یکی از چالش های پیش روی بیشتر شهرداری های کشور «ساختار سازمانی» است؛ امر مهمی که به دلیل اثرگذاری جدی بر اصول «سازمــان دهـــی امــور» و
«تعامل فرایندهای» سازمانی به صورت مستقیم عملکرد مدیریت شهری را تحت تأثیر قرار می دهد. در ادوار مختلف شوراهای اسلامی ، هرگروه یا حزبی که پیروز انتخابات شده است، بلافاصله یکی از حوزه هایی که به عنوان عرصه های تغییر به آن توجه کرده، این حوزه بوده است. به بیان دیگر، ساختار سازمانی همواره یکی از دلایل مهم ناکارآمدی های سیستم قلمداد شده است. باتوجه به این مقدمه باید پذیرفت که در واقعیت، ساختار رسمی شهرداری ها با چند مشکل جدی رو به روست؛ اول: تورم بسیار زیاد نیروی انسانی است؛ به خصوص در کلان شهرها که چندبرابر پست های مصوب و نیروی انسانی و مزدبگیر در شهرداری ها حضور دارند.
دوم: روند طراحی، تصویب و اجرای ساختار سازمانی است که معمولا در نهادی فرادستی در وزارت کشور تحقق می یابد؛ هرچند این اتفاق سبب بهره مندی از ویژگی مثبت ایجاد نظم عمومی در ساختار شهرداری ها می شود، به دلیل آنکه مسائل محلی و اقتضائات شهرهای مختلف کمتر در آن لحاظ می شود، خود به مشکلات فراوان می انجامد؛ به عنوان مثال شهرداری تهران از نظر وسعت، جمعیت شهری و پایتخت سیاسی بودن، شهرداری مشهد از منظر خدمات رسانی به میلیون ها زائر حضرت رضا(ع) و شهرداری اصفهان به دلیل خاصیت هنری و گردشگری ویژه ای که دارد، هریک نیاز به ساختارهایی خاص خود دارند که شاید در روند یکسان سازی، کمتر محل توجه قرار گیرد.
سوم: بحث پروژه های ویژه و فعالیت های گسترده عمرانی یا حتی اجتماعی شهرداری هاست که در برخی مواقع «ساختارهای ویژه موقت» را مطالبه می کند که گاهی ایجاد آن با محدودیت های قانونی رو به روست یا به دلیل نبود تعریفی خاص برای آن، مسائل حاشیه ای برای مدیران شهری به وجود می آورد. البته نکته های ذکرشده تنها بخشی از این مهم است که بیان شد و بی شک در این راستا نکته های بسیار مهم دیگری نیز ذکرشدنی است. شاید اگر نگاه به این چالش کمی دقیق تر و علمی تر باشد، مدیریت آن نیز به صورت بهتری انجام بگیرد؛ بدین معنا که امروز در مطالعات مدیریت ساختارها به صورت ارگانیک طراحی می شوند و از انعطاف زیادی برخوردار هستند.
به بیان دیگر، «ساختارها» در خدمت «راهبردها» هستند که باید در اقتضائات زمانی و مکانی مختلف، نیازهای وظیفه ای برای تحقق اهداف سیستم را تامین کنند. اینکه ساختار رسمی ابلاغی ازسوی نهادهای فرادستی وجود داشته باشد، برای حفظ نظم و قانون، مناسب است اما درکنار ساختار رسمی باید یک ساختار اجرایی هم داشته باشیم که هرچند با ساختار رسمی منافات ندارد و حدومرز آن را رعایت می کند، باتوجه به اولویت ها، اقتضایات و مسائل ویژه هر شهر، شهرداری ها را در بهبود روندهای مدیریت یاری می دهد.