برای شناخت تاریخ شکل‌گیری نهاد روحانیت شیعی باید به تحولات فکری و دینی و سیاسی سده نوزدهم ایران و عراق توجه کرد. پیش از هر چیز مطالعه شکل‌گیری جریان اصولی در عراق و ایران از دوران وحید بهبهانی به بعد، شکل‌گیری نهاد روحانیت در شکل کنونی آن به سده نوزدهم بازمی گردد و در این میان مهم‌ترین عامل پیروزی اصولیان بر اخباریان و قدرت گرفتن تدریجی علمای اصولی در عتبات و بعد در ایران بود.
مناسبات آنان با قاجار، خود در پیوند با این مسئله بود، گرچه این مناسبات همیشه هموار نبود. تحولات سیاسی منطقه و از جمله شکل‌گیری حکومت مستقل نجد و استعمار هند و جنگ‌های ایران و روس همه در این زمینه سهم داشتند.
استقلال نسبی علمای عتبات از هر دو سوی قدرت‌های قاجار و عثمانی هم در این میان خیلی مهم بود. عامل اقتصادی و جایگزینی تدریجی اموال و وجوهات شرعی به جای وابستگی به اوقاف یا اموال دولتی هم بسیار مهم است، گرچه در طول سده نوزدهم همچنان صرف اموال دولتی برای حمایت از نهاد روحانیت اهمیت داشت.
عامل تقلید از مرجع عتبات و به تدریج مرجعیت اعلم و همچنین شکل گرفتن حوزه‌های پرجمعیت درسی در عتبات و شهر‌های بزرگ ایران و خاصه اصفهان و تهران و همچنین باز شدن دست علما و آخوند‌های محلی در امر مرافعات شرعی همه و همه در تشکیل تدریجی نهاد روحانیت تأثیری تمام داشت.
سلطه علمی اصولیان را نه تنها باید بر اساس تشکیل حوزه‌های پر جمعیت تدریسشان دید، بلکه باید در ده‌ها و بل صد‌ها هزار برگی دید که در طول سده نوزدهم درباره مبانی اصولی و فقه اجتهادی در عتبات و ایران نوشته شد و از آن جمله بحث‌های پردامنه‌ای که درباره شئون ولایت فق‌ها در امور افتا و قضا و امور حسبیه و ... از سوی فق‌های اصولی تدوین و به بحث گذاشته شد.
مناسبات علما با دولت قاجار هنوز به‌خوبی مطالعه نشده و اسناد لازم به طور کامل بررسی نشده است. این مناسبات از پیچیدگی‌ها و دوگانگی‌های خاصی برخوردار بود. در ضمن همکاری نوعی رقابت هم در آن بود. به‌تازگی کتابی را می‌خواندم که مؤسسه کتاب‌شناسی شیعه درباره خاندان آقانجفی منتشر کرده است.
کتاب پر برگی است، اما وقت گذاشتم و آن را به طور کامل خواندم. نویسنده زحمت زیادی کشیده و به خوبی گزارش‌های مختلف را منعکس کرده است، حتی اگر با نظر خودش موافق نبوده باشد.
بسیاری مطالب بین سطور را می‌توان از زندگی‌نامه آقانجفی اول و دوم از این کتاب استنباط کرد، از جمله درباره منابع مالی آنان و مناسباتشان با قاجار و با مخالفان و رقابت‌های خاندانی و همچنین درباره تولیت امر مرافعه و قضا در اصفهان روزگارشان.
بدون درک روشنی از این همه و به ویژه سهم خاندان آقانجفی در تحولات مذهبی و سیاسی و اجتماعی اصفهان و همچنین تاریخچه شکل‌گیری نهاد علما در این دوره و ازجمله قدرت روزافزون علمای اصولی عتبات و تهران، از آن میان کسانی مانند ملا علی کنی و سیدصادق طباطبایی و محقق شفتی و حاج ابراهیم کلباسی و به‌طور خاص دو آقانجفی اول و دوم نمی‌توان درک روشنی از اسباب شکل‌گیری نهضت مشروطیت و جنبش عدالت‌خانه طلبی داشت.
علمای اصولی به تدریج خواهان سهم اجتماعی بیشتر بودند و بر تحدید قدرت شاهان قاجار و آزادی عمل به احکام شرعی در مقام قضا و مرافعات تمرکز بیشتری پیدا کردند. دخالت علما در نهضت مشروطه را نمی‌توان گسسته از این خواست عمومی نهاد روحانیت دید، اما از دیگر سو حمایت و بلکه رهبری نهضت مشروطه از سوی شماری از علمای عتبات و ایران در برابر مخالفت شماری دیگر و حمایت از استبداد محمد علی شاهی خود ریشه در تاریخ تحولات نهاد روحانیت و اختلافاتی بنیادی و فکری در میان علمای اصولی داشت. البته مخالفت‌ها با مشروطه همه از یک دست نبود.
علمای اصلی عتبات و تهران و اصفهان در اصل تحدید قدرت سلاطین قاجار اختلافی نداشتند و آن را به نفع ملک و دین و رعیت و قدرت خود می‌دانستند. با این وصف در نحوه مواجهه با فکر مشروطیت و قانون از یک سو و سهم و قدرت علما از دیگر سو میان علما اختلاف بود.
بخش زیادی از این اختلافات به سابقه مناسبات مشروط خواهان و استبداد طلبان از هر دو سو با قاجار و همچنین اختلافات میان علمای با نفوذ ماقبل مشروطه مرتبط بود.
شیخ فضل‌ا... نوری و مرحوم صاحب عروه با مشروطه مخالف بودند، اما این مخالفت‌ها از یک لون نبود. هنوز مطالعه دقیقی درباره انواع مختلف حمایت‌ها و مخالفت‌ها با مشروطه از سوی علمای دوران قاجار صورت نگرفته است. درمجموع می‌توان گفت تعامل و اندیشه و رفتار علمای عتبات با علمای بلاد را باید متفاوت ارزیابی کرد. این به نحوه قدرت اجتماعی و مذهبی این دو گروه بازمی گردد.
من تردیدی ندارم که برخی اشارات مرحوم میرزای نائینی در کتاب «تنبیه الامه» ناظر به واقعیت‌هایی است که او در مدت اقامت و تحصیلش در اصفهان به چشم دیده بود. او البته با خاندان آقانجفی مرتبط بود، اما به نظرم نوع نگاه او و تأثیرپذیری‌اش از افراد مختلف این خاندان و از جمله آقانجفی اول با نوع نگاه و تأثیرپذیری نیای من، مرحوم صاحب عروه، متفاوت بود و شاید جنبه انتقادی داشت.
اما از دیگر سو مرحوم نائینی تحت تأثیر مکتب سامرا هم بود. شیخ فضل‌ا... نوری هم بی‌ارتباط با آن مکتب نبود. مکتب آخوند با همه این اشخاص فرق می‌کرد. مرحوم آخوندخراسانی عمیقا دیدگاه‌های متفاوتی در فقه سیاسی داشت. سبک اندیشه و رفتار آخوند با علمای خاندان آقانجفی تفاوت داشت. برای شناخت علل مشروطه و خواست عمومی برای عدالت‌طلبی باید از جمله احوال خاندان آقانجفی را خوب شناخت.
کتاب‌های شرح حالی علما معمولا مورد غفلت تاریخ‌نگاران و تحلیلگران مشروطه بوده است و در این میان بسیاری از خاطرات شخصی علما و فرزندان آنان باید خوانده شود. دو کتابی که به طور نمونه مرحوم محمدباقر الفت درباره خاندان آقانجفی نوشته، از آنجا که خود عضوی فعال در این خاندان است، بسیار ارزشمند است و در کتابی که از آن یاد کردم، مورد استفاده قرار گرفته است. با این وصف باید متن کامل آن‌صها را هم دید.