ارتباط گروهک فرقان که استاد مطهری را به شهادت رساندند و گروهک تروریستی منافقین یکی از مسائلی است که در جریان بازگویی خاطرات برخی از فعالان سیاسی مورد توجه قرار گرفته است. برخی بهدلیل شباهتهایی که بین هر ۲ گروه وجود دارد، بیان میکنند که گروهک منافقین در ابتدای انقلاباسلامی ترجیح میداد که بهصورت عملی فعالیت تروریستی نداشته باشد و ظاهر خود را حفظ کند؛ ازاینرو از گروهکهایی مانند فرقان بهعنوان پوشش استفاده میکرد.
در این میان برخی دیگر باتوجهبه تفاوتهایی که در این ۲ گروه وجود دارد، بین سازمان منافقین و فرقان تفاوت قائل میشوند، اما بر ریشههای مشترک انحرافی بین این ۲ تأکید میکنند. برایناساس این سؤال بهوجود میآید که گروهک منافقین و فرقان چه ریشههای مشترکی داشتند؟ مراجعه به متون دینی و بهخصوص قرآن بدون داشتن تحصیلات دینی یکی از مسائل مشترکی است که در بین هر ۲ گروه رایج بود.
بهعنوان مثال اکبر گودرزی، رهبر گروه فرقان، با ۲۵سال سن و حداقل سواد حوزوی، ۲۰جلد تفسیر قرآن نوشته بود. اعضای سازمان منافقین نیز با اینکه دارای تحصیلات حوزوی نبودند، با گزینش دلبخواهی آیات و بیشتر با تأکید بر روی آیات خاصی قرآن را تفسیر میکردند. اعتقاد به اسلام بدون روحانیت از نقاط مشترک هر ۲ گروه محسوب میشود.
منافقین و گروهک فرقان اعتقاد داشتند که روحانیت یکی از موانع تحقق جامعه آرمانی آنهاست؛ ازاینرو بهصورت جدی به دنبال کاهش و حذف روحانیت از عرصه اجتماع بودند. هر ۲ گروه در این راه درخصوص امکان حذف فیزیکی مخالفان خود تردیدی نداشتند؛ بهعنوانمثال احمدرضاکریمی، از اعضای سابق منافقین، در جدیدترین کتاب خود با عنوان «تقی شهرام به روایت اسناد» از طرح سازمان برای حذف شهیدبهشتی قبل از پیروزی انقلاباسلامی خبر داده است.
همین تفکر نیز توسط گودرزی دنبال میشد، بهطوریکه او یکی از بهانههای ترور روحانیونی مانند شهید مطهری را مصادره انقلاب از سوی آنها خوانده بود. تفکرات التقاطی یکی دیگر از نقاط مشترک بین سازمان و گروهک فرقان است.
هر ۲ گروه در تفاسیری که از اسلام ارائه میکردند بهشدت تحتتأثیر آموزههای مارکسیسم قرار داشتند و همین مسئله باعث شده بود عقاید غیردینی را در پوشش دین ارائه کنند و از سوی افراد آگاه و مطلع مانند شهیدمطهری موردانتقاد قرار بگیرند. این انتقادات موجب تنفر این گروهکها از این افراد شد که در نهایت خود را به صورت ترور آنها نشان داد. برایناساس مروری بر اندیشههای منافقین و گروهک فرقان نشان میدهد که این ۲ گروه با وجود تفاوت شکلی، از یک آبشخور فکری تغذیه میکردند.