اسناد مربوط به آیت‌ا... میلانی در ساواک نشان می‌دهد که آن‌ها با چه دقت و تمرکزی پروژه تخریب حضرات آیات قمی و میلانی را با تمام قدرت جلو می‌بردند.
به گزارش شهرآرانیوز، در سند زیر به تاریخ ۲۷/۳/۴۲ آمده است:
محترما ساواک خراسان پیرامون فعالیت‌های آیت‌ا... میلانی و قمی در مشهد و تضادی که بین ۲ نفر روحانی مورد بحث در آن شهرستان وجود دارد و پس از مراجعت قمی به مشهد دامنه این اختلافات توسعه یافته، گزارش تهیه و به منظور بهره‌برداری از تضاد موجود بین این ۲ نفر پیشنهاداتی نموده است که عینا جهت استحضار به شرح ذیل به عرض می‌رساند:
ترتیبی داده شود که آیت‌ا... میلانی که شخص محتاط و واقف به سیاست روز می‌باشد به طور غیرمحسوس به مقامات عالیه ساواک ارتباط داشته باشد و اگر روابط قمی و میلانی به همین نحو ادامه یابد، دیر یا زود اختلافات آن‌ها علنی خواهد شد و، چون طرف‌داران قمی از افراد عامی تشکیل و در اقلیت هستند، یقینا در مقابل میلانی با شکست مواجه خواهند شد. محدودیت‌های بیشتری قائل و این عمل با یک سلسله تبلیغ منفی علیه او امکان‌پذیر است، زیرا هم‌اکنون که در میان مردم مشهد اظهار عقیده می‌شود که قمی هنوز [نظرات]کهنه و فراموش شده را عنوان می‌کند که هیچ‌گونه اثری نداشته و کسی رغبت استماع آن را ندارد و آزاد یا زندان بودن او در وضع مردم مشهد مؤثر نیست که اکثرا انتشاردهنده این تبلیغات طرف‌داران میلانی هستند.
چنانچه فعالیت قمی گسترش پیدا کند، سید محمود طباطبایی (پسر او) که کلید اعمال و رفتار اوست بازداشت و یا مدتی از مشهد اخراج و به موازات این عمل، سید محمدعلی میلانی که همه تلاشش حفظ موقعیت و بزرگداشت پدرش می‌باشد، با تدابیر لازم با دستگاه مرتبط و غیرمستقیم تقویت شود.
ترتیبی فراهم شود که روابط آیت‌ا... کفایی سبزواری که از طرف‌داران دولت است، با میلانی حسنه گردد و روشی اتخاذ گردد که تضادی در میان آنان ایجاد نشود.
به‌مرور افراد ماجراجو که در لباس روحانیت و قیافه دیانت با او تماس دارند، از دور او پراکنده و، چون میلانی شخصی منطقی و مآل‌اندیش است و شعور و درک مسائل سیاسی را دارد، می‌توان او را متقاعد کرد و به‌مرور زمان از این گروه جدا نمود و چنانچه این موفقیت نصیب گردد، می‌توان مطمئن بود که قسمت مهمی از نیروی روحانیون مخالف متزلزل شده است.
مجمع محدثین مشهد که اعضای وعاظ مبرز و معروف مشهد و از طرف‌داران و مجری نیات میلانی هستند، غیرمستقیم دستگاه را در اختیار بگیرند و، چون زبان و قدرت میلانی تبلیغ این وعاظ می‌باشد، می‌توان با رهبری صحیح مجمع، ضمن اجرای منویات عالیه دولت و با توجه به موقعیت زمان و مکان، نتایج مطلوبی به دست آورد که در این زمینه ساواک خراسان موفقیت‌هایی کسب نموده و در صورتی که این ماده مورد تصویب قرار گیرد، طرح آن تقدیم خواهد شد.
بدیهی است در میدان مبارزات برای خنثی کردن و تجزیه نیرو الزام‌آور است که برای سازش‌کاران امتیازاتی قائل بوده و با توجه به محاط بودن دستگاه به روحانیون، چنانچه ترتیبی برای میلانی قائل شود، قادر است اعمال او را کنترل نماید؛ لذا مسائلی از قبیل قائل به شخصیت و تماس مقامات عالی‌رتبه دولتی با وی قسمت اعظم نیات میلانی را که همان کسب شهرت و شخصیت است تأمین نموده، مطمئنا مشارالیه چنین شرایطی را بر گوشه‌گیری و طرد از محیط سیاسی و اجتماعی و بی‌اعتنایی مقامات عالیه دولتی ترجیح خواهد داد.
چون رقابت شدیدی میان میلانی و [امام]خمینی [ره]وجود دارد، چنانچه روشی اتخاذ شود که اقل فعالیت‌های [امام]خمینی [ره]محدود گردد، میلانی ساکت خواهد بود و اگر [امام]خمینی [ره]مجددا شروع به فعالیت و اعلامیه‌های منتشر سازد، میلانی فقط به خاطر رقابت و حفظ موقعیت و ارضای تمنیات طرف‌داران خود مبادرت به صدور اعلامیه می‌کند که، چون این ساواک در حوزه قم بینش ندارد، نمی‌توان اظهار نمود، ولی با توجه به اطلاعاتی که ساواک خراسان از روابط روحانیون قم دارد، آیت‌ا... شریعتمداری را می‌توان با روش صحیح از گروه [امام]خمینی [ره]جدا نمود و گویا مشارالیه باطنا با [امام]خمینی [ره]روابط حسنه‌ای ندارد.
بخش‌های داخل قلاب توسط گروه چهره به متن اضافه شده است.