به گزارش شهرآرانیوز، ضعف جسمانی اش قوت گرفته بود. به همین سبب، به پیشنهاد نزدیکان، برای معالجه به تهران سفر کرد. این سفر در سال ۱۳۲۳ خورشیدی انجام گرفت. در این سفر، مرحوم آقای جلال مروارید، برادر مرحوم آیت ا... مروارید که در آن زمان بیست وهفت سال داشت، ملازم او بود. میرزا در زمان اقامت در تهران، در منزلی که یکی از تجار بزرگ آن شهر (حاج توکلیان) در باغ فردوس شمیران (نزدیک میدان تجریش فعلی) در اختیارش گذاشته بود، سکونت داشت. در همین روزها صاحب خانه عکاسی را خبر کرد تا از مرحوم میرزا عکسی بگیرد. میرزا خود میدانست که این آخرین عکسی است که از او به یادگار خواهد ماند. نقل است که مرحوم میرزا در این سفر گفت: «من دیگر از این بیماری جان سالم به در نخواهم برد.»
شاید همان لحظه که عکاس مشغول آماده کردن دوربین خود بود، میرزا لحظه لحظه روزهای زندگی خود را از ۹ سالگی و پس از فوت پدرش وقتی در دامان سید اسماعیل صدر در کربلا رشد کرده بود در ذهن خود مرور میکرد.
او در سال ۱۳۱۵ قمری برای ادامه تحصیل عازم عتبات شد و آنجا بود که تحت حمایت فقیه بزرگ مرحوم سید اسماعیل صدر قرار گرفت. پس از مدتی عازم نجف شد تا از محضر آخوند خراسانی و سید کاظم یزدی بهره ببرد. در همان روزهایی که در نجف حضور داشت در درس مرحوم نائینی، فقیه بزرگ مدافع مشروطه، حاضر شد. او جزو حلقه نخستین شاگردان نائینی بود و دوره اول اصول نائینی را درک کرده بود.
اما میرزا برای آرام ساختن جان آتش گرفته اش به دنبال هر راهی بود تا خود را آرام کند. به قول یکی از دوستان نزدیکش، او همیشه با حالی نزار «یاصاحب الزمان (عج)»گویان به مسجد سهله میرفت تا تشتت ذهنی اش را آرام کند، اما این آشفتگی از چه روی در روح و روانش جای گرفته بود؟ میرزا سالها در محضر استادان برجسته نجف فلسفه خوانده بود و متوجه تعارضات برخی مفاهیم فلسفی با قرآن و حدیث شده بود. شاید هرکسی بتواند به راحتی از کنار این مسئله عبور کند، اما او نمیتوانست. باید این مشکل را حل میکرد. روزهای پیاپی به مسجد سهله میرفت و با توسل به حضرت صاحب الزمان (عج) به دنبال گمشده خودش میگشت و سرانجام نوری در جانش تابیدن گرفت.
میرزا حوالی سال ۱۳۴۰ هجری قمری نجف اشرف را به قصد مشهد مقدس ترک گفت و پس از ورود به آستان قدس رضوی به تدریس و تربیت شاگردان و ترویج مبانی فکری خویش اشتغال ورزید. پس از اندک زمانی، فضلای مشهد گرد محفل ایشان جمع گشتند و از علوم و معارف ایشان در زمینههای فقه، اصول و معارف بهره بردند. ایشان پس از حضورش در مشهد به مدرسه پریزاد رفت و در درس میرزا هاشم قزوینی، حاضر شد، اما در پی اشکالی که در هنگام درس بر استاد خود گرفت، میرزا هاشم قزوینی مقام علمی او را بر خود ارجح دید و وی را در مقام تدریس نشاند و خود از آن پس در درس میرزای اصفهانی تا آخرین دوره حاضر شد.
میرزا مهدی اصفهانی با تشکیل درسهای مختلفی در این شهر سبب شد تا جریان فلسفی مشهد به حاشیه برود. شاگردان او نیز ادامه دهنده راه او در این مسیر پرفرازونشیب شدند. با همه نقدهایی که بر این مکتب گرفته شده است میتوان گفت اندیشه میرزا در مشهد هم اکنون جزو مکاتب فکری فعال در عرصه اندیشه اسلامی است.
ورود میرزا به مشهد هم زمان با قدرت یافتن خاندان پهلوی در ایران است. رضاخان در دودهه سلطنت خود بر ایران تمام توان خود را در براندازی حوزههای علمی شیعی صرف کرد. هرچند که هرگز به هدف شوم خویش نرسید، اما توانست به ویژه در سالهای پایانی حکومتش، حوزه علمیه خراسان را، چون دیگر حوزهها از رونق بیندازد. فروپاشی استبداد رضاخانی به یک باره روحی تازه در تن از رمق افتاده حوزه علمیه خراسان دمید. میرزا از جمله افرادی بود که بسیار کوشید تا دوباره درسها برقرار شود و جامه رشد و بالندگی بر قامت طلاب مشهد بنشیند و از این جهت وی حق بزرگی بر حوزه خراسان دارد. درسهای معارفی نیز به صورت عمومی تری احیا و به مدرسه نواب منتقل شد و بنا بر برخی نقلها این جلسهها گاه تا سه ساعت به طول میانجامید.
اقبال عمومی حوزه خراسان به درسهای معارفی میرزای اصفهانی پس از شهریور ۱۳۲۰، سبب شد که رفته رفته وی از عالمی اصولی به یک استاد معارف تبدیل شود به ویژه اینکه گرایشهای اصولی میرزا در سالهای آخر عمر بسیار کم رنگ شده بود.
از میرزا آثار فراوانی به یادگار مانده که برخی به قلم خود وی و برخی تقریرات دروس وی است. او به نقلی در نجف نیز نوشتههایی داشته که پس از تحول روحی و قصد آمدن به ایران همه را از میان برده و آثار بر جای مانده از وی همگی مربوط به دوره حضور در مشهد است. به علت سیر تحولات روحی میرزا در بیست وپنج سال حضور در مشهد، در این آثار مطالب ضدو نقیض و آرای متغایر زیاد به چشم میخورد. «معارف القرآن، ابواب الهدی» این اثر از آخرین و مهمترین تألیفات وی بوده و در آن به گزارش اجمالی آرای خود و مقایسه آن با مبانی عرفان و حکمت پرداخته است.
آخرین قابی که از میرزا به جای مانده مربوط به همان سفری است که در سالهای آخر عمر به تهران داشت. سرانجام در سال ۱۳۲۳ خورشیدی روح میرزا به آسمان ملکوت پرکشید.