آجر است، به این صورت که شالوده و قاعده دیوار‌ها از سنگ و شفته آهک و بدنه‌ها با آجر و گچ ساخته شده‌اند. ایوان بر صحن مسجد در ابعاد ۲۸×۳۳متر اشراف دارد و بر پیرامون صحن غرفه‌هایی ساخته شده است.
در میانه صحن مسجد، پایابی وجود داشته که آب قنات در آن جریان داشته است و مردم برای وضوگرفتن و تطهیر به آن مراجعه می‌کردند. در گوشه صحن نیز یک ساعت آفتابی نصب شده که هنوز موجود است. وجود این پدیده علمی نشان‌دهنده حضور عالمان و دانشمندان برجسته در قاین است.
تزئینات بنا عمدتا نقاشی‌های قرمز‌رنگی است که با موضوعات مختلف زیر سقف ایوان را آراسته‌اند. در طول پنجاه سال اخیر به‌همت انجمن آثار ملی و اداره‌های کل میراث فرهنگی، گردشگری و صنایع دستی خراسان رضوی و خراسان جنوبی، اقدامات مفیدی برای مرمت و استحکام‌بخشی و تثبیت بنا صورت گرفته است.
مسجد جامع قاین ۲۹آذر سال ۱۳۱۶خورشیدی به شماره ۲۹۵ در فهرست آثار ملی ایران ثبت شده است.