روزهای کرونایی در عرصه اندیشه‌ورزی هم چالش‌هایی به وجود آورده است. مرکزیت کرونا در قم به‌عنوان شهر دینی و پایگاه فقاهت و تأثیر آن بر ارتباطات و مناسک دینی در آن شهر نیز مزید بر مشکلات شد و بحث‌های قدیمی را پررنگ‌تر کرد.
از قدیم و به‌صورت تاریخی همیشه وقتی حوادث تلخ طبیعی مثل سیل و زلزله می‌آمد و قربانیان زیادی می‌گرفت، عده‌ای هم به نام دین وارد این اتفاق می‌شدند و معمولا تقابل تاریخی دین و علم در این نوع اتفاقات شکل می‌گرفت. هم در مسیحیت این موضوع وجود داشته و هم در اسلام این نوع مباحث در وقت اتفاقات اوج می‌گرفته است. در حادثه فراگیری بیماری کرونا نیز این بحث به شکل عملی خودش را بر عرصه دین و پزشکی تحمیل کرد.
روزهای اول کرونایی که بعضی مراجع به رعایت مسائل بهداشتی و شنیده شدن نظرات پزشکان دعوت می‌کردند، برای خیلی‌ها جای سؤال بود که این موضوع به این روشنی چه نیاز به فتوای مراجع تقلید دارد. در نگاه اولیه هم حرف درستی بود، اما وقتی کمی از آغاز ماجرا گذشت و بحث تعطیلی حرم حضرت معصومه (س) شد یا در مرحله بعدی در مقابل بحث اقامه نماز‌های جمعه، مقاومت عجیبی شکل گرفت.
نظریه طرف‌داران باز ماندن حرم حضرت معصومه (س) و برقراری نماز‌های جماعت در سخنان آقای سعیدی، امام جمعه قم، بروز و ظهور پیدا کرد. ایشان استدلال می‌کردند که حرم ائمه دارالشفاست. مردم از نقاط مختلف و با مریضی‌های گوناگون به این حرم‌های مطهر می‌آمده‌اند و درخواست شفا می‌کردند. حالا که بلای عام کرونا آمده و اتفاقا از قم شروع شده است، باید همه به حرم پناه آورند و شفا بطلبند. بعضی‌ها حتی استدلال‌های غیرعلنی می‌کردند که در این بحران نباید حرم حضرت معصومه (س) خلوت شود و مزار ایشان در قلب حوزه علمیه تنها بماند. این‌ها همان‌ها بودند که در حوادث دیگری مثل سیل‌ها و زلزله‌ها به‌صورت تلویحی این مصیبت‌ها را در اثر گناه مردم می‌دانستند. طبعا وقتی که قم به‌عنوان اقامتگاه مراجع تقلید و مؤمنان و مقدسان مرکز این بلا شده است، استدلالشان بی‌پایه می‌شد. آن‌ها حتما نمی‌پذیرفتند که قم به دلیل انبوه معصیت دچار این مصیبت شده است. درحالی‌که بنا به ابتدایی‌ترین اصول دینی، حفاظت از جان و رعایت سلامتی واجب قطعی است و مرجع تشخیص آن هم علم و پزشکی است. به همین دلیل و برای مقابله با این اندیشه که اصرار داشت اجتماعات حول ضریح مقدس امامان و امامزادگان نمی‌تواند آسیبی برساند، فتاوای مراجع پراهمیت بود. این موضوع فاصله بین متدینان سطحی‌نگر و جوهر دین را روشن می‌کرد. از آن مهم‌تر، سخنان رهبری در فضای غیرعادی بود. ایشان با اینکه طبق روال برنامه سخنرانی نداشتند، به‌صورت ویژه برنامه‌ای گذاشتند که از کادر وزارت بهداشت تشکر کنند. پیام اصلی پشت این تشکر قرار داشت. این تشکر و قدردانی از وزارت بهداشت دادن مرجعیت به پزشکی بود که در این انتخاب بین تحجر دینی یا پذیرش علم توسط دین، دومی را انتخاب کردند. این نکته بسیار مهمی بود. در دعوای دیرین ساختگی دین و علم که مدت‌ها بود در مسیحیت و اسلام فراموش شده بود و در کرونا دوباره در قم زنده شد، خوشبختانه جریان متحجر دینی دست‌کم از سوی رهبران رسمی و مراجع تقلید به‌طور ضمنی طرد شد.