وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی از وزارتخانه‌های جمهوری اسلامی ایران است. این وزارتخانه علاوه بر مدیریت و نظارت بر مراکز بهداشتی و درمانی کشور، مدیریت دانشگاه‌های علومپزشکی را عهده‌دار است. نام این وزارتخانه از ابتدا تا چند سال پس از انقلاب وزارت بهداری بوده‌ است. وزیر این وزارتخانه هم‌اکنون سعید نمکی است.
تا سال۱۲۸۲خورشیدی تشکیلات و نهادی برای رسیدگی به بهداشت در ایران نبود. اگر بیماری همه‌گیر مرگ‌باری شیوع می‌یافت، چند نفر از اطبای پایتخت را موقت جمع مى‌کردند که مشورت بدهند چه باید کرد.

هر چندسال یک‌بار که کنفرانس بین‌المللى بهداشت تشکیل می‌شد، از ایران هم نماینده می‌رفت، ولى به سکوت می‌گذراند تا اینکه در سال۱۲۸۲ به پیشنهاد میرزا نصراللّه‌خان مشیرالدوله، صدراعظم وقت، مظفرالدین‌شاه فرمان تشکیل «اداره کل صحیه» را صادر کرد. این اداره، هیئتی مشورتى به‌نام «مجلس حفظ‌الصحه دولتى» داشت که تشکیلات اصلی برنامه‌ریزی و مدیریت بهداشت در ایران شد. دکتر امیرخان امیر اعلم نیز به نمایندگی از آن در کنفرانس بین‌المللى بهداشت در پاریس شرکت کرد و پس از ۴۰روز مذاکره، توانست تشکیلات بهداشت ایران را در عهدنامه بین‌المللی این کنفرانس به رسمیت بشناساند.

امور درمان کشور را تا سال۱۳۲۰ اداره کل صحیه (بهداری) وابسته به وزارت داخله (کشور) اداره می‌کرد. به‌موجب ماده۳ قانون اصلاح بودجه سال۱۳۲۰ که در ۸آبان‌ماه آن سال به تصویب مجلس شورای ملی رسید، اداره کل بهداری به وزارت بهداری تبدیل شد. قبل از تصویب قانون مزبور، در سی‌ام شهریور۱۳۲۰ اسماعیل مرآت از سوی محمدعلی فروغی، نخست‌وزیر وقت، در ضمن معرفی کابینه به مجلس شورای ملی به‌عنوان وزیر بهداری تعیین شد. در ۲۷اسفند۱۳۵۱ برای تأمین خدمات درمانی کارکنان دولت، قانونی با عنوان «خدمات درمانی مستخدمان دولت» تصویب شد. به‌موجب ماده۲ این قانون، سازمانی با عنوان سازمان تأمین خدمات درمانی تشکیل شد و در سال۱۳۵۲ اساسنامه این سازمان به تصویب مجلس شورای ملی رسید.

در اول مرداد۱۳۵۳ برای فراهم‌کردن و گسترش خدمات رفاهی، تشکیل وزارت رفاه اجتماعی به تصویب مجلس شورای ملی رسید و به‌موجب بند الف ماده یک این قانون، وظیفه تأمین بیمه درمان همگانی به این وزارتخانه محول شد و به‌موجب بند ج ماده۲ این قانون، سازمان تأمین خدمات درمانی مستخدمان دولت از وزارت بهداری جدا و به این وزارت وابسته شد.

در ۳تیر۱۳۵۴ برای اجرا، تعمیم و گسترش بیمه‌های اجتماعی با تصویب مجلس شورای اسلامی، سازمان تأمین اجتماعی تشکیل شد.
در ۱۶تیر۱۳۵۵ با ادغام وزارت رفاه اجتماعی در وزارت بهداری، وزارتخانه جدید با عنوان وزارت بهداری و بهزیستی تأسیس شد.

وظایف اجرایی این وزارتخانه در ۱۰۱مرداد۱۳۵۵ در استان‌ها به‌موجب ماده۳ همین قانون به سازمان‌های منطقه‌ای بهداری و بهزیستی محول شد.
با تصویب این قانون، تولیت امور بهداشت و درمان و تأمین اجتماعی (بیمه‌ای و حمایتی) ازجمله بیمه خدمات درمانی به‌صورت یکپارچه در حوزه اختیار وزارتخانه واحدی با عنوان وزارت بهداری و بهزیستی بوده است.

در این سال‌ها واحدهای بهداشتی درمانی ازجمله بیمارستان‌ها علاوه بر بخش دولتی عمدتا با جمعیت شیر و خورشید سرخ ایران (هلال‌احمر)، سازمان شاهنشاهی خدمات اجتماعی، دانشکده‌های علوم‌پزشکی، وزارت بهداری و بهزیستی، بنیادها و مؤسسات خیریه اداره می‌شدند.

در سال۱۳۵۷ که سال پیروزی انقلاب شکوهمند ایران است، تولیت امور بهداشت، درمان و تأمین اجتماعی ازجمله بیمه خدمات درمانی و مدیریت واحدهای بهداشتی درمانی ازجمله بیمارستان‌ها با وزارت بهداری و بهزیستی بود.
پس از پیروزی انقلاب مطابق مصوبات شورای انقلاب، بیمارستان‌های وابسته به جمعیت هلال‌احمر، سازمان شاهنشاهی خدمات اجتماعی و بیمارستان‌های وابسته به بنیادها به وزارت بهداری و بهزیستی منتقل شدند.

در ۲۴خرداد۱۳۵۹ با تصویب شورای انقلاب، سازمان بهزیستی به‌صورت سازمانی مستقل و از ترکیب معاونت بهزیستی وزارت بهداری و بهزیستی، کمیته امداد امام(ره)، بنیاد شهید و سازمان تربیتی شهرداری تهران تشکیل شد و اداره آن به‌ وزیر مشاور و رئیس سازمان بهزیستی محول شد.

در سال‌های بعد کمیته امداد امام(ره) و بنیاد شهید نیز از سازمان بهزیستی جدا و مؤسسات مستقلی شدند.
در ۱۰اسفند۱۳۵۹ باتوجه‌به تشکیل سازمان بهزیستی، نام وزارت بهداری و بهزیستی نیز به وزارت بهداری تغییر یافت، البته شرح وظایف وزارت بهداری فراتر از قبل از سال۱۳۵۲ بود. وزارت بهداری جدید همه وظایف بهداری و بهزیستی را به‌استثنای وظایف معاونت بهزیستی عهده‌دار بود.

در ۱۶دی۱۳۶۳ مطابق مصوب مجلس شورای اسلامی، سازمان بهزیستی به وزارت بهداری ملحق و نام وزارت بهداری به وزارت بهداری و بهزیستی تبدیل شد.
در سال۱۳۶۴ برای استفاده مطلوب و هماهنگ از امکانات پزشکی کشور در راستای تأمین و تعمیم بهداشت و درمان و بهزیستی و آموزش و پژوهش، وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی تشکیل شد و به‌موجب این قانون همه اختیارات وزیر بهداری و بهزیستی و آن قسمت از وظایف و اختیارات وزیر فرهنگ و آموزش عالی که در ارتباط با آموزش پزشکی بود، به انضمام امور بهداشت، درمان و پژوهش پزشکی به وزیر این وزارتخانه محول شد.

تشکیلات و وظایف این وزارتخانه در سال۱۳۶۷ به تصویب مجلس شورای اسلامی رسید.
در ۴آبان۱۳۷۳ با تصویب قانون، بیمه همگانی سازمان بیمه خدمات درمانی وابسته به وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی تشکیل شد.

در ۲۱خرداد۱۳۸۳ با تصویب قانون ساختار نظام جامع رفاه و تأمین اجتماعی، همه وظایف تأمین اجتماعی (بیمه‌ای و حمایتی) از وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی منفک و به وزارت جدید داده شد. وابستگی سازمان‌های بهزیستی، خدمات درمانی و تأمین اجتماعی نیز از وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی به وزارت تازه‌تأسیس رفاه و تأمین اجتماعی منتقل شد.