مورخان نوشته‌اند که در دوران وزارت امیرعلیشیر، رباط‌ها، کاروان‌سراها، بیمارستان‌ها، گرمابه‌ها و پل‌های بسیاری در مشهد و دیگر شهر‌های خراسان ساخته شده است، اما مهم‌ترین اقدام او ساخت نیمی از صحن عتیق بوده است که بعد‌ها شاه‌عباس صفوی آن را توسعه می‌دهد.
به گزارش شهرآرانیوز؛ «سعید تشکری»، نویسنده مشهدی، به‌تازگی از آخرین کتابش، «پریزاد»، رونمایی کرده و گفته که موضوع داستان تازه‌اش درباره «امیرعلیشیر نوایی» و ساخت نخستین کانال آب‌رسانی به مشهد است. این موضوع بسیار مهم است، اما تنها و آخرین خدمت امیرعلیشیر نوایی به مشهد نیست و او را می‌توان بانی ساخت نخستین صحن و ایوان حرم مطهر رضوی هم دانست.
به موجب اسناد تاریخی، مشهد دوران تیموری شهری توسعه‌یافته و باشکوه بوده است، زیرا هرکدام از تاجداران این دوره خدمتی برای بهترشدن مشهد انجام داده‌اند. برای نمونه، مشهد در سال‌های زمامداری «بایسنقرمیرزا» (۸۱۵ تا ۸۲۹ قمری) تغییرات عمرانی بسیاری را تجربه می‌کند و حتی پسوند «مقدس» هم در روزگار او به نام مشهد اضافه می‌شود.
پس از او در عهد «شاهرخ‌میرزا» مسجد گوهرشاد ساخته و مشهد به‌عنوان دومین شهر مهم خراسان معرفی می‌شود و مردم آن را به‌عنوان مرکز مذهبی تیموریان می‌شناسند. نقاره‌خانه حرم نیز برابر اسناد تاریخی به دستور «بابر»، پسر بایسنقرمیرزا، پا می‌گیرد و از آن زمان به بعد است که نقاره‌نوازی مرسوم می‌شود. «محمدرضا قصابیان» در کتاب «تاریخ مشهد»، اما دوران فرمانروایی سلطان حسین بایقرا (۸۷۵ تا ۹۱۲ قمری) را درخشان‌ترین آن‌ها توصیف می‌کند، زیرا او از وجود هنرمندان و شخصیت‌های علمی بنامی، چون «خواندمیر»، «بهزادنقاش»، «سلطان علی مشهدی خطاط» و از همه مهم‌تر وزیر دانشمندش «امیرعلیشیر نوایی»، بهره می‌برده است.
مورخان نوشته‌اند که در دوران وزارت امیرعلیشیر، رباط‌ها، کاروان‌سراها، بیمارستان‌ها، گرمابه‌ها و پل‌های بسیاری در مشهد و دیگر شهر‌های خراسان ساخته شده است، اما مهم‌ترین اقدام او ساخت نیمی از صحن عتیق بوده است که بعد‌ها شاه‌عباس صفوی آن را توسعه می‌دهد. همچنین به دستور او ایوانی بر مجموعه بنا‌های موجود در آستان قدس رضوی اضافه می‌شود که همین ایوان را نادرشاه افشار، زراندود و طلاکاری می‌کند.
«مهدی سیدی» نیز امیرعلیشیر نوایی را این‌طور معرفی می‌کند: «اصالتا جغتایی و زاده سمرقند بوده و در دوران کودکی با سلطان‌حسین بایقرا در یک مدرسه درس خوانده است. امیرعلیشیر از ابتدای سلطنت این پادشاه هم به وی پیوسته و تا آخرین لحظه عمر از مشاوران و ارکان اصلی حکومتش بود. امیرعلیشیر ۲ کار بزرگ در مشهد انجام داده که به این شیوه نام خود را با تاریخ این شهر و حرم مطهر حضرت‌رضا (ع) پیوندی ابدی و ناگسستنی زده است. یکی از این ۲ کار، انتقال آب چشمه‌گلسب (چشمه‌گیلاس) توس به مشهد و دیگری احداث صحن و ایوان بوده که مدخل اصلی برای ورود به حرم امام‌هشتم (ع) است.»
به‌گفته این خراسان‌پژوه، گویا تا پیش از رسیدن نیمه‌دوم سده نهم و زمان امیرعلیشیر نوایی، حرم مطهر رضوی، صحن، ایوان و مدخلی شایسته برای ورود زیارت‌کنندگان نداشته است. نخستین صحن حرم رضوی را امیرعلیشیر می‌سازد و ایوان مشهور به «ایوان طلا» را که اکنون مدخل اصلی حرم است، بنا می‌کند.
او توضیح می‌دهد: «با این‌همه متأسفانه منابع اصلی مربوط به عهد امیرعلیشیر نوایی، این خدمت او را ثبت نکرده‌اند.
فقط در کتیبه پیشانی آن ایوان راو با خط «محمدرضا امامی» در سال ۱۰۸۵ قمری در زمان شاه‌سلیمان صفوی، این مهم در سطر‌هایی نگاشته شده است. مورخان بعدی هم که شرح توسعه حرم مطهر رضوی به امر شاه‌عباس صفوی را سیاهه کرده‌اند، ابتدا از این اقدام گفته‌اند. از آن جمله در «عالم‌آرای عباسی» آمده است که: ایوان امیرعلیشیر نوایی که درگاه روضه مطهره از آنجاست و در جانب جنوبی صحن واقع شده و روی به شمال دارد، در یک گوشه صحن افتاده و به غایت بدنما بود. از این خبر همین‌قدر دستگیر می‌شود که قبل از زمان شاه‌عباس صفوی، صحن عتیق به‌مراتب کوچک‌تر از صحن فعلی بوده است. به‌ویژه پیداست که نیمه شرقی صحن عتیق کنونی را شاه‌عباس ساخته است، اما به‌وضوح مشخص نیست که ضلع شمالی قسمت غربی صحن تا کجا ادامه داشته است.»
مهدی سیدی می‌گوید: «احداث صحن قدیم هم به‌یقین و با خبر مستند مکتوب به امیرعلیشیر منسوب نیست. اما ایوان کنونی مشهور به طلا گویا ساخته او بوده، درنتیجه باید صحنی هم جلو آن وجود می‌داشته است. از آنجا که هیچ خبر مستند و مکتوبی به‌نشانه احداث مناره (گلدسته) جنب گنبد ازسوی کسی قبل از امیرعلیشیر به‌جا نمانده است، شاید این مناره را نیز، او در زمان احداث ایوان ورودی بنا کرده باشد.»
امیرعلیشیر نوایی به سال ۹۰۶ قمری بدرود حیات گفت و در هرات دفن شد، اما گویا او ۴ مزار در ۴ شهر برای خود ساخته بوده که یکی از آن‌ها در مشهد رضوی بوده است. این کار او شاهد علاقه و دل‌بستگی او به مشهد است.
خود او در شرح احوال «شیخ کمال تربتی» نوشته است: «چون فقیر در زمان سلطان ابوسعیدمیرزا در مشهد غریب و بیمار افتاده بودم، روزی جمعی جوانان موالی‌وش به بقعه فقیر آمدند و ابیاتی که بر دیوار‌ها بود خواندند و در سردر یک بیت بحث کردند. من نیز معنایی برای بیت مزبور گفتم و این معنا سبب جلب توجه بزرگ آن جمع گشت که بعد فهمیدم خود او شیخ کمال تربتی بوده است.» او در چند جای دیگر هم از شعرای مشهد نام برده و این خود گواه آن است که او سال‌های بسیاری را به مشهد سفر می‌کرده و با اهل ادب این شهر، دمخور بوده است.
به‌گفته سیدی، پس از آن هم که امیر به دستگاه سلطان‌حسین بایقرا می‌پیوندد و معتمد او می‌شود، باز همچنان متوجه مشهد بوده و گاه به زیارت حرم رضوی می‌آمده است که دراین‌میان می‌توان به سفر‌های او در سال‌های ۹۰۳ و ۹۰۴ قمری اشاره کرد.