می‌توان تقریبا قاطعانه گفت که در تفکر کلامی امامیه، پس از دوران شیخ احمد احسائی و شیخیگری، منظومه کلامی و اعتقادی نوینی جز آنچه از سوی میرزا مهدی اصفهانی در حدود بیش از نیم قرن پیش ارائه شده، شناسایی نشده است. فقیهان و اصولیان در مسائل کلامی و اعتقادی بیشتر مشرب عمومی امامیه را داشته و عمدتا روش کلامی متأخر امامیه را با آموزه‌هایی از شیوه حدیثی درآمیخته اند. گروهی هم اهل فلسفه بوده اند و عمدتا در نظام فکری آخوند ملاصدرا به حکمت متعالیه باور داشته اند. شماری نیز گرایش عرفانی از نوع مکتب نظری ابن عربی داشته اند و البته آن را با مایه‌های شیعی همانند کاری که سید حیدر آملی انجام داده است آمیخته اند. در دوره‌های اخیر، علاقه مندی به گرایش اخباری و حدیثی از نوع معتدل آن، آ ن طور که نزد مرحوم علامه محمدباقر مجلسی دیده می‌شود، در میان طبقاتی از عالمان شیعی قابل شناسایی است.
البته پاره‌ای از فقیهان و عالمان کم وبیش مستقل از جریان‌های نام برده را نیز می‌شناسیم که گاهی نیز آرای نادری را مطرح می‌کرده اند، همانند شیخ هادی طهرانی یا تنی چند از عالمان سنت شکن عصر مشروطه و کمی قبل و بعد از آن و تا دوران معاصر. اما اگر بخواهیم نمونه ای گسست نسبت به اندیشه سنتی و کلاسیک امامیه را در ادوار اخیر به طور شاخص مطرح کنیم، چنان که گفتم، تنها باید از ۲ طریقه شیخی و طریقه مکتب تفکیک (مکتب معارف میرزا مهدی اصفهانی) نام ببریم. آنچه دراین باره می‌گویم البته برداشتی است که از تاریخ اندیشه کلامی امامیه دارم و تنها از بعد تحلیل تاریخی، آن را ارائه می‌دهم. از جهاتی ظهور اندیشه میرزا مهدی اصفهانی و مکتبش با مقدمات ظهور اندیشه شیخ احسایی نزدیکی‌هایی دارد و این امر به زمینه‌های اجتماعی، سیاسی و مذهبی در تشیع امامی بازمی گردد.
عنوان مکتب تفکیک عنوانی است متأخر و برساخته‌ای است از استاد محمدرضا حکیمی که از شاگردان مرحوم شیخ مجتبی قزوینی است که خود از شاگردان مبرز میرزا مهدی اصفهانی بوده است. میرزا مهدی اصفهانی از عالمان ساکن مشهد بود که مدتی در نجف محضر میرزای نایینی را در فقه و اصول درک کرد. آنچه در این زمینه کارساز است، مراجعه به نوشته‌های شاگردان اوست که بعضا شرحی از احوال علمی و معنوی وی را گزارش کرده اند. عنوان مکتب تفکیک بنابراین به خود میرزا و شاگردانش مربوط نمی‌شود و چندان هم این عنوان -خاصه با تفسیری که آقای حکیمی ارائه می‌دهد- با تعالیم مرحوم میرزا مهدی اصفهانی و دست کم شماری از شاگردانش سازگاری ندارد. روشن است که آقای حکیمی قصد بازسازی تعالیم میرزای اصفهانی را در شکلی منظومه وار و متناسب با مباحث تاریخی مرتبط داشته است. شاید هم ایشان تعبیری از استادش شیخ مجتبی قزوینی دراین باره داشته است. به هر حال، شاگردان میرزای اصفهانی ترجیح می‌دهند که از تعالیم استاد خود به «معارف» یاد کنند. مراد از معارف هم تعالیم برگرفته شده و منتسب به اهل بیت (ع) است. ما از منابع فکری میرزا مهدی اطلاع زیادی نداریم. روشن است که اهل مطالعه فلسفه و به ویژه عرفان بوده و تا اندازه‌ای با این علوم شاید در نجف آشنا شده بوده است.
در مورد کتاب‌های او و اینکه آیا تا چه اندازه نماینده درست افکار آن مرحوم است، در میان اهالی «معارف» ظاهرا اختلاف نظری دیده می‌شود. آن طور که نویسنده این سطور شنیده است، گویا برخی از شاگردان میرزای اصفهانی در صحت انتساب تعددی از این کتاب‌ها -دست کم در شکل چاپ شده برخی از آن ها- تردید می‌کرده اند و برخی نیز آن‌ها را نوشته‌های مهمی در مقایسه با بخش غیرمنتشرشده افکار معارفی قلمداد نمی‌کنند. به هر حال، اصحاب معارف، همانند بسیاری از اصحاب تعالیم باطنی و معنوی، به حفظ اسرار اعتقادی و ضرورت تقیه و عدم افشای افکار خود معتقدند. هم اکنون مجموعه آثار میرزا در اختیار است که مضمون پاره‌ای از آن‌ها اصولی است و پاره‌ای به مباحث اصول دین و مباحث قرآنی پرداخته است.
به هر حال، میرزا مهدی به دلیل جایگاه علمی و نیز موقعیتش به عنوان استاد برجسته حوزه مشهد و نیز عنایتش به مسائل اخلاق و تفسیر قرآن، مورد توجه طلاب و فضلای مشهد قرار گرفت و تقریبا بیشتر عالمان نسل معاصر و نسل بعدی از محضر او استفاده کردند و همین امر حوزه علمیه مشهد را تاکنون تحت تأثیر عمیق وی قرار داده است به نحوی که سیطره بلامنازعی تاکنون دارد. در میان شاگردانش، شماری تاکنون هنوز در قید حیات اند و به تعالیم او یا نهج کلی وی پایبندند. تحول عظیمی که توسط وی در حوزه مشهد فراهم آمد، عنایت ویژه به حدیث و تعالیم امامان بود و این امر در ابعاد اجتماعی و سیاسی نیز تأثیر خود را در پی داشت. درست روشن نیست چرا تعالیم قرآنی و معارفی میرزا مهدی با نقد فلسفه اسلامی و عرفان پیوند خورده، و زمینه‌های اجتماعی و تاریخی توجه او به فلسفه و عرفان و نقد این ۲ نظام فکری در اسلام چه بوده است، اما به هر حال، در میان شاگردان او شاید بتوان توجه به نقد فلسفه و عرفان را در یک سیر فزاینده تحلیل کرد.
پاره‌ای از آن‌ها بیشتر به جنبه‌های ایجابی مکتب میرزا مهدی و پاره‌ای جنبه‌های سلبی آن نسبت به فلسفه و عرفان را برجسته کرده اند. گرچه تا ۲ دهه پیش، کتاب‌های کمی از میرزا و شاگردانش در اختیار بود و این کتاب‌ها تنها به پاره‌ای از نوشته‌های شیخ مجتبی قزوینی و میرزا جواد تهرانی و مانند آن محدود می‌شد، در سال‌های اخیر نوشته‌های زیادی از میرزا و تنی از مهم‌ترین شاگردان او به چاپ رسیده یا دست کم در اختیار است. بی تردید برای شناخت مبانی مکتب میرزا مهدی باید به همه این متون مراجعه کرد. از این میان، درس‌های موسوم به «درس‌های معارف» که توسط شیخ محمود حلبی، از شاگردان مبرز میرزا مهدی، القا شد و صورت مکتوب یافت و در نسلی از تحصیل کردگان مدارس و دانشگاه‌ها و در میان تحصیل کردگان رشته‌های فنی و پزشکی و علوم انسانی مورد تدریس و تدرس قرار گرفت، به شیوه منظم تری مبانی فکری آنان را توضیح می‌دهد.
گرچه نقد فلسفه و عرفان و به تعبیر اصحاب معارف، نقد علوم بشری در کانون توجه میرزا مهدی و شاگردانش بوده است، باید گفت که دست کم شماری از اصحاب معارف و مکتب تفکیک چنین ادعا می‌کنند که منظومه‌ای از معارف را براساس مبانی و منابع خاص و تعریف شده‌ای ارائه می‌دهند که برخاسته «علوم آل محمد» و متکی بر علوم الهی و غیر بشری است و اساسا معتقدند که تنها راه شناخت خداوند و معارف الهی از این طریق امکان پذیر است؛ بنابراین با وجود انتقادی که به فلسفه و عرفان ابراز می‌کنند، کانون بحث‌های آنان ارائه تفسیری «خالص» از قرآن است که بنابر تفسیر آنان، راه دریافت آن تنها با تعلیم و تربیت الهی و متکی بر شیوه خاص تعلیم شده از سوی امامان امکان پذیر است؛ بنابراین هرگونه اعمال فکر و نظری را خارج از این دایره، تلاشی برای دخالت دادن علوم بشری و حتی برتر از آن دخالت دادن فکر و ذهن آدمی (خرد بشری) در تلقی معارف الهی می‌دانند. از این رو، شرط اصلی را در درک این معارف در تهی شدن انسان از تعلق خاطر به فکر و معرفت بشری و منابع انسانی معرفت می‌دانند؛ بنابراین نقد و نقض فلسفه و علم کلام و عرفان و تصوف تنها مقدمه‌ای برای دست یافتن به منابع درست و «خالص» معرفت الهی و دوری از خطای بشری است و شرط لازم دستیابی به تعلیم «نور عقل» و «معارف» است.