یکی از فصول مهم مبارزاتی امام خمینی (ره) در دوران نهضت اسلامی، بی تردید دوران تبعید ایشان به نجف است؛ دورانی که از ۱۳ آبان ۱۳۴۳ آغاز و تا ۱۲ بهمن ۱۳۵۷ ادامه یافت. امام(ره) در این چهارده سال، در سه کشور ترکیه، عراق و فرانسه اقامت اجباری داشتند، اما سهم نجف در این دوره بیش از همه بود. نجف، نه فقط محل اقامت طولانی امام(ره)، بلکه کانون بازتولید اندیشه سیاسی شیعه، تبیین نظریه حکومت اسلامی و استمرار سازمان یافته مبارزه علیه رژیم پهلوی شد.
رژیم شاه گمان می کرد با انتقال امام(ره) از ترکیه به نجف، هم از فشار افکار عمومی می کاهد، هم زمینه انزوای سیاسی و علمی ایشان را فراهم می کند. محاسبه ساواک این بود که نجف، با حضور مراجع بزرگ و سنت دیرینه حوزوی، امام(ره) را در میان چهره های پرآوازه علمی حل خواهد کرد و از ایشان تنها یک مدرس حوزه خواهد ساخت. اما آنچه رخ داد، درست خلاف این تصور بود. نجف برای امام(ره) نه پایان مبارزه، بلکه آغاز مرحله ای تازه از رهبری فکری و سیاسی نهضت اسلامی بود.
تبعید امام خمینی(ره) به نجف، از نگاه رژیم پهلوی، چند هدف مشخص داشت. نخستین هدف، تلاش برای انزوای ایشان بود. حکومت تصور می کرد امامی که در قم محور اصلی اعتراضات و مرجع بسیج نیروهای مذهبی بودند، در نجف به دلیل حضور علمای بزرگ و فضای خاص حوزه، امکان اثرگذاری پیشین را نخواهند داشت.
تبعید امام(ره) به ترکیه، به ویژه به دلیل محدودیت های شدید و دوری ایشان از محیط علمی و مذهبی شیعه، واکنش های گسترده ای در ایران و جهان اسلام ایجاد کرده بود. رژیم شاه می خواست با انتقال امام(ره) به نجف چنین القا کند که ایشان در مرکز علمی تشیع و در کنار سایر مراجع، آزادانه به فعالیت حوزوی مشغول اند. همکاری اطلاعاتی میان ایران و عراق امکان کنترل فعالیت های امام(ره) را برای ساواک فراهم می کرد.
برخلاف انتظار رژیم پهلوی، ورود امام خمینی(ره) به نجف با بی اعتنایی یا انزوا همراه نشد. علمای بزرگ نجف به دیدار ایشان رفتند و از ایشان استقبال کردند. در همان روزهای نخست، شخصیت هایی چون آیت ا...شاهرودی و آیت ا...حکیم با امام(ره) دیدار کردند. این استقبال نشان داد که امام(ره) در نجف نه یک تبعیدی منزوی، بلکه فقیهی شناخته شده و صاحب جایگاه اند.
امام نه تنها جایگاه علمی خود را حفظ کردند، بلکه مبارزه سیاسی را با شکل و محتوایی تازه ادامه دادند. نجف به جای آنکه محل خاموشی نهضت باشد، به پایگاه فکری انقلاب اسلامی تبدیل شد. یکی از مهم ترین ویژگی های دوران نجف، پیوند میان فعالیت فکری و مبارزه سیاسی بود. امام خمینی(ره) در این دوره، مبارزه را در سطح صدور اعتراض یا اعلامیه محدود نکردند، بلکه کوشیدند پایه های نظری نظام جایگزین را نیز تبیین کنند. با این حال، ارتباط مستمر با مردم ایران، مبارزان، روحانیون و دانشجویان، همچنان بخش مهمی از راهبرد ایشان بود.
امام(ره) از طریق اعلامیه ها، پیام ها، نامه ها و نوارهای سخنرانی، مواضع خود را به ایران منتقل می کردند. این پیام ها نقشی اساسی در زنده نگه داشتن روح مبارزه داشت. شبکه انتقال پیام ها نیز متنوع و هوشمندانه بود. مبارزان داخلی، زائران عتبات، روحانیون ناشناخته برای ساواک، طلاب و مسافران و نمایندگان امام(ره) در موسم حج، هرکدام حلقه ای از این زنجیره ارتباطی بودند. به همین دلیل، فاصله جغرافیایی نجف تا ایران نتوانست میان امام(ره) و بدنه اجتماعی نهضت فاصله سیاسی ایجاد کند.
یکی از راهبردهای بنیادین امام(ره) در نجف، معرفی اسلام به عنوان دینی جامع، اجتماعی و سیاسی بود. در فضای آن روز، جریان های مختلف می کوشیدند اسلام را به عبادات فردی و مناسک شخصی محدود کنند. از سوی دیگر، گروه های چپ گرا و ملی گرا مدعی بودند که تنها آنان برای اداره جامعه و حکومت، نظریه و برنامه دارند. امام(ره) با طرح اسلام به مثابه نظامی کامل برای زندگی فردی و اجتماعی، این تصور را به چالش کشیدند. ایشان بر این نکته تأکید داشتند که اسلام تنها مجموعه ای از احکام عبادی نیست، بلکه بخش عمده ای از احکام اسلامی مربوط به جامعه، سیاست، اقتصاد، حقوق، قضا، روابط بین الملل، جنگ و صلح است. از نگاه امام(ره)، کنار گذاشتن این بخش عظیم از اسلام، به معنای تحریف حقیقت دین بود. در همین چارچوب، امام(ره) نهضت اسلامی را مبتنی بر دو رکن می دانستند: احکام اسلام و حضور مردم. این نکته، در فهم اندیشه سیاسی ایشان اهمیت فراوان داشت.