لشکر 5 نصر ابتدا به عنوان قرارگاه لشکری 5 نصر در اسفند ۱۳۶۰ کار خود را شروع می کند. فرمانده قرارگاه همان (شهید) حسن باقری است و حمزه حمیدی نیا که مسئول عملیات منطقه ۴ ثامن الائمه خراسان است، به عنوان پیگیری کننده تشکیل لشکر معرفی می شود. ابتدا برای عملیات بیت المقدس که به آزادسازی شهرهای خرمشهر، هویزه، پادگان حمید و جاده اهواز - خرمشهر منجر می شود، دو تیپ جدید در سازمان سپاه تشکیل می شود. یکی تیپ 21 امام رضا (ع) به فرماندهی (شهید) ولی ا... چراغچی مسجدی و دیگری تیپ جوادالائمه (ع) به فرماندهی (شهید) محمدمهدی خادم الشریعه. هم زمان با عملیات مسلم بن عقیل در مهر 1361 هم دستور تشکیل تیپ سوم سپاه خراسان با نام تیپ امام جعفر صادق(ع)صادر می شود. تیپی که سعید ثامنی پور فرماندهی آن را دارد و (شهید) ابوالفضل رفیعی سیج به عنوان جانشین این تیپ جدید تعیین می شوند. کمی بعد و هم زمان با عملیات محرم در 1361/15/8 تیپ چهارم سپاه خراسان به نام امام موسی کاظم(ع) به فرماندهی (شهید) نورعلی شوشتری شکل می گیرد که جانشینی او را حسن انجیدنی عهده دار است. وجود این تیپ های خراسانی مقدمه تشکیل یک لشکر خراسانی را به نام لشکر 5 نصر فراهم می آورد.
لشکر 5 نصر اولین لشکری است که از رزمندگان استان خراسان و قبل از عملیات والفجر مقدماتی، تشکیل می شود اما چون عملیات در شرف انجام است دستور تشکیل رسمی لشکر و معارفه افراد آن به بعد از عملیات موکول می شود. با این پیشینه است که در 1361/11/25 لشکر 5 نصر از تجمیع این نیروها در قالب سه تیپ خراسانی شکل می گیرد. تیپ جوادالائمه(ع) به فرماندهی عباس شاملو به عنوان هسته مرکزی این لشکر انتخاب می شود و تیپ های 21 امام رضا(ع) به فرماندهی (شهید) ولی ا... چراغچی و تیپ 18 امام صادق(ع) به فرماندهی سعید ثامنی پور نیز به آن اضافه می شوند. اولین فرمانده این لشکر هم خود حسن باقری است.
پس از باقری که تنها ده روز عهده دار فرماندهی است و به شهادت می رسد، افرادی چون حمزه حمیدی نیا، مرتضی قربانی ( از اصفهان)، محمدباقر قالیباف، اسماعیل قاآنی و (شهید)محمدجواد مهدیان پور تا پایان جنگ سکان دار این لشکر در عملیات های مختلف از جمله کربلای 5 هستند.