یکی از چالش‌های پیش روی بیشتر شهرداری‌های کشور «ساختار سازمانی» است؛ امر مهمی که به دلیل اثرگذاری جدی بر اصول «سازمــان دهـــی امــور» و «تعامل فرایندهای» سازمانی به صورت مستقیم عملکرد مدیریت شهری را تحت تأثیر قرار می‌دهد.
در ادوار مختلف شورا‌های اسلامی، هرگروه یا حزبی که پیروز انتخابات شده است، بلافاصله یکی از حوزه‌هایی که به عنوان عرصه‌های تغییر به آن توجه کرده، این حوزه بوده است.
به بیان دیگر، ساختار سازمانی همواره یکی از دلایل مهم ناکارآمدی‌های سیستم قلمداد شده است. باتوجه به این مقدمه باید پذیرفت که در واقعیت، ساختار رسمی شهرداری‌ها با چند مشکل جدی رو به روست؛ اول: تورم بسیار زیاد نیروی انسانی است؛ به خصوص در کلان شهر‌ها که چندبرابر پست‌های مصوب و نیروی انسانی و مزدبگیر در شهرداری‌ها حضور دارند.
دوم: روند طراحی، تصویب و اجرای ساختار سازمانی است که معمولا در نهادی فرادستی در وزارت کشور تحقق می‌یابد؛ هرچند این اتفاق سبب بهره مندی از ویژگی مثبت ایجاد نظم عمومی در ساختار شهرداری‌ها می‌شود، به دلیل آنکه مسائل محلی و اقتضائات شهر‌های مختلف کمتر در آن لحاظ می‌شود، خود به مشکلات فراوان می‌انجامد؛ به عنوان مثال شهرداری تهران از نظر وسعت، جمعیت شهری و پایتخت سیاسی بودن، شهرداری مشهد از منظر خدمات رسانی به میلیون‌ها زائر حضرت رضا (ع) و شهرداری اصفهان به دلیل خاصیت هنری و گردشگری ویژه‌ای که دارد، هریک نیاز به ساختار‌هایی خاص خود دارند که شاید در روند یکسان سازی، کمتر محل توجه قرار گیرد.
سوم: بحث پروژه‌های ویژه و فعالیت‌های گسترده عمرانی یا حتی اجتماعی شهرداری هاست که در برخی مواقع «ساختار‌های ویژه موقت» را مطالبه می‌کند که گاهی ایجاد آن با محدودیت‌های قانونی رو به روست یا به دلیل نبود تعریفی خاص برای آن، مسائل حاشیه‌ای برای مدیران شهری به وجود می‌آورد.
البته نکته‌های ذکرشده تنها بخشی از این مهم است که بیان شد و بی شک در این راستا نکته‌های بسیار مهم دیگری نیز ذکرشدنی است. شاید اگر نگاه به این چالش کمی دقیق‌تر و علمی‌تر باشد، مدیریت آن نیز به صورت بهتری انجام بگیرد؛ بدین معنا که امروز در مطالعات مدیریت ساختارها به صورت ارگانیک طراحی می‌شوند و از انعطاف زیادی برخوردار هستند.
به بیان دیگر، «ساختارها» در خدمت «راهبردها» هستند که باید در اقتضائات زمانی و مکانی مختلف، نیاز‌های وظیفه‌ای برای تحقق اهداف سیستم را تامین کنند. اینکه ساختار رسمی ابلاغی ازسوی نهاد‌های فرادستی وجود داشته باشد، برای حفظ نظم و قانون، مناسب است، اما درکنار ساختار رسمی باید یک ساختار اجرایی هم داشته باشیم که هرچند با ساختار رسمی منافات ندارد و حدومرز آن را رعایت می‌کند، باتوجه به اولویت ها، اقتضایات و مسائل ویژه هر شهر، شهرداری‌ها را در بهبود روند‌های مدیریت یاری می‌دهد.