مختار ساکن کوفه بود و زمانی که مسلم بن عقیل، به عنوان فرستاده امام حسین(ع) به کوفه آمد، ابتدا در خانه مختار، سکونت گزید و مخفیانه با مسلم بیعت کرد. در زمان قیام مسلم در کوفه، با توجه به اینکه این قیام به طور ناگهانی و بدون برنامه ریزی قبلی انجام شد، مختار در روستایی از توابع بابِل به سر می برد. وقتی خبر خروج مسلم به وی رسید، با سرعت، خود را به کوفه رساند، اما به دستور ابن زیاد، دستگیر و زندانی شد و نتوانست خودش را به امام حسین(ع) و یارانش برساند.مرقد مختار ثقفی، اکنون در زاویه جنوب غربی حرم مسلم بن عقیل، متصل به دیوار مسجد کوفه قرار دارد. قبر وی، به مرور زمان، از بین رفت و محل آن نامشخص شد؛ تا اینکه شیخ عبدالحسین تهرانی، معروف به شیخ العِراقین، که از سوی حکومت قاجار به قصد بازسازی عتبات عالیات، به عراق آمده بود، در گوشه های مسجد کوفه به جست وجوی آرامگاه مختار پرداخت تا آن را بازسازی کند. آن ها در آغاز در محل دکه بزرگی که مقابل حرم هانی بن عروه در صحن مسلم بن عقیل و متصل به دیوار مسجد بود، به جست وجو پرداختند و آن را حفر کردند؛ اما نشانه ای نیافتند و مشخص شد که اینجا، محل قبر مختار نیست. پس از آن، سیدرضا، فرزند سیدمحمدمهدی بحرالعلوم به او گفت که هرگاه پدرش، از گوشه شرقی کنار دیوار مسجد کوفه (محلی که امروز به عنوان قبر مختار شناخته می شود) عبور می کرد، می گفت: «برای مختار سوره فاتحه بخوانیم.»شیخ العراقین دستور داد تا آن محل را کندند و سنگی آشکار شد که روی آن، نوشته شده بود: «این قبر مختار بن ابی عبید ثقفی است.» بدین ترتیب، مشخص شد که آرامگاه مختار، آنجاست. تاریخ عمارت قبر مختار، سال 1285 ه. ق، بیان شده است.