با افزایش مهاجرت افغانستانی‌ها به ایران در اوایل دهه۶۰ و نیاز به تحصیل فرزندان آنان در اواخر این دهه و اوایل دهه۶۰، همچنین به‌دلیل اینکه همه مهاجران افغانستانی در ایران از شرایط اقامتی یکسانی برخوردار نبودند، نخبگان مهاجر افغانستان در راستای ایجاد فضای آموزشی برای آن‌دسته از کودکان افغانستانی که مدارک شناسایی معتبر برای ثبت‌نام در مدارس دولتی ایران نداشتند، مدارسی با نام مدارس خودگردان در شهرهای مهاجرپذیر ایران مانند مشهد و تهران و قم تأسیس کردند.

مدارس خودگردان با کمترین امکانات و با بهره‌گیری از ظرفیت دانشجویان افغانستانی برای آموزش به کودکان بدون مدارک شناسایی معتبر شکل گرفته‌ است و اوج فعالیت آن‌ها را می‌توان در دهه۸۰ در شهرهایی مثل مشهد، تهران، قم و اصفهان دید.
رفته‌رفته این مدارس علاوه بر آموزش دانش‌آموزان افغانستانی بدون مدارک شناسایی، میزبان دانش‌آموزان ایرانی شدند که به‌دلایل مختلفی مثل نداشتن شناسنامه، امکان تحصیل در مدارس دولتی ایران را نداشتند.

مشهد به‌عنوان یکی از شهرهای مهم مهاجرپذیر ایران، به‌نوعی مبدأ تولد مدارس خودگردان به‌همت نخبگان مهاجر افغانستانی بود. به‌لطف همین مدارس، تعداد زیادی از دانش‌آموزان بازمانده از تحصیل فرصت پیدا کردند درس بخوانند و بعدها به دانشگاه بروند. بخش دیگری از این دانش‌آموزان در سال‌های بعد به کشورهای اروپایی مهاجرت کردند و امروز یکی از اصلی‌ترین حامیان مالی همین مدارس خودگردان‌اند.

هم‌اکنون در مشهد نزدیک به ۶مدرسه خودگردان قرار دارد و تهران، قم و اصفهان هم مدارس خودگردان مهمی را در خود جا داده‌اند. سال۱۳۹۴ و پس از دستور رهبر معظم انقلاب برای ثبت‌نام همه کودکان افغانستانی در مدارس ایران، بخش زیادی از این کودکان جذب مدارس دولتی شدند، اما متأسفانه در سال‌های گذشته بعضی از دانش‌آموزان به‌دلایل مختلفی در حاشیه شهرهای بزرگ به تحصیل در مدارس خودگردان مشغول‌اند.