به گزارش شهرآرانیوز در محافل علمی به سیدجعفر شهیدی شهرت داشت، اما سجل نامه اش میگفت پسر سیدمحمد سجادی، دانشمند و ادیب برجسته بروجردی است. سیدجعفر، زمانی به تهران آمد که قصد داشت تحصیلات خود را در مقطع دانشگاهی ادامه دهد، اما در بیست وسه سالگی، سفر دورتری را برای کسب علم و دانش در پیش گرفت و این بار با هدف تحصیل در علوم دینی، فقه و اصول، راهی نجف شد و تحصیلات خود را تا درجه اجتهاد ادامه داد.
هشت سالی را میان قم و نجف در آمد و شد بود که سرانجام به علت بیماری و ملاقاتهای هفتگی با پزشک معالج، به ناچار به ایران برگشت، اما اینکه سرنوشت او را به علی اکبر دهخدا نزدیک کرد، به واسطه ملاقات او با محمد معین بود. آن ایام سازمان لغت نامه دهخدا سر و شکل یافته بود و سیدجعفر شهیدی نیز به قصد امرار معاش، تصمیم گرفته بود به ترجمه متون عربی بپردازد، اما در مدتی کوتاه مسیر اشتغال او به تدریس در مدرسه تغییر یافت و از سوی علی اکبر دهخدا، به مؤسسه لغت نامه دهخدا دعوت شد. دهخدا به این منظور نامهای به وزیر وقت نوشت و در آن تأکید کرد: «او اگر نه در نوع خود بی نظیر، ولی کم نظیر است!»
پس از آن نیز، میانجی گری کرد تا ساعات تدریس سیدجعفر از ۲۲ ساعت به شش ساعت تقلیل یافت تا باقی اوقات را در مؤسسه سپری کند. سیدجعفر شهیدی در طول سالهای فعالیت در مؤسسه دهخدا، تا به آنجا شانه به شانه محمدمعین همکاری داشت که در روزگار کسالت معین، مسئولیت هایش را به نام او انجام میداد و پس از درگذشت معین نیز، مسئولیت اداره سازمان لغت نامه را برعهده گرفت. سیدجعفر شهیدی، در سال ۱۳۴۰ تدریس در دانشگاه را نیز تجربه میکند و به عنوان یکی از معدود محققان برجسته در حوزه تاریخ اسلام با قدرت دست به قلم میشود.
او که از دهه ۲۰ به این حوزه ورود کرده بود و آثاری، چون مجموعه سه جلدی «جنایات تاریخ» و ترجمه درخشان نهج البلاغه را در کارنامه داشت، همواره در تلاش بود تا با خرافات زدایی و بررسی اسناد تاریخی، به ارائه چهرهای حقیقی از اسلام و شخصیتهای دینی بپردازد. سیدجعفر شهیدی همچنین از نخستین افرادی بود که مبحث اتحاد حوزه و دانشگاه را مطرح کرد، در حالی که خود علاوه بر کسب درجه اجتهاد در حوزه علمیه نجف، به مدت چهل سال نیز در دانشکده ادبیات فارسی دانشگاه تهران مشغول به تدریس بود و به عنوان یکی از برجستهترین استادان ادبیات فارسی شناخته میشد.
او که خود روزگاری از محضر چهره هایی، چون بدیع الزمان فروزانفر و جلال الدین همایی بهره میبرد، در کارنامه پر ستاره خود، چندین و چند اثر در قالب تصحیح متون ادبی نیز به یادگار دارد که در این بین تصحیح «دره نادر» اثر میرزا مهدی خان استرآبادی، از برجستهترین آن هاست.
به علاوه در زمینه آموزش زبان فارسی و حوزههای مختلف ادبیات نیز دستی بر آتش داشت و به دنبال ارتباط نزدیک و مستمر خود با استاد فروزانفر، مجموعه سه جلدی شرح مثنوی معنوی را پس از او، در سه جلد دیگر ادامه داد. افکار انقلابی و شخصیت متدین سیدجعفر شهیدی را میتوان در آثار به جای مانده از او جست وجو کرد آن چنان که منزل مسکونی اش در دهه ۷۰، به کتابخانه عمومی دکتر شهیدی تبدیل شد تا علاقهمندان به حوزه تاریخ اسلام و ادبیات، از آن بهرهمند شوند.
سیدجعفر شهیدی سرانجام در یکشنبه، ۲۳ دی سال ۱۳۸۶ درگذشت و در امام زاده عبدا... شهر ری به خاک سپرده شد. رهبر معظم انقلاب در پیامی ضمن ابراز تأسف فقدان چنین شخصیتی، از مقام علمی و فعالیتهای ارزشمند او تقدیر کردند: «ایشان ادیبی فرزانه و مورخی ژرف نگر و انسانی والا و با کرامت و در شمار مفاخر علمی این زمان بودند و آثار قلمی با ارزش و ماندگاری از خود به جای گذاشتند. خداوند متعال این مرد مؤمن صادق را مشمول رحمت واسعه خود گرداند و با اجداد طاهرینش محشور فرماید.»
یکی از نخستین نگارشهای تاریخی سیدجعفر شهیدی، مجموعه سه جلدی «جنایات تاریخ» بود که هم زمان سه وجه داشت: تاریخی، انقلابی، و نقد برخی از کتابها و آثار نویسندگان ایرانی و مصری. جلد اول جنایات تاریخ در سال ۱۳۲۷ منتشر شد و به دلیل کنایههای سیاسی، توقیف شد و به همین دلیل هم بر سر زبانها افتاد. این کتاب آن چنان در به شهرت رسیدن سیدجعفر شهیدی نقش داشت که وقتی پس از آن، کتاب «فاطمه دختر محمد (ص)» چاپ شد، روی جلد اثر چنین آمد: «سید جعفر شهیدی، نویسنده جنایات تاریخ»
سید جعفر شهیدی در حوزه ترجمه، آثاری از نویسندگان عرب همچون بنت الشاطی و طه حسین دارد، اما این آثار اغلب مربوط به سالهای اولیه کار اوست. آنچه باعث شد از سیدجعفر شهیدی به عنوان یک مترجم نیز یاد شود، ترجمه او از نهج البلاغه است که در سال ۱۳۶۸ خورشیدی منتشر و برنده کتاب سال جمهوری اسلامی ایران شد. شهیدی در این ترجمه، ضمن توجه به معنا، در حفظ ارزشهای زیبایی شناسی زبان نیز موفق عمل کرد و به گمان صاحب نظران، این اثر بهترین ترجمه اوست.